ARRÊT DE LA COUR (troisième chambre)

28 février 2013 (*)

«Pourvoi – Fonds européen de développement régional (FEDER) – Règlement (CEE) n° 2052/88 – Article 13, paragraphe 3 – Règlement (CEE) n° 4253/88 – Article 21, paragraphe 1 – Subvention globale de soutien à l’investissement local au Portugal – Réduction du concours financier»

Dans l’affaire C‑246/11 P,

ayant pour objet un pourvoi au titre de l’article 56 du statut de la Cour de justice de l’Union européenne, introduit le 16 mai 2011,

République portugaise, représentée par MM. L. Inez Fernandes et A. Gattini ainsi que par M^me S. Rodrigues, en qualité d’agents,

partie requérante,

l’autre partie à la procédure étant:

Commission européenne, représentée par MM. L. Flynn et P. Guerra e Andrade ainsi que par M^me A. Steiblytė, en qualité d’agents,

partie défenderesse en première instance,

LA COUR (troisième chambre),

composée de M. M. Ilešič, président de chambre, MM. E. Jarašiūnas, A. Ó Caoimh, M^me C. Toader et M. C. G. Fernlund (rapporteur), juges,

avocat général: M. N. Jääskinen,

greffier: M. A. Calot Escobar,

vu la procédure écrite,

vu la décision prise, l’avocat général entendu, de juger l’affaire sans conclusions,

rend le présent

Arrêt

1        Par son pourvoi, la République portugaise demande l’annulation de l’arrêt du Tribunal de l’Union européenne du 3 mars 2011, Portugal/Commission (T‑387/07, Rec. p. II‑903, ci-après l’«arrêt attaqué»), par lequel celui-ci a rejeté son recours tendant à l’annulation partielle de la décision C (2007) 3772 de la Commission, du 31 juillet 2007, relative à la réduction du concours du Fonds européen de développement régional (FEDER) concernant la subvention globale d’aide à l’investissement local au Portugal au titre de la décision C (95) 1769 de la Commission, du 28 juillet 1995 (ci-après la «décision litigieuse»).

 Le cadre juridique

2        Le règlement (CEE) n° 2052/88 du Conseil, du 24 juin 1988, concernant les missions des Fonds à finalité structurelle, leur efficacité ainsi que la coordination de leurs interventions entre elles et celles de la Banque européenne d’investissement et des autres instruments financiers existants (JO L 185, p. 9), tel que modifié par le règlement (CEE) n° 2081/93 du Conseil, du 20 juillet 1993 (JO L 193, p. 5, ci-après le «règlement n° 2052/88»), définissait les règles de mise en œuvre de la politique de cohésion économique et sociale, l’Union européenne agissant en la matière en partenariat avec les autorités nationales.

3        En ce qui concerne le FEDER, le Fonds européen d’orientation et de garantie agricole (FEOGA) et le Fonds social européen (ci-après «les Fonds structurels»), l’article 5, paragraphe 2, sous c), du règlement n° 2052/88, prévoyait que leur intervention financière peut être acquise sous la forme d’un octroi de subventions globales, en règle générale gérées par un intermédiaire, désigné par l’État membre en accord avec la Commission européenne, qui en assure la répartition en subventions individuelles octroyées aux bénéficiaires finals.

4        En application de l’article 13, paragraphe 3, premier alinéa, du règlement n° 2052/88, la participation communautaire accordée au titre du FEDER est limitée à 75 % au plus du coût total des dépenses publiques.

5        Le règlement (CEE) n° 4253/88 du Conseil, du 19 décembre 1988, portant dispositions d’application du règlement (CEE) n° 2052/88 en ce qui concerne la coordination entre les interventions des différents Fonds structurels, d’une part, et entre celles-ci et celles de la Banque européenne d’investissement et des autres instruments financiers existants, d’autre part (JO L 374, p. 1), tel que modifié par le règlement (CEE) n° 2082/93 du Conseil, du 20 juillet 1993 (JO L 193, p. 20, ci-après le «règlement n° 4253/88»), énonçait, en son article 14, paragraphe 4, que «les engagements respectifs des partenaires, pris dans le cadre d’un contrat au sein du partenariat, sont reflétés dans les décisions d’octroi de concours de la Commission». En vertu de l’article 21, paragraphe 1, de ce règlement, le paiement du concours financier peut revêtir soit la forme d’avances, soit la forme de paiements définitifs se référant aux dépenses effectives encourues. Le paragraphe 3, deuxième alinéa, de cet article dispose que les paiements doivent être faits aux bénéficiaires finals sans aucune déduction ni retenue qui puisse réduire le montant de l’aide financière à laquelle ils ont droit.

6        L’article 6, paragraphe 1, première phrase, du règlement (CEE) n° 4254/88 du Conseil, du 19 novembre 1988, portant dispositions d’application du règlement (CEE) n° 2052/88 en ce qui concerne le Fonds européen de développement régional (JO L 374, p. 15), disposait que la Commission peut confier à des intermédiaires appropriés la gestion des subventions globales. Le paragraphe 2 de cet article règle les modalités d’utilisation des subventions globales qui font l’objet d’une convention conclue, en accord avec l’État membre concerné, entre la Commission et l’intermédiaire concerné. Ces modalités précisent notamment les types d’actions à entreprendre, les critères de choix des bénéficiaires, les conditions et les taux d’octroi du concours du FEDER et les modalités du suivi de l’utilisation des subventions globales.

7        L’article 24 du règlement n° 4253/88 prévoyait la réduction du concours financier octroyé par le FEDER si des irrégularités dans la mise en œuvre de l’action subventionnée sont constatées, en précisant que toute somme donnant lieu à répétition de l’indu doit être reversée à la Commission et que les sommes non reversées sont majorées d’intérêts de retard.

8        Les règlements n^os 2052/88 et 4253/88 ont été abrogés avec effet le 1^er janvier 2000 par le règlement (CE) n° 1260/1999 du Conseil, du 21 juin 1999, portant dispositions générales sur les Fonds structurels (JO L 161, p. 1), lequel est entré en vigueur le 29 juin 1999. Parmi les dispositions transitoires figurant à l’article 52 de ce règlement, il est précisé que celui-ci n’affecte pas la poursuite ni la modification, y compris la suppression totale ou partielle, d’une intervention approuvée par la Commission sur la base des règlements n^os 2052/88 et 4253/88.

9        L’article 52, paragraphe 5, second alinéa, du règlement n° 1260/1999 est rédigé comme suit:

«Les parties des sommes engagées pour les programmes décidés par la Commission entre le 1^er janvier 1994 et le 31 décembre 1999 et qui n’ont pas fait l’objet d’une demande de paiement définitif à la Commission au plus tard le 31 mars 2003 sont dégagées d’office par celle-ci au plus tard le 30 septembre 2003 et donnent lieu au remboursement des sommes indues, sans préjudice des opérations ou programmes qui font l’objet de suspension pour raison judiciaire.»

 Les antécédents du litige

 La décision d’octroi du soutien communautaire

10      Par la décision C (95) 1765, du 28 juillet 1995, modifiée par la décision C (99) 3694, du 15 novembre 1999, la Commission a accordé une subvention globale d’aide à l’investissement local (ci-après la «SGAIA») à la Caixa Geral de Depòsitos SA (ci-après la «Caixa»), organisme intermédiaire chargé de sa gestion pour la période allant du 1^er janvier 1994 au 31 décembre 1999 (ci-après la «décision d’octroi»).

11      La SGAIA consistait en une bonification des taux d’intérêts des emprunts à moyen et à long terme contractés par des collectivités locales portugaises pour réaliser des investissements d’infrastructure. Le montant maximal du concours du FEDER à la SGAIA était de 25 millions d’euros.

12      L’article 1^er, paragraphe 2, de la décision d’octroi prévoit que les modalités d’octroi de la SGAIA font l’objet d’une convention à conclure, en accord avec l’État membre, entre la Commission et la Caixa. Cette convention est annexée à la décision d’octroi, conformément aux dispositions de l’article 2, deuxième alinéa, de cette dernière.

13      L’article 5 de la décision d’octroi dispose:

«L’appui communautaire portera sur les dépenses liées aux opérations couvertes par la [SGAIA] qui auront fait l’objet, dans l’État membre, de dispositions juridiquement contraignantes et concernant lesquelles les moyens financiers nécessaires auront été spécifiquement autorisés jusqu’au 31 décembre 1999, au plus tard. La date limite pour la prise en charge des dépenses de ces actions est le 31 décembre 2001.»

 La convention entre la Commission et la Caixa

14      Le 15 novembre 1995, la Commission et la Caixa ont conclu une convention qui établit les conditions d’octroi et d’utilisation de la SGAIA, déléguée par la Commission à la Caixa (ci-après la «convention»).

15      L’article 1^er, paragraphe 2, de la convention stipule qu’elle reste valable jusqu’au 31 décembre 1999 pour les contrats conclus avec les bénéficiaires. Les paiements, les libérations ou les débours des prêts peuvent être effectués jusqu’au 31 décembre 2001. La clôture des comptes, le rapport final, la certification finale et la demande de paiement du solde à la Commission doivent être effectués au plus tard le 30 juin 2002.

16      L’article 4, paragraphe 2, de la convention prévoit que les bonifications de taux d’intérêts cofinancées par le FEDER sont octroyées pour une période maximale de huit années.

17      L’article 8 de la convention règle le calcul des bonifications. En vertu du paragraphe 1 de cet article, les bonifications d’intérêts financées par la Commission doivent être octroyées pendant une durée maximale correspondant aux huit premières années des prêts accordés par la Caixa aux bénéficiaires.

18      L’article 8, paragraphe 5, de la convention dispose:

«Lors de la réalisation du contrat de prêt, la Caixa procédera au calcul indicatif provisoire du montant cumulé des bonifications FEDER à accorder, lesquelles constitueront le montant maximal des bonifications, en vue de sa programmation prévisionnelle interne d’utilisation de la [SGAIA], et elles ne peuvent en aucun cas être déjà débitables du compte spécial en [euros], ni ne peuvent être certifiées à la Commission comme étant des dépenses effectivement encourues.

Les bonifications seront définitivement accordées, converties et débitées du compte spécial en [euros] visé à l’article 7, paragraphe 4, [de la convention] aux dates de paiement des intérêts, en fonction de l’utilisation effective du prêt déjà libéré, en utilisant le taux de change mensuel publié par la Commission concernant la date de valeur comptabilisée par la Caixa [...].

Les dépenses d’assistance technique seront débitées de ce compte selon les mêmes procédure et modalité jusqu’à la limite établie.

À la date de valeur du 31 décembre 2001, date limite de paiement, la Caixa procédera au calcul définitif du montant du flux de reliquats de bonifications du FEDER de chaque prêt, l’actualisera [...], le convertira et le débitera du compte spécial en [euros].

Les virements du compte spécial en [euros] comporteront une communication identifiant le contrat avec le bénéficiaire ou l’assistance technique ou les avances ou les intérêts ou tout autre éventuel mouvement tel que les reprises ou les corrections.

Les débits ainsi effectués du compte spécial en [euros] peuvent être certifiés à la Commission comme étant des dépenses FEDER effectivement effectuées et payées. La contrepartie nationale de la bonification, qui ne figure pas sur ce compte, sera calculée et convertie en [euros] au 31 décembre 2001 pour la certification, séparément et selon les mêmes procédure et modalité.

Au cas où la bonification FEDER débitée et certifiée ne serait pas utilisée par le bénéficiaire pour une raison quelconque telle que, notamment, le remboursement anticipé du prêt ou le défaut d’exécution du contrat, la Caixa s’engage à créditer le compte spécial en [euros] en utilisant le taux de change du débit concerné, à la date de valeur de l’événement et à rembourser la Commission dans les six mois suivants, quand bien même la présente convention serait déjà éteinte et la [SGAIA] soldée et clôturée.»

19      Aux termes de l’article 8, paragraphe 6, de la convention:

«Jusqu’au 31 décembre 2001, seules les bonifications dont les bénéficiaires ont effectivement bénéficié aux dates de paiement des intérêts peuvent être certifiées à la Commission comme étant des dépenses effectivement réalisées susceptibles de déclencher une nouvelle avance et le débours du solde final [...]. Au cours du semestre suivant le 31 décembre 2001, les reliquats de bonifications futures seront également calculés, actualisés et pourront être certifiés comme étant des paiements, en vue de la clôture et du solde de la [SGAIA] par la Commission. Les bonifications du FEDER seront ainsi débitées du compte spécial en [euros].»

20      La convention désigne le droit portugais comme loi applicable à cette convention et attribue compétence à la Cour pour connaître des litiges concernant la validité, l’interprétation ou l’exécution de celle-ci.

 La décision litigieuse

21      La Commission a versé une avance de 20 millions d’euros à la Caixa au titre de la SGAIA.

22      Le 30 juillet 2002, la Caixa a demandé à la Commission le paiement du solde de la SGAIA (1 992 330,28 euros) et fixé la valeur des bonifications non échues à 8 834 657,94 euros.

23      La Commission a refusé de faire droit à cette demande en raison de problèmes soulevés à la suite d’une enquête de l’Inspection générale des finances portugaise.

24      Les 7 mars et 20 octobre 2003, la Caixa a révisé à la baisse sa demande. En conséquence, elle a fixé à 1 925 858,61 euros le montant du solde de la SGAIA et à 8 768 186,27 euros le montant des bonifications non échues.

25      Le 25 mai 2004, la Commission a informé les autorités portugaises qu’elle ne pourrait pas payer le solde de la SGAIA.

26      Le 16 décembre 2004, la Commission a indiqué aux autorités portugaises que le montant du concours financier du FEDER à récupérer était de 8 086 424,04 euros.

27      Le 31 juillet 2007, la Commission a adopté la décision litigieuse. Après une description du programme SGAIA et des procédures de clôture, la Commission relève que, au moment de l’analyse du dossier de clôture, ses services ont remarqué que le concours du FEDER, pour la bonification d’intérêts jusqu’au 31 décembre 2001, atteignait 82 % du total des bonifications payées jusqu’à cette date. Selon le considérant 17 de la décision litigieuse, cette situation est contraire à l’article 13, paragraphe 3, du règlement n° 2052/88, qui fixe à 75 % le plafond de la contribution du FEDER.

28      La Commission a également constaté, au considérant 18 de la décision litigieuse, que, conformément à l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, l’État membre ne peut obtenir un paiement au titre du concours du FEDER que pour les dépenses effectuées. Elle a relevé qu’une partie des bonifications d’intérêts ne devait être payée qu’après le 31 décembre 2001, et donc que cette partie des dépenses n’avait pas encore été effectuée à cette date. Or, pour pouvoir être considérée comme une dépense réellement effectuée, au sens de cet article 21, paragraphe 1, la République portugaise aurait dû effectuer l’une ou l’autre des opérations suivantes avant le 31 décembre 2001:

–        un «dépôt sur un compte bancaire spécial, du montant des bonifications d’intérêts non échues calculées et actualisées à payer après le 31 décembre 2001», ou

–        un «paiement aux bénéficiaires finals du montant équivalent aux intérêts bonifiés à payer dans le futur».

29      La Commission invoque, à cet égard, au considérant 19 de la décision litigieuse, une note d’orientation n° CCDR‑02‑0033‑00 de ses services, du 29 mai 2002, relative au paiement de subventions restantes à la fin de la période de programmation au titre des régimes de prêts bonifiés (ci-après la «note d’orientation»).

30      Au terme d’une première appréciation, la Commission a estimé, au considérant 25 de la décision litigieuse, que, bien que la convention ne prévoie pas le paiement de la partie nationale des bonifications d’intérêts non échues après le 31 décembre 2001, cette obligation résulte de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 et de l’article 13, paragraphe 3, du règlement n° 2052/88. Par conséquent, la Commission a conclu que «la partie du FEDER concernant ces bonifications d’intérêts non échues calculées et actualisées à payer après le 31 décembre 2001, correspondant à 15 968 612 euros est inéligible», selon les termes du considérant 27 de la décision litigieuse.

31      Enfin, la décision litigieuse, à ses considérants 28 à 36, rend compte d’une réunion entre la Commission et les autorités nationales qui s’est déroulée le 3 mai 2006. À ces dernières, qui invoquaient les dispositions de la convention, la Commission rétorque que, au titre d’une «règle générale de cette convention ainsi que de toutes les interventions soutenues par les Fonds structurels, les autorités nationales ne pouvaient présenter des dépenses pour que la Commission paie que si le paiement correspondant avait déjà été effectué par le bénéficiaire final au 31 décembre 2001», la convention ne prévoyant «aucune dérogation à la règle générale de la date limite applicable aux paiements éligibles».

32      Au considérant 37 de la décision litigieuse, la Commission conclut qu’elle a «détecté une irrégularité concernant le montant des dépenses déclarées lors de la clôture de la subvention globale SGAIA, conformément à ce qui est démontré ci-dessus».

33      Le dispositif de la décision litigieuse est rédigé comme suit:

«Article premier

Le concours financier du [FEDER], [accordé par] la décision [d’octroi], en faveur de la [SGAIA], est réduit d’un montant de 8 086 424,04 euros. Le montant de 8 086 424,04 euros déjà payé doit être remboursé à la Commission.

Le montant maxim[al] du concours du FEDER en faveur de la [SGAIA] est de 11 913 575,96 euros.

Article 2

La République portugaise doit prendre les mesures nécessaires pour informer les bénéficiaires finals de la présente décision.

Article 3

La République portugaise est destinataire de la présente décision.»

 La procédure devant le Tribunal et l’arrêt attaqué

34      Par requête déposée au greffe du Tribunal le 11 octobre 2007, la République portugaise a introduit un recours tendant à l’annulation de l’article 1^er de la décision litigieuse. Elle a soulevé deux moyens au soutien de ses conclusions.

35      Par un premier moyen, pris d’une violation de l’obligation de motivation, la République portugaise faisait valoir que la Commission n’aurait pas identifié, dans la décision litigieuse, la règle dont la méconnaissance est à l’origine de l’irrégularité invoquée au considérant 37 de celle-ci. La République portugaise soutenait que la seule irrégularité invoquée tenait au fait d’avoir considéré comme éligibles des dépenses qui n’étaient pas encore effectuées, en violation de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88. Elle considérait que la violation de l’article 13, paragraphe 3, premier alinéa, du règlement n° 2052/88, en raison de l’absence de versement de la contribution nationale, n’était que le corollaire de cette irrégularité.

36      Aux points 58 à 62 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a jugé que la Commission avait, à suffisance de droit, analysé la nature de l’irrégularité aux considérants 12 à 19 de la décision litigieuse, auxquels le considérant 37 de cette décision fait référence. Le Tribunal a ajouté que, au demeurant, ce moyen démontre que la République portugaise a bien compris que la Commission dénonçait une violation de l’article 13, paragraphe 3, du règlement n° 2052/88 et de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, en raison du fait qu’une partie des bonifications n’avait pas encore été payée à la date du 31 décembre 2001. En conséquence, le Tribunal a rejeté le premier moyen.

37      Par son second moyen, la République portugaise contestait l’existence de l’irrégularité relevée par la Commission.

38      La première branche de ce moyen visait, en substance, à démontrer que la décision litigieuse a été prise en violation des dispositions de la convention, en particulier de son article 8, paragraphe 6, qui définit la procédure de certification des bonifications d’intérêts restant à échoir après la date limite du 31 décembre 2001. Quant à la question du versement de la contrepartie nationale du concours du FEDER pour le reliquat des bonifications d’intérêts futures – lequel pouvait couvrir plusieurs années – la République portugaise estimait qu’il ne pouvait avoir lieu, ces dépenses devant être inscrites annuellement au budget de l’État.

39      Aux points 76 à 107 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a examiné si, en vertu des dispositions réglementaires applicables, ou de la convention, le concours financier du FEDER devait inclure également les bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001.

40      S’appuyant sur le principe de la hiérarchie des normes, le Tribunal a jugé, au point 81 de l’arrêt attaqué, que la convention ne peut être interprétée comme allant à l’encontre des règles communautaires régissant la SGAIA, bien qu’elle puisse permettre de les interpréter.

41      Au point 88 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a considéré que, «sous réserve de l’examen de la convention et sur le seul fondement des dispositions de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 et de l’article 5 de la décision d’octroi, les bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 ne semblent pas être susceptibles de représenter des dépenses effectives encourues».

42      Le Tribunal a ensuite examiné, au point 90 de l’arrêt attaqué, si la convention permet d’inclure ces bonifications. L’échéance du terme de la période d’éligibilité prévue par la décision d’octroi étant fixée au 31 décembre 1999 et la convention prévoyant que les bonifications d’intérêts pouvaient être versées pour une période maximale de huit années, le Tribunal a constaté qu’étaient éligibles des contrats de prêts conclus jusqu’au 31 décembre 1999 avec une durée de validité possible jusqu’au 31 décembre 2007. Il a, par conséquent, estimé probable que de nombreux contrats de prêts autorisés couraient encore après le 31 décembre 2001.

43      Le Tribunal, au point 94 de l’arrêt attaqué, a interprété l’article 8, paragraphes 5 et 6, de la convention, comme prévoyant un régime spécial selon lequel les bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 pouvaient, en principe, être également éligibles au titre de la SGAIA, qu’il s’agisse des bonifications effectivement versées jusqu’à cette date ou de celles à échoir après cette date et dont le calcul et l’actualisation devaient intervenir avant le 30 juin 2002.

44      Or, le Tribunal a relevé, aux points 98 à 100 de l’arrêt attaqué, que les bonifications d’intérêts à échoir après le 31 décembre 2001 n’ont pas été débitées du compte spécial. La seule existence des contrats de prêts avec les bénéficiaires finals ne suffisait pas, selon le Tribunal, à considérer que ces bonifications constituent des «dépenses effectives encourues» au sens de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88.

45      Le Tribunal a précisé, au point 101 de l’arrêt attaqué, que cette conclusion est conforme à l’article 8, paragraphe 6, de la convention. En effet, cette disposition ne prévoit pas que les bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 seraient nécessairement considérées comme des paiements. Le fait qu’elles puissent être certifiées comme étant des paiements n’exclut pas que d’autres conditions préalables devaient être exigées. Selon le Tribunal, «[c]ette disposition énonce également que ces bonifications devaient être débitées du compte spécial, ce qui aurait exigé, en vertu de l’article 8, paragraphe 5, cinquième alinéa, de la convention, des mouvements justifiant les virements de ce compte».

46      Au point 102 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a considéré qu’il «saurait difficilement être considéré que l’intervention communautaire restait ouverte jusqu’au 31 décembre 2007, à savoir longtemps après l’expiration de la convention [...] et après que la Caixa eut présenté le compte rendu de ses dépenses».

47      Le Tribunal ayant estimé que les mesures prises par la République portugaise et la Caixa ne remplissaient pas les conditions prévues à l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, il a jugé, au point 105 de cet arrêt, qu’il n’y avait pas lieu de se prononcer sur les procédures alternatives envisagées au considérant 18 de la décision litigieuse. Il a, en conséquence, rejeté la première branche du second moyen.

48      Par la seconde branche de ce moyen, la République portugaise faisait grief à la Commission de ne pas avoir fait usage de la clause compromissoire de la convention pour le différend qui l’opposait à la Caixa quant à l’existence d’irrégularités.

49      Aux points 112 à 116 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a rejeté cette seconde branche au motif que le litige dont il était saisi n’entre pas dans le champ d’application de la clause compromissoire.

50      Il a, par conséquent, rejeté le recours de la République portugaise dans son ensemble.

 La procédure devant la Cour

51      La République portugaise demande à la Cour:

–        d’annuler l’arrêt attaqué,

–        de renvoyer l’affaire devant le Tribunal, ou, à titre subsidiaire, de trancher définitivement le litige,

–        de condamner la Commission aux dépens.

52      La Commission demande à la Cour:

–        de rejeter le pourvoi dans son intégralité, et

–        de condamner la République portugaise aux dépens.

 Sur le pourvoi

 Sur le premier moyen, tiré d’un défaut de motivation

 Argumentation des parties

53      La République portugaise soutient que l’arrêt attaqué est entaché d’un défaut de motivation.

54      Dans sa requête devant le Tribunal, la République portugaise dénonçait l’incohérence et l’insuffisance de la motivation de la décision litigieuse. Elle soutenait que la décision litigieuse était rédigée dans des termes obscurs qui ne permettaient pas de comprendre si la Commission fondait sa décision sur une violation de l’article 13, paragraphe 3, du règlement n° 2052/88 ou de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88.

55      Aux points 58 à 61 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a jugé que les motifs de la décision litigieuse permettaient à la République portugaise de comprendre que la Commission dénonçait une violation de l’article 13, paragraphe 3, du règlement n° 2052/88 et de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88.

56      La République portugaise estime que cette réponse est inadéquate dans la mesure où le Tribunal n’a pas pris position sur le caractère cohérent et suffisant de la motivation de la décision litigieuse, en particulier s’agissant de ses griefs pris de la violation de l’article 8, paragraphes 5 et 6, de la convention. Elle souligne que, sur le fond, le Tribunal s’est d’ailleurs limité à la question de la prétendue violation de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 sans prendre position sur celle de l’article 13, paragraphe 3, du règlement n° 2052/88.

57      La République portugaise estime, en outre, que le Tribunal a substitué son propre raisonnement à celui suivi dans la décision litigieuse. Il aurait en effet validé la décision litigieuse au motif que la Caixa n’avait pas débité, au 31 décembre 2001, le montant du reliquat des bonifications futures. Or, la décision litigieuse ne reposerait pas sur ce motif. Cette substitution de motifs aurait ainsi permis au Tribunal de corriger le vice de motivation dénoncé par la République portugaise.

58      La Commission objecte que ce premier moyen est manifestement irrecevable, inopérant ou manifestement non fondé.

59      L’argumentation prise du caractère contradictoire de la décision litigieuse ne serait pas étayée et manquerait de précision, de telle sorte que la Commission estime ne pas être en mesure de se défendre. Cette argumentation serait, par conséquent, irrecevable.

60      Selon la Commission, la République portugaise invoque des arguments factuels se rapportant à l’application de l’article 8, paragraphes 5 et 6, de la convention. Or, le pourvoi étant limité aux questions de droit, ces arguments seraient manifestement irrecevables.

61      La Commission allègue que ce premier moyen se rapporte au fond de la décision litigieuse et non à sa motivation. Le pourvoi serait donc, sur ce point, dénué de pertinence.

62      Quant à l’argumentation tirée d’une prétendue substitution de motifs opérée par le Tribunal, la Commission l’estime irrecevable, car non étayée.

 Appréciation de la Cour

63      La République portugaise reproche essentiellement au Tribunal d’avoir omis de répondre à ses arguments sur le caractère incohérent, voire contradictoire, de la décision litigieuse. La question de savoir si la motivation d’un arrêt du Tribunal est contradictoire ou insuffisante constitue une question de droit pouvant être, en tant que telle, invoquée dans le cadre d’un pourvoi (voir, notamment, arrêt du 9 septembre 2008, FIAMM e.a./Conseil et Commission, C‑120/06 P et C‑121/06 P, Rec. p. I‑6513, point 90).

64      Selon une jurisprudence constante, il résulte des articles 256 TFUE, 58, premier alinéa, du statut de la Cour de justice de l’Union européenne et 112, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure de la Cour, dans sa version applicable à la date du dépôt du pourvoi au greffe de la Cour, qu’un pourvoi doit indiquer de façon précise les éléments critiqués de l’arrêt dont l’annulation est demandée ainsi que les arguments juridiques qui soutiennent de manière spécifique cette demande (voir, notamment, arrêt du 1^er juillet 2010, Knauf Gips/Commission, C‑407/08 P, Rec. p. I‑6375, point 43 et jurisprudence citée).

65      Contrairement à ce que soutient la Commission, l’argumentation développée par la République portugaise dans le cadre de ce premier moyen est suffisamment claire pour pouvoir identifier avec la précision requise les éléments critiqués de l’arrêt attaqué ainsi que les arguments juridiques invoqués au soutien de cette critique. S’agissant, plus particulièrement, des arguments par lesquels la République portugaise entend démontrer que le Tribunal a dépassé les limites de son contrôle en s’appuyant sur des motifs étrangers à la décision litigieuse, il convient de relever que le pourvoi renvoie sur ce point à l’argumentation développée en détail dans le cadre du second moyen du pourvoi. Lus en combinaison avec ce second moyen, les arguments sur ce point invoqués au soutien du premier moyen sont suffisamment précis pour satisfaire aux exigences posées aux articles 256 TFUE, 58, premier alinéa, du statut de la Cour et 112, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure de la Cour dans sa version applicable à la date du dépôt du pourvoi au greffe de la Cour.

66      Il s’ensuit que l’argumentation de la République portugaise est suffisamment précise et étayée pour permettre à la Commission de se défendre et à la Cour d’effectuer son contrôle de légalité.

67      Le premier moyen est donc recevable.

68      Quant à la question de savoir si le Tribunal a omis de statuer sur la cohérence de la motivation de la décision litigieuse, en particulier, au regard de l’article 8, paragraphes 5 et 6, de la convention, il convient de relever que le Tribunal, aux points 92 et 93 de l’arrêt attaqué, a examiné et interprété ces dispositions. Au point 94 de cet arrêt, il a jugé que tant «les bonifications d’intérêts dont les bénéficiaires finals avaient effectivement bénéficié jusqu’au 31 décembre 2001» que «les bonifications à payer après le 31 décembre 2001 qui devaient être calculées et actualisées jusqu’au 30 juin 2002 [...] devaient également être inclus dans la certification finale que la Caixa devait présenter à la Commission avant le 30 juin 2002 et, ainsi, débités du compte spécial».

69      Le Tribunal a relevé, aux points 95 et 96 dudit arrêt, que les bonifications futures d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 n’avaient pas été débitées du compte spécial et ne pouvaient, de ce fait, constituer des dépenses effectives encourues à cette date au sens de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88. S’agissant plus spécifiquement de la contradiction alléguée par la République portugaise entre la décision litigieuse et l’article 8, paragraphe 6, de la convention, le Tribunal a jugé, au point 101 de l’arrêt attaqué:

«En outre, la conclusion selon laquelle le calcul, l’actualisation et l’inclusion dans la certification finale des bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 ne sont pas suffisants pour considérer celles-ci comme des dépenses effectives encourues n’est pas en contradiction avec l’article 8, paragraphe 6, de la convention. En effet, il ne résulte pas de cette disposition que les bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 seraient nécessairement considérées comme des paiements. En revanche, selon cette disposition, ces bonifications pouvaient être certifiées comme étant des paiements, ce qui n’exclut pas l’exigence d’autres conditions préalables. Cette disposition énonce également que ces bonifications devaient être débitées du compte spécial, ce qui aurait exigé, en vertu de l’article 8, paragraphe 5, cinquième alinéa, de la convention, des mouvements justifiant les virements de ce compte.»

70      Au point 102 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a estimé qu’«il saurait difficilement être considéré que l’intervention communautaire resterait ouverte jusqu’au 31 décembre 2007, à savoir longtemps après l’expiration de la convention conclue entre la Commission et la Caixa, en accord avec la République portugaise, pour définir ses modalités d’octroi et après que la Caixa eut présenté le compte rendu de ses dépenses». Après avoir rappelé, au point 105 de cet arrêt, que les mesures prises par la République portugaise et la Caixa ne suffisaient pas pour remplir les conditions prévues à l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 et à l’article 5 de la décision d’octroi, le Tribunal a rejeté la première branche du second moyen de la République portugaise.

71      Il ressort donc de ces motifs de l’arrêt attaqué que le Tribunal n’a pas omis de statuer sur l’existence d’une prétendue contradiction dans les motifs de la décision litigieuse.

72      Quant à la question de savoir si le Tribunal a substitué sa propre appréciation à celle de la Commission en s’appuyant sur des motifs qui ne figuraient pas dans la décision litigieuse, elle sera examinée dans le cadre du second moyen.

73      Il découle de ce qui précède que le premier moyen n’est pas fondé.

 Sur le second moyen, tiré de la violation de la loi

 Argumentation des parties

74      En premier lieu, la République portugaise soutient que le Tribunal, en ayant limité son analyse à la seule question du traitement des bonifications d’intérêts à la fin du programme SGAIA, c’est-à-dire la violation de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, a commis une erreur de droit. Le Tribunal n’aurait pas examiné le second aspect de la décision litigieuse, concernant le rapport des contributions respectives du FEDER et de la République portugaise à ce programme, conformément à l’article 13, paragraphe 3, du règlement n° 2052/88.

75      En deuxième lieu, la République portugaise considère que le raisonnement du Tribunal est incohérent. Afin de concilier les dispositions de la convention avec celles de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, le Tribunal aurait reconnu l’existence d’un «régime spécial» pour le traitement des bonifications d’intérêts à la clôture dudit programme en vertu de la convention, mais il aurait refusé d’en appliquer l’intégralité des dispositions. Le Tribunal aurait, d’une part, omis de prendre en considération certaines dispositions de ce régime spécial et, d’autre part, ajouté à ces dispositions une condition qui n’y figure pas. À partir du moment où le Tribunal a reconnu l’existence de ce régime spécial, il aurait dû soit appliquer ce régime spécial dans son intégralité, soit le déclarer illégal en raison de sa contradiction avec le règlement n° 4253/88. Or, au lieu d’agir ainsi, le Tribunal se serait appuyé sur des motifs qui n’apparaissent pas dans la décision litigieuse, pour valider cette dernière, substituant ainsi sa propre appréciation à celle de la Commission.

76      En troisième lieu, la République portugaise conteste la validité de l’interprétation de la convention retenue par le Tribunal. Elle insiste plus particulièrement sur l’importance de l’article 8, paragraphe 6, de celle-ci. Il découlerait de cette disposition que tant la certification que le paiement du reliquat des bonifications d’intérêts à la clôture du programme SGAIA devaient nécessairement intervenir après le 31 décembre 2001, au cours du semestre suivant.

77      Ni l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 ni l’article 5 de la décision SGAIA ne permettraient de considérer que les mesures prises à la fin de ce programme par la Caixa et la République portugaise pour le traitement du reliquat des bonifications d’intérêts se rapportant à la période postérieure au 31 décembre 2001 ne remplissaient pas les conditions requises pour le paiement dudit reliquat. Ces conditions seraient au nombre de deux, à savoir, d’une part, le calcul actualisé du reliquat et, d’autre part, la certification de ce dernier. Le Tribunal aurait ajouté une troisième condition, à savoir le débit du compte spécial. Or, cette condition ne découlerait ni de la réglementation applicable, ni de la décision d’octroi, ni de la convention. En tout état de cause, la requérante souligne qu’une telle condition était impossible à remplir avant le 31 décembre 2001 puisque, à cette date, les reliquats des bonifications d’intérêts pour la période postérieure étaient inconnus, leur calcul devant être effectué au cours du semestre suivant, à la date limite du 30 juin 2002.

78      Cette interprétation de la convention serait la seule compatible avec les principes de légalité, de proportionnalité, de sécurité juridique et de confiance légitime. De surcroît, l’interprétation du Tribunal qui revient à considérer que la Caixa aurait dû payer d’avance le reliquat des bonifications futures dès le 31 décembre 2001 serait manifestement incompatible avec les règles budgétaires nationales.

79      La Commission estime que le second moyen est pour partie manifestement irrecevable et pour partie manifestement non fondé.

80      Les allégations de la République portugaise relatives à la prétendue substitution de motifs par le Tribunal seraient dénuées de sens. Si le Tribunal avait substitué aux motifs de la décision litigieuse sa propre motivation il aurait alors enfreint le principe de la séparation des pouvoirs. Or, la République portugaise ne formule aucun argument en droit à cet égard. Si la République portugaise entendait critiquer la dénaturation par le Tribunal de la décision litigieuse, il lui incombait de formuler un tel moyen.

81      Elle souligne que l’argumentation de la requérante repose exclusivement sur la convention, à laquelle la République portugaise n’est pas partie. Cette dernière ne contesterait pas l’interprétation avancée par le Tribunal au point 88 de l’arrêt attaqué, selon laquelle il découle d’une lecture combinée de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 et l’article 5 de la décision d’octroi que les bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 «ne semblent pas être susceptibles de représenter des dépenses effectives encourues». Conformément au principe de la hiérarchie des normes, les dispositions réglementaires devraient prévaloir sur celles de la convention. Or, toute l’argumentation de la République portugaise reposerait sur une interprétation de la convention induisant une contradiction avec une norme de rang supérieur.

82      Quant à l’allégation selon laquelle le paiement du reliquat des bonifications d’intérêts futures aurait été incompatible avec le droit interne, la Commission souligne qu’il ressort des points 97 et 98 de l’arrêt attaqué que la requérante a considéré que ces dépenses étaient admissibles au titre du concours du FEDER sur la seule base des prêts nationaux.

 Appréciation de la Cour

83      S’agissant de la recevabilité du second moyen, la Commission soutient, en substance, que l’argumentation développée par la République portugaise est dépourvue de fondement et repose sur une interprétation erronée de l’arrêt attaqué. Or, sous couvert d’irrecevabilité, la Commission conteste en réalité le fond de ce second moyen. Il s’ensuit que l’exception d’irrecevabilité doit être écartée.

84      Sur le fond, il convient d’abord d’examiner le point de savoir si le Tribunal a excédé les limites de son contrôle en substituant sa propre appréciation à celle de la Commission dans la décision litigieuse.

85      À cet égard, il y a lieu de rappeler que, dans le cadre du contrôle de légalité visé à l’article 263 TFUE, la Cour et le Tribunal sont compétents pour se prononcer sur les recours pour incompétence, violation des formes substantielles, violation du traité ou de toute règle de droit relative à son application, ou détournement de pouvoir. L’article 264 TFUE prévoit que, si le recours est fondé, l’acte contesté est déclaré nul et non avenu. La Cour et le Tribunal ne peuvent donc, en toute hypothèse, substituer leur propre motivation à celle de l’auteur de l’acte attaqué (voir arrêts du 27 janvier 2000, DIR International Film e.a./Commission, C‑164/98 P, Rec. p. I-447, point 38, ainsi que du 22 décembre 2008, British Aggregates/Commission, C‑487/06 P, Rec. p. I‑10515, point 141).

86      En l’espèce, le Tribunal a fondé le raisonnement qu’il a tenu aux points 93 à 105 de l’arrêt attaqué en s’appuyant sur une interprétation de la convention selon laquelle, s’agissant tant des bonifications d’intérêts dont les bénéficiaires finals avaient effectivement bénéficié jusqu’au 31 décembre 2001 que de celles à payer après cette date, ces deux postes «devaient également être inclus dans la certification finale que la Caixa devait présenter à la Commission avant le 30 juin 2002 et, ainsi, débités du compte spécial». Le Tribunal a souligné, aux points 96, 100 et 101 de l’arrêt attaqué, que les bonifications relevant de ce second poste n’avaient pas fait l’objet d’un débit du compte spécial. Il en a conclu, au point 105 de cet arrêt, que, faute d’avoir procédé à un tel débit du compte spécial «les mesures prises par la République portugaise et la Caixa ne suffisaient pas pour remplir les conditions prévues à l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 et à l’article 5 de la décision d’octroi».

87      Or, il apparaît que la décision litigieuse n’était pas fondée sur une constatation de non-respect, par la République portugaise ou par la Caixa, d’une condition préalable à la certification des bonifications futures d’intérêts à échoir après le 31 décembre 2001 tenant à leur débit du compte spécial. Il ressort en effet des considérants 29, 32, 34 et 36 de cette décision que la Commission a estimé que seules les bonifications d’intérêts qui ont effectivement été payées par les bénéficiaires finals jusqu’au 31 décembre 2001 pouvaient être considérées comme éligibles au titre de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, la convention ne prévoyant aucune dérogation à cette date limite.

88      Il ressort ainsi du considérant 34 de la décision litigieuse que «les autorités nationales ne pouvaient présenter des dépenses pour que la Commission paie que si le paiement correspondant avait déjà été effectué par le bénéficiaire final jusqu’au 31 décembre 2001». Il s’ensuit que, selon la décision litigieuse, les intérêts restant à échoir après le 31 décembre 2001 et qui n’ont donc pas encore été payés par leurs bénéficiaires finals sont déjà, pour ce motif, inéligibles au bénéfice de la bonification cofinancée par l’Union au titre de la SGAIA.

89      Le Tribunal, quant à lui, a estimé, au point 94 de l’arrêt attaqué, que «les dispositions de l’article 8, paragraphes 5 et 6, de la convention prévoyaient un régime spécial selon lequel les bonifications d’intérêts à payer après le 31 décembre 2001 pouvaient, en principe, être également éligibles au titre de la SGAIA». Il a rejeté le second moyen de la République portugaise au motif que cette dernière ou la Caixa n’avait, en tout état de cause, pas débité du compte spécial le montant de ces bonifications d’intérêts.

90      Le Tribunal s’est ainsi fondé sur un raisonnement considérablement distinct de celui figurant dans la décision litigieuse.

91      En substituant sa propre motivation à celle de la décision litigieuse, le Tribunal a commis une erreur de droit. Il y a lieu, dès lors, de déclarer fondé le second moyen et, par conséquent, d’annuler l’arrêt attaqué.

 Sur le recours devant le Tribunal

92      Aux termes de l’article 61, premier alinéa, du statut de la Cour de justice, lorsque la Cour annule la décision du Tribunal, elle peut statuer elle-même définitivement sur le litige lorsque celui-ci est en état d’être jugé.

93      En l’espèce, le litige est en état d’être jugé. Il convient dans ces conditions d’examiner les moyens invoqués en première instance par la République portugaise. Le premier moyen est tiré d’une violation de l’obligation de motivation. Le second moyen est tiré de l’inexistence de l’irrégularité relevée par la Commission et de la violation de la convention.

 Sur le moyen tiré de l’inexistence de l’irrégularité relevée par la Commission et de la violation de la convention

 Argumentation des parties

94      La République portugaise conteste la décision litigieuse en ce qu’elle n’étend pas le bénéfice du programme SGAIA aux bonifications d’intérêts à échoir au-delà du 31 décembre 2001 pour les prêts éligibles. La Commission n’aurait pas tenu compte des modalités particulières de gestion du reliquat des bonifications d’intérêts futures prévues à l’article 8, paragraphes 5 et 6, de la convention. Cette procédure permettrait d’inclure parmi les dépenses effectivement encourues, au sens de l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, les bonifications relatives aux intérêts restant à échoir jusqu’à l’échéance du terme de la période maximale de huit ans prévue à l’article 4, paragraphe 2, de la convention.

95      La Commission fait valoir, en premier lieu, que, selon l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88, le FEDER ne prend en considération que les dépenses effectivement encourues sur une période de temps donnée. L’article 5 de la décision d’octroi définirait le champ d’application objectif du concours communautaire et préciserait qu’il couvrait les dépenses autorisées jusqu’au 31 décembre 1999 et effectuées jusqu’au 31 décembre 2001. Cette date marquerait la limite d’exécution des dépenses autorisées jusqu’au 31 décembre 1999 et éligibles à un cofinancement du FEDER.

96      En second lieu, la Commission souligne que la convention est un contrat administratif qui attribue un statut déjà défini par des dispositions légales ou réglementaires. Ce ne serait pas un document doté d’une valeur juridique particulière. Le règlement communautaire occuperait en effet le premier rang dans la hiérarchie des normes, suivi de la décision d’octroi et enfin de la convention. La convention serait conclue conformément à la décision d’octroi. En vertu de celle-ci, la subvention globale devrait être exécutée conformément aux dispositions du droit de l’Union, notamment à la réglementation applicable aux Fonds structurels.

97      La Commission affirme que la convention ne déroge pas et ne peut pas déroger à la réglementation applicable.

98      L’objet de l’article 8, paragraphes 5 et 6, de la convention serait limité. Il s’agirait uniquement de prévoir des règles de calcul permettant de déterminer à l’avance le montant des bonifications d’intérêts futures. Pour le semestre suivant le 31 décembre 2001, bien que la période soit postérieure à la date limite de prise en charge des dépenses, il aurait encore été possible de calculer les bonifications d’intérêts futures. Selon la Commission, ces dépenses pouvaient encore être certifiées, à la condition d’avoir été effectivement encourues et payées. Cela aurait impliqué, notamment, le paiement par la République portugaise ou la Caixa par anticipation, au plus tard le 31 décembre 2001, du montant des bonifications se rapportant aux intérêts à échoir après cette date.

99      En revanche, si la République portugaise ou la Caixa n’ont pas exposé de dépense, le concours financier de l’Union perdrait toute raison d’être.

100    En outre, l’efficacité et la cohérence de la programmation des concours du FEDER seraient sérieusement affectées si ceux-ci n’étaient plus imputés à une période précise et devenaient de simples interventions ponctuelles.

101    Contrairement à ce que semble suggérer la République portugaise, aucune disposition réglementaire ne prévoirait un régime spécial de mise à disposition de ressources pour des périodes plus longues que la période de programmation budgétaire.

 Appréciation de la Cour

102    Selon un principe fondamental régissant les aides communautaires, l’Union ne peut subventionner que des dépenses effectivement engagées (arrêt du 19 janvier 2006, Comunità montana della Valnerina/Commission, C‑240/03 P, Rec. p. I‑731, points 69 et 76). L’imputation à un projet de dépenses qui n’ont, en réalité, pas été supportées pour la réalisation de celui-ci porterait gravement atteinte à ce principe et peut donc être considérée comme une irrégularité au sens de l’article 24 du règlement n° 4253/88. C’est ainsi que l’article 21, paragraphe 1, du règlement n° 4253/88 prévoit que le paiement du concours financier peut revêtir soit la forme d’avances, soit la forme de paiements définitifs se référant aux «dépenses effectives encourues».

103    La Commission souligne, à juste titre, que les interventions des Fonds structurels sont planifiées dans le cadre de périodes de programmation budgétaire, la période comprise entre l’année 1994 et l’année 1999 étant, en l’occurrence, celle applicable à la SGAIA.

104    Toutefois, le règlement n° 4253/88 ne prévoit pas expressément de limites temporelles interdisant le versement de fonds de l’Union à l’expiration de cette période de programmation. Il suffit, à cet égard, de relever que l’article 52, paragraphe 5, deuxième alinéa, du règlement n° 1260/1999 prévoit que, pour les programmes qui, tels que la SGAIA, ont été décidés entre le 1^er janvier 1994 et le 31 décembre 1999, la date limite pour la présentation des demandes de paiement définitif à la Commission était le 31 mars 2003, date visée au considérant 3 de la décision litigieuse.

105    Il convient, à cet égard, de relever qu’il ressort expressément de la note d’orientation des services de la Commission mentionnée aux considérants 19 et 26 de la décision litigieuse que, s’agissant du cofinancement de bonifications d’intérêts ou d’autres produits d’ingénierie financière, la période de programmation budgétaire et la période d’octroi des subventions ne coïncident pas nécessairement. Il est, selon cette note d’orientation, fréquent que cette dernière se prolonge au-delà du terme de la période de programmation. C’est d’ailleurs en raison des difficultés pratiques pouvant surgir dans de telles situations que les services de la Commission ont adopté cette note, dont l’objectif est d’«orienter les États membres [...] sur la manière d’assurer que les subventions à la fin de la période puissent être comptabilisées comme des dépenses éligibles».

106    En l’espèce, l’article 5 de la décision d’octroi fixe la date limite pour la prise en charge par l’Union de sa part du cofinancement des bonifications d’intérêts couvertes par la SGAIA au 31 décembre 2001.

107    Cependant, les modalités d’octroi du concours financier de l’Union au titre de la SGAIA sont définies à l’article 2 de la décision d’octroi, qui renvoie aux stipulations de deux documents annexés à cette décision, à savoir le plan de financement de la subvention globale et la convention. Ainsi, la convention fait partie intégrante de la décision d’octroi et définit certaines modalités de son application.

108    Parmi ces modalités, il convient de relever que les articles 4, paragraphe 2, et 8, paragraphe 1, de la convention prévoient que les bonifications d’intérêts cofinancées par le FEDER pouvaient être octroyées pour une période maximale de huit années. Il résulte d’une lecture combinée de ces dispositions et de l’article 5 de la décision d’octroi que la bonification d’intérêts cofinancée par le FEDER pouvait être versée à tout prêt éligible octroyé par la Caixa jusqu’au 31 décembre 1999, pendant une période ne dépassant pas huit années.

109    Ces dispositions permettent sans ambiguïté d’entrevoir que certains prêts octroyés par la Caixa demeuraient éligibles au cofinancement de la bonification d’intérêts par le FEDER, pour autant que la limite maximale de huit années ne soit dépassée. Ainsi, pour un prêt éligible octroyé par la Caixa le 31 décembre 1999, la durée effective de l’intervention de l’Union pouvait se poursuivre jusqu’au 31 décembre 2007.

110    L’article 8, paragraphe 6, de la convention prévoit ainsi un régime spécial permettant, au cours du semestre suivant le 31 décembre 2001, de calculer et d’actualiser le reliquat des bonifications d’intérêts futures et de les certifier comme étant des paiements en vue de la clôture du solde de la SGAIA par la Commission.

111    Il résulte de ces dispositions que, en adoptant la décision d’octroi et la convention, la Commission a mis en place un système visant à régir, à la fin du programme SGAIA, la question du traitement des reliquats de bonifications d’intérêts restant à échoir au-delà du 31 décembre 2001.

112    En ordonnant, dans la décision litigieuse, la réduction du concours du FEDER au seul motif que les intérêts restant à échoir après le 31 décembre 2001 et qui n’avaient donc pas encore été payés par leurs bénéficiaires finals étaient inéligibles au bénéfice de la bonification cofinancée par l’Union, la Commission a méconnu les dispositions de l’article 8, paragraphe 6, de la convention.

113    Le moyen du recours tiré de l’inexistence de l’irrégularité relevée par la Commission et de la violation de la convention est donc fondé.

114    Il s’ensuit que l’article 1^er de la décision litigieuse doit être annulé. Les articles 2 et 3 de la décision litigieuse lui étant indissociablement liés, cette décision doit être annulée dans son intégralité.

 Sur les dépens

115    En vertu de l’article 184, paragraphe 2, du règlement de procédure, lorsque le pourvoi est fondé et que la Cour juge elle-même définitivement le litige, elle statue sur les dépens. Conformément à l’article 138, paragraphe 1, du même règlement, rendu applicable à la procédure de pourvoi en vertu de l’article 184, paragraphe 1, de celui-ci, toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il est conclu en ce sens.

116    En l’espèce, le pourvoi étant fondé et la République portugaise ayant conclu à la condamnation de la Commission aux dépens, il y a lieu de condamner cette dernière à supporter les dépens exposés tant en première instance que dans le cadre de la procédure de pourvoi.

Par ces motifs, la Cour (troisième chambre) déclare et arrête:

1)      L’arrêt du Tribunal de l’Union européenne du 3 mars 2011, Portugal/Commission (T‑387/07), est annulé.

2)      La décision C (2007) 3772 de la Commission du 31 juillet 2007, relative à la réduction du concours du Fonds européen de développement régional (FEDER) concernant la subvention globale d’aide à l’investissement local au Portugal au titre de la décision C (95) 1769 de la Commission, du 28 juillet 1995, est annulée.

3)      La Commission européenne est condamnée aux dépens relatifs tant à la procédure de première instance qu’à celle du pourvoi.

Signatures

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* Langue de procédure: le portugais.