| Journal officiel de l'Union européenne | FR | Série L | Official Journal of the European Union | EN | L series |
| 2025/179 | 3.2.2025 | 2025/179 | 3.2.2025 |
| RÈGLEMENT D’EXÉCUTION (UE) 2025/179 DE LA COMMISSION | COMMISSION IMPLEMENTING REGULATION (EU) 2025/179 |
| du 31 janvier 2025 | of 31 January 2025 |
| relatif à la collecte et à la transmission de données d’analyses moléculaires dans le cadre des enquêtes épidémiologiques sur les foyers de toxi-infection alimentaire conformément à la directive 2003/99/CE du Parlement européen et du Conseil | on the collection and transmission of molecular analytical data within the frame of epidemiological investigations of food-borne outbreaks in accordance with Directive 2003/99/EC of the European Parliament and of the Council |
| (Texte présentant de l’intérêt pour l’EEE) | (Text with EEA relevance) |
| LA COMMISSION EUROPÉENNE, | THE EUROPEAN COMMISSION, |
| vu le traité sur le fonctionnement de l’Union européenne, | Having regard to the Treaty on the Functioning of the European Union, |
| vu la directive 2003/99/CE du Parlement européen et du Conseil du 17 novembre 2003 sur la surveillance des zoonoses et des agents zoonotiques, modifiant la décision 90/424/CEE du Conseil et abrogeant la directive 92/117/CEE du Conseil (1), et notamment son article 8, paragraphe 3, | Having regard to Directive 2003/99/EC of the European Parliament and of the Council of 17 November 2003 on the monitoring of zoonoses and zoonotic agents, amending Council Decision 90/424/EEC and repealing Council Directive 92/117/EEC (1), and in particular Article 8(3) thereof, |
| considérant ce qui suit: | Whereas: |
| (1) | L’article 8, paragraphe 2, de la directive 2003/99/CE impose à l’autorité compétente de l’État membre concerné de procéder à une enquête sur les foyers de toxi-infection alimentaire en collaboration avec les autorités compétentes chargées de faire face aux menaces transfrontières graves pour la santé humaine et à leurs conséquences conformément à la décision no 2119/98/CE du Parlement européen et du Conseil (2). Ladite décision a été abrogée par la décision no 1082/2013/UE du Parlement européen et du Conseil (3), qui a ensuite été abrogée et remplacée par le règlement (UE) 2022/2371 du Parlement européen et du Conseil (4). Ces enquêtes doivent permettre de réunir des informations sur le profil épidémiologique, les denrées alimentaires pouvant être impliquées et les causes potentielles des foyers, et comprendre des études épidémiologiques et microbiologiques appropriées. | (1) | Article 8(2) of Directive 2003/99/EC requires the competent authority of the respective Member State to investigate food-borne outbreaks in cooperation with the competent authorities responsible for addressing serious cross-border threats to human health and the consequences thereof pursuant to Decision No 2119/98/EC of the European Parliament and of the Council (2). That Decision was repealed by Decision No 1082/2013/EU of the European Parliament and of the Council (3), which was later repealed and replaced by Regulation (EU) 2022/2371 of the European Parliament and of the Council (4). Those investigations are to provide data on the epidemiological profile, the foodstuffs potentially implicated, the potential causes of the outbreaks, as well as to include adequate epidemiological and microbiological studies. |
| (2) | L’efficacité et la coopération intersectorielle entre les autorités chargées de la santé publique et de la sécurité des aliments dans le cadre de ces enquêtes sont essentielles pour limiter les effets sur la santé publique d’un foyer de toxi-infection alimentaire et pour réduire au minimum l’incidence économique liée aux rappels et au retrait des denrées alimentaires dangereuses ou potentiellement dangereuses. À cette fin, l’identification rapide et fiable des lots ou envois contenant des denrées alimentaires contaminées et de la cause du foyer est nécessaire. | (2) | The efficiency and the cross-sectorial cooperation between public health and food safety authorities in such investigations is essential to limit the public health impact of an outbreak and to minimize the economic impact linked to recalls and withdrawal of unsafe or potentially unsafe food. For this purpose, the quick and reliable identification of batches and lots or consignments containing contaminated food and the cause of the outbreak is necessary. |
| (3) | Le séquençage du génome entier (SGE) est une technique d’analyse moléculaire moderne pour les études microbiologiques qui facilite grandement l’identification rapide des groupes de micro-organismes, soutenant ainsi les enquêtes épidémiologiques. Il permet d’établir des liens entre les isolats d’agents pathogènes d’origine alimentaire prélevés sur l’homme, les denrées alimentaires, les animaux, les aliments pour animaux et l’environnement connexe au cours de l’enquête sur un foyer de toxi-infection alimentaire. | (3) | Whole genome sequencing (WGS) is a modern molecular analytical technique for microbiological studies which facilitates greatly the swift identification of clusters of microorganisms, supporting the epidemiological investigations. It enables to establish links between isolates of food-borne pathogens recovered from humans, food, animals, feed and the related environment during the outbreak investigation. |
| (4) | Afin de faciliter considérablement les enquêtes sur les foyers de toxi-infection alimentaire et la détection en temps utile des sources de ces foyers, les États membres devraient être tenus de collecter des isolats de Salmonella enterica, de Listeria monocytogenes, d’Escherichia coli, de Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli provenant d’échantillons de denrées alimentaires, d’animaux, d’aliments pour animaux et d’échantillons environnementaux connexes auprès des exploitants du secteur alimentaire et du secteur de l’alimentation animale, ainsi que lors des contrôles officiels, lorsque ces isolats sont associés ou suspectés d’être associés à un foyer de toxi-infection alimentaire. Les États membres devraient également être tenus d’effectuer un SGE sur ces isolats. | (4) | To substantially facilitate food-borne outbreak investigations and the timely detection of the sources of those outbreaks, Member States should be required to collect Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni and Campylobacter coli isolates derived from food, animal, feed and related environmental samples from food and feed business operators and during official controls, where those isolates are associated or suspected to be associated with a food-borne outbreak. Member States should also be required to carry out WGS on those isolates. |
| (5) | Les États membres devraient transmettre les résultats du SGE réalisé sur les isolats de ces agents pathogènes provenant de denrées alimentaires, d’animaux, d’aliments pour animaux et de l’environnement connexe à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (ci-après l’«Autorité»), qui a mis au point un système commun fondé sur le principe «Une seule santé» en collaboration avec le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Dans le cadre du système commun «Une seule santé», l’Autorité peut comparer les résultats du SGE sur les isolats de ces agents pathogènes collectés conformément au présent règlement avec les résultats du SGE sur les isolats humains communiqués à l’ECDC conformément à l’article 13, paragraphe 3, point d), du règlement (UE) 2022/2371. Cette comparaison permet d’identifier la source d’un foyer et les lots touchés lorsqu’elle est utilisée en combinaison avec des données provenant d’enquêtes épidémiologiques. Lors de la transmission des résultats du SGE à l’Autorité, il convient d’inclure des données y afférentes supplémentaires, essentielles à l’enquête sur les foyers de toxi-infection alimentaire. | (5) | The Member States should transmit the results from WGS on isolates of those pathogens from food, animals, feed and the related environment to the European Food Safety Authority (the ‘Authority’) that developed a joint One Health system together with the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Within the joint One Health system, the Authority can compare the results from WGS on isolates of those pathogens collected in accordance with this Regulation with the results from WGS in human isolates communicated to ECDC in accordance with Article 13(3), point (d), of Regulation (EU) 2022/2371. Such comparison allows the identification of the source of an outbreak and of the affected consignments when used in combination with data from epidemiological investigations. When transmitting the results of the WGS to the EFSA Authority, additional related data, essential for the investigation of foodborne outbreaks, should be included. |
| (6) | Il convient d’accorder aux États membres et à l’Autorité suffisamment de temps pour s’adapter aux nouvelles exigences relatives à la collecte d’isolats provenant d’échantillons de denrées alimentaires, d’animaux et d’aliments pour animaux et d’échantillons environnementaux connexes, au SGE de ces isolats et à la transmission des données y afférentes, afin de prévoir les applications techniques et les moyens financiers nécessaires. Les exigences du présent règlement devraient donc commencer à s’appliquer 18 mois après la date d’entrée en vigueur du présent règlement. | (6) | It is appropriate to grant to Member States and the Authority sufficient time to adapt to the new requirements on collecting isolates derived from food, animal, feed and related environmental samples, the WGS of those isolates and the transmission of the related data in order to provide for the necessary technical applications and financial means. The requirements in this Regulation should therefore start to apply 18 months from the date of entry into force of this Regulation. |
| (7) | Les mesures prévues par le présent règlement sont conformes à l’avis du comité permanent des végétaux, des animaux, des denrées alimentaires et des aliments pour animaux, | (7) | The measures provided for in this Regulation are in accordance with the opinion of the Standing Committee on Plants, Animals, Food and Feed, |
| A ADOPTÉ LE PRÉSENT RÈGLEMENT: | HAS ADOPTED THIS REGULATION: |
| Article premier | Article 1 |
| Collecte et séquençage du génome entier (SGE) des isolats d’agents pathogènes d’origine alimentaire associés à des foyers de toxi-infection alimentaire | Collection and Whole Genome Sequencing (WGS) of isolates of food-borne pathogens associated with food-borne outbreaks |
| 1. L’autorité compétente chargée d’enquêter sur les foyers de toxi-infection alimentaire conformément à l’article 8 de la directive 2003/99/CE collecte, dans les meilleurs délais, des isolats de Salmonella enterica, de Listeria monocytogenes, d’Escherichia coli, de Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli, lorsque ces agents pathogènes sont associés ou suspectés d’être associés à un foyer de toxi-infection alimentaire, sur la base des informations analytiques ou épidémiologiques disponibles, dans l’État membre de cette autorité compétente ou dans un autre État membre, et qu’ils proviennent d’échantillons prélevés sur les denrées alimentaires, les animaux et les aliments pour animaux suspectés ou l’environnement connexe au cours des enquêtes relatives à l’apparition de foyers de toxi-infection alimentaire. | 1. The competent authority responsible for the investigation of food-borne outbreaks pursuant to Article 8 of Directive 2003/99/EC shall collect, without undue delay, isolates of Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni and Campylobacter coli, where those pathogens are associated or suspected to be associated with a food-borne outbreak, based on the available analytical or epidemiological information, in the Member State of that competent authority or in another Member State and they were derived from samples taken from the suspected food, animals, feed or the related environment during foodborne outbreak investigations. |
| 2. L’autorité compétente effectue un SGE sur au moins un isolat de chaque sérotype, biotype ou type moléculaire des isolats collectés visés au paragraphe 1 du présent article dans un laboratoire officiel visé à l’article 37 du règlement (UE) 2017/625 du Parlement européen et du Conseil (5) et accrédité pour cette méthode conformément à la norme ISO 17025. | 2. The competent authority shall carry out WGS on at least one isolate of each serovar, biotype or molecular type of the collected isolates referred to in paragraph 1 of this Article in an official laboratory which is referred to in Article 37 of Regulation (EU) 2017/625 of the European Parliament and of the Council (5) and which is accredited for this method according to ISO 17025. |
| 3. Les exploitants du secteur alimentaire et du secteur de l’alimentation animale soumettent à l’autorité compétente, à sa demande, et lorsqu’ils sont disponibles, les isolats des agents pathogènes visés au paragraphe 1 et les résultats correspondants du SGE résultant de leurs propres enquêtes, lorsque ces isolats sont associés ou suspectés d’être associés à un foyer, ainsi que les données connexes visées à l’article 2, paragraphe 2. | 3. Where available, food and feed business operators shall submit to the competent authority, upon its request, the isolates of the pathogens referred to in paragraph 1 and the related results from WGS from their own investigations when associated or suspected to be associated with an outbreak, together with the associated data referred to in Article 2(2). |
| Article 2 | Article 2 |
| Transmission des résultats du SGE | Transmission of the results from the WGS |
| 1. L’autorité compétente visée à l’article 1er transmet dans les meilleurs délais à l’Autorité les résultats du SGE effectué sur les isolats de Salmonella enterica, de Listeria monocytogenes, d’Escherichia coli, de Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli visés à l’article 1er, paragraphe 1. | 1. The competent authority referred to in Article 1 shall transmit, without undue delay, to the Authority the results of the WGS carried out on the isolates of Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni and Campylobacter coli, referred to in Article 1(1). |
| 2. Les données visées au paragraphe 1 sont accompagnées des données connexes suivantes: | 2. The data referred to in paragraph 1 shall be accompanied by the following associated data: |
| a) | un numéro de référence unique de la séquence génomique de l’isolat à partir duquel la séquence a été générée; | (a) | a unique reference number of the genome sequence of the isolate from which the sequence has been generated; |
| b) | un numéro de référence unique de l’échantillon à partir duquel l’agent pathogène a été isolé; | (b) | a unique reference number of the sample from which the pathogen has been isolated; |
| c) | l’espèce pathogène; | (c) | the pathogen species; |
| d) | la description de la denrée alimentaire, de l’espèce animale, de l’aliment pour animaux ou de l’environnement dont provient l’isolat; | (d) | the description of the food, animal species, feed or environment the isolate was derived from; |
| e) | la date d’échantillonnage; | (e) | the date of sampling; |
| f) | l’État membre d’échantillonnage; | (f) | the Member State of sampling; |
| g) | si elle est notifiée dans le système d’alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF), la référence à la notification associée à l’isolat; | (g) | if notified in the Rapid Alert System for Food and Feed (RASFF), the reference to the notification associated with the isolate; |
| h) | un numéro de référence unique du foyer de toxi-infection alimentaire ayant fait l’objet d’une enquête au niveau national. | (h) | a unique reference number of the foodborne outbreak investigated at national level. |
| Article 3 | Article 3 |
| Entrée en vigueur et date d’application | Entry into force and date of application |
| Le présent règlement entre en vigueur le vingtième jour suivant celui de sa publication au Journal officiel de l’Union européenne. | This Regulation shall enter into force on the twentieth day following that of its publication in the Official Journal of the European Union. |
| Il est applicable à partir du 23 août 2026. | It shall apply from 23 August 2026. |
| Le présent règlement est obligatoire dans tous ses éléments et directement applicable dans tout État membre. | This Regulation shall be binding in its entirety and directly applicable in all Member States. |
| Fait à Bruxelles, le 31 janvier 2025. | Done at Brussels, 31 January 2025. |
| Par la Commission | For the Commission |
| La présidente | The President |
| Ursula VON DER LEYEN | Ursula VON DER LEYEN |
| (1)
JO L 325 du 12.12.2003, p. 31, ELI: http://data.europa.eu/eli/dir/2003/99/oj. | (1)
OJ L 325, 12.12.2003, p. 31, ELI: http://data.europa.eu/eli/dir/2003/99/oj. |
| (2) Décision no 2119/98/CE du Parlement européen et du Conseil du 24 septembre 1998 instaurant un réseau de surveillance épidémiologique et de contrôle des maladies transmissibles dans la Communauté (JO L 268 du 3.10.1998, p. 1, ELI: http://data.europa.eu/eli/dec/1998/2119/oj). | (2) Decision No 2119/98/EC of the European Parliament and of the Council of 24 September 1998 setting up a network for the epidemiological surveillance and control of communicable diseases in the Community (OJ L 268, 3.10.1998, p. 1, ELI: http://data.europa.eu/eli/dec/1998/2119/oj). |
| (3) Décision no 1082/2013/UE du Parlement européen et du Conseil du 22 octobre 2013 relative aux menaces transfrontières graves sur la santé et abrogeant la décision no 2119/98/CE (JO L 293 du 5.11.2013, p. 1, ELI: http://data.europa.eu/eli/dec/2013/1082/oj). | (3) Decision No 1082/2013/EU of the European Parliament and of the Council of 22 October 2013 on serious cross-border threats to health and repealing Decision No 2119/98/EC (OJ L 293, 5.11.2013, p. 1, ELI: http://data.europa.eu/eli/dec/2013/1082/oj). |
| (4) Règlement (UE) 2022/2371 du Parlement européen et du Conseil du 23 novembre 2022 concernant les menaces transfrontières graves pour la santé et abrogeant la décision no 1082/2013/UE (JO L 314 du 6.12.2022, p. 26, ELI: http://data.europa.eu/eli/reg/2022/2371/oj). | (4) Regulation (EU) 2022/2371 of the European Parliament and of the Council of 23 November 2022 on serious cross-border threats to health and repealing Decision No 1082/2013/EU (OJ L 314, 6.12.2022, p. 26, ELI: http://data.europa.eu/eli/reg/2022/2371/oj). |
| (5) Règlement (UE) 2017/625 du Parlement européen et du Conseil du 15 mars 2017 concernant les contrôles officiels et les autres activités officielles servant à assurer le respect de la législation alimentaire et de la législation relative aux aliments pour animaux ainsi que des règles relatives à la santé et au bien-être des animaux, à la santé des végétaux et aux produits phytopharmaceutiques, modifiant les règlements du Parlement européen et du Conseil (CE) no 999/2001, (CE) no 396/2005, (CE) no 1069/2009, (CE) no 1107/2009, (UE) no 1151/2012, (UE) no 652/2014, (UE) 2016/429 et (UE) 2016/2031, les règlements du Conseil (CE) no 1/2005 et (CE) no 1099/2009 ainsi que les directives du Conseil 98/58/CE, 1999/74/CE, 2007/43/CE, 2008/119/CE et 2008/120/CE, et abrogeant les règlements du Parlement européen et du Conseil (CE) no 854/2004 et (CE) no 882/2004, les directives du Conseil 89/608/CEE, 89/662/CEE, 90/425/CEE, 91/496/CEE, 96/23/CE, 96/93/CE et 97/78/CE ainsi que la décision 92/438/CEE du Conseil (JO L 95 du 7.4.2017, p. 1, ELI: http://data.europa.eu/eli/reg/2017/625/oj). | (5) Regulation (EU) 2017/625 of the European Parliament and of the Council of 15 March 2017 on official controls and other official activities performed to ensure the application of food and feed law, rules on animal health and welfare, plant health and plant protection products, amending Regulations (EC) No 999/2001, (EC) No 396/2005, (EC) No 1069/2009, (EC) No 1107/2009, (EU) No 1151/2012, (EU) No 652/2014, (EU) 2016/429 and (EU) 2016/2031 of the European Parliament and of the Council, Council Regulations (EC) No 1/2005 and (EC) No 1099/2009 and Council Directives 98/58/EC, 1999/74/EC, 2007/43/EC, 2008/119/EC and 2008/120/EC, and repealing Regulations (EC) No 854/2004 and (EC) No 882/2004 of the European Parliament and of the Council, Council Directives 89/608/EEC, 89/662/EEC, 90/425/EEC, 91/496/EEC, 96/23/EC, 96/93/EC and 97/78/EC and Council Decision 92/438/EEC (OJ L 95, 7.4.2017, p. 1, ELI: http://data.europa.eu/eli/reg/2017/625/oj). |
| ELI: http://data.europa.eu/eli/reg_impl/2025/179/oj | ELI: http://data.europa.eu/eli/reg_impl/2025/179/oj |
| ISSN 1977-0693 (electronic edition) | ISSN 1977-0677 (electronic edition) |
