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O recorrente invoca a violação dos princípios mencionados na medida em que: (i) a sede da EMA foi escolhida por uma única instituição, o Conselho, na sequência do processo decisório que culminou com a adoção da decisão de 20 de novembro de 2017, que determinou o conteúdo do regulamento impugnado (isto é a localização da sede da EMA em Amesterdão), à margem do processo legislativo ordinário e antes de este se iniciar; (ii) no processo de seleção da sede da EMA, que, de facto, culminou o processo decisório, o Conselho e a Comissão — as duas únicas instituições envolvidas no processo de seleção — não consultaram o Parlamento; (iii) no âmbito do processo legislativo ordinário, o Conselho e a Comissão confrontaram o Parlamento com o facto consumado da escolha (já feita) da sede de Amesterdão; (iv) o Conselho e a Comissão não deixaram ao Parlamento qualquer margem de ação para avaliar e questionar tal decisão, pelo contrário, esforçaram-se em concluir o processo legislativo no mais curto espaço de tempo possível; (v) o Parlamento ficou impossibilitado de exercer a função que os Tratados lhe conferem e, no processo legislativo, viu-se obrigado, contra sua vontade, a «ratificar» a decisão adotada pelo Conselho.

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No entender do recorrente, o objetivo do processo de seleção era determinar a melhor proposta para a relocalização da sede da EMA à luz de critérios objetivos de seleção previstos no anúncio de concurso. Todavia, no caso presente, a escolha da sede por sorteio sem um procedimento instrutório prévio, não permitiu verificar a falta de equivalência das duas candidaturas, a de Milão e a de Amesterdão e escolher a melhor proposta. Além disso, o resultado da votação de 20 de novembro de 2017 a favor de Amesterdão decorre do facto de a Comissão não ter procedido a uma verdadeira instrução e da desvirtuação da proposta holandesa (o que se verificou em relação a vários aspetos essenciais). Consequentemente, o recorrente sustenta que os Estados-Membros votaram a candidatura de Amesterdão por considerarem erradamente, que esta cumpria os requisitos estabelecidos no anúncio de concurso e as exigências específicas da Agência. Além disso, alega que a proposta holandesa foi modificada ex post (em sentido desfavorável) na sequência da votação de 20 de novembro de 2017. As modificações da proposta foram negociadas secreta e bilateralmente. Segundo o recorrente, os vícios de que padece a decisão de 20 de novembro de 2017 implicam a ilegalidade do regulamento impugnado.

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A este respeito, o recorrente alega que o processo decisório que conduziu à escolha da nova sede da EMA se caracterizou pela inexistência de requisitos de forma e de modalidades destinados a garantir a necessária transparência. Sustenta que as deficiências da instrução e a renegociação posterior, bilateral e secreta, de algumas das condições da proposta holandesa agravaram a violação do princípio da transparência. Além disso, não foram tidos em conta muitos elementos relevantes para adotar a decisão. A falta de avaliação efetiva das propostas e a desvirtuação da proposta holandesa pela Comissão relativamente a três aspetos essenciais (área da sede temporária, condições financeiras, inaptidão para garantir a continuidade das atividades da Agência) agravaram a violação do principio da boa administração.

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A este respeito, o recorrente alega que as modalidades de votação e o resultado da mesma enfermam de vícios, devido à violação das normas específicas que o Conselho deveria ter observado e que tal circunstância implica a ilegalidade da decisão de 20 de novembro de 2017 e do regulamento impugnado.