Erstens habe der Rat keine Zuständigkeit gehabt, auf der Grundlage von Art. 108 Abs. 2 Unterabs. 3 AEUV tätig zu werden, weil die von ihm genehmigte Beihilfe eine bestehende Beihilfe gewesen sei, zu deren Auslaufenlassen bis Ende 2009 sich Litauen verpflichtet habe, als es den dafür von der Kommission vorgeschlagenen zweckdienlichen Maßnahmen zugestimmt habe.

Zweitens habe der Rat durch die Genehmigung der Beibehaltung der Beihilfemaßnahmen bis 2013 seine Befugnisse missbraucht, indem er versucht habe, der Entscheidung, wonach Litauen diese Maßnahmen bis Ende 2009, aber nicht darüber hinaus habe beibehalten können, ihre Wirkung zu nehmen.

Drittens sei der angefochtene Beschluss unter Verstoß gegen den Grundsatz der loyalen Zusammenarbeit erlassen worden, der sowohl für die Mitgliedstaaten wie auch zwischen den Organen gelte. Mit seinem Beschluss habe der Rat Litauen aus seiner Verpflichtung entlassen, mit der Kommission in Bezug auf die zweckdienlichen Maßnahmen, denen Litauen hinsichtlich bestehender Beihilfen für den Erwerb landwirtschaftlicher Flächen im Rahmen der in Art. 108 Abs. 1 AEUV festgelegten Zusammenarbeit zugestimmt habe, zusammenzuarbeiten.

Schließlich habe der Rat insoweit einen offensichtlichen Beurteilungsfehler begangen, als er befunden habe, dass außergewöhnliche Umstände vorgelegen hätten, die den Erlass der genehmigten Maßnahme rechtfertigten. Soweit außergewöhnliche Umstände vorliegen sollten, genehmige der angefochtene Beschluss Beihilfen, die diesen außergewöhnlichen Umständen nicht gerecht werden könnten oder unter Verstoß gegen den Verhältnismäßigkeitsgrundsatz über das hinausgingen, was diese Umstände erforderten.