(1)

L’article 8, paragraphe 2, de la directive 2003/99/CE impose à l’autorité compétente de l’État membre concerné de procéder à une enquête sur les foyers de toxi-infection alimentaire en collaboration avec les autorités compétentes chargées de faire face aux menaces transfrontières graves pour la santé humaine et à leurs conséquences conformément à la décision no 2119/98/CE du Parlement européen et du Conseil (2). Ladite décision a été abrogée par la décision no 1082/2013/UE du Parlement européen et du Conseil (3), qui a ensuite été abrogée et remplacée par le règlement (UE) 2022/2371 du Parlement européen et du Conseil (4). Ces enquêtes doivent permettre de réunir des informations sur le profil épidémiologique, les denrées alimentaires pouvant être impliquées et les causes potentielles des foyers, et comprendre des études épidémiologiques et microbiologiques appropriées.

(2)

L’efficacité et la coopération intersectorielle entre les autorités chargées de la santé publique et de la sécurité des aliments dans le cadre de ces enquêtes sont essentielles pour limiter les effets sur la santé publique d’un foyer de toxi-infection alimentaire et pour réduire au minimum l’incidence économique liée aux rappels et au retrait des denrées alimentaires dangereuses ou potentiellement dangereuses. À cette fin, l’identification rapide et fiable des lots ou envois contenant des denrées alimentaires contaminées et de la cause du foyer est nécessaire.

(3)

Le séquençage du génome entier (SGE) est une technique d’analyse moléculaire moderne pour les études microbiologiques qui facilite grandement l’identification rapide des groupes de micro-organismes, soutenant ainsi les enquêtes épidémiologiques. Il permet d’établir des liens entre les isolats d’agents pathogènes d’origine alimentaire prélevés sur l’homme, les denrées alimentaires, les animaux, les aliments pour animaux et l’environnement connexe au cours de l’enquête sur un foyer de toxi-infection alimentaire.

(4)

Afin de faciliter considérablement les enquêtes sur les foyers de toxi-infection alimentaire et la détection en temps utile des sources de ces foyers, les États membres devraient être tenus de collecter des isolats de Salmonella enterica, de Listeria monocytogenes, d’Escherichia coli, de Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli provenant d’échantillons de denrées alimentaires, d’animaux, d’aliments pour animaux et d’échantillons environnementaux connexes auprès des exploitants du secteur alimentaire et du secteur de l’alimentation animale, ainsi que lors des contrôles officiels, lorsque ces isolats sont associés ou suspectés d’être associés à un foyer de toxi-infection alimentaire. Les États membres devraient également être tenus d’effectuer un SGE sur ces isolats.

(5)

Les États membres devraient transmettre les résultats du SGE réalisé sur les isolats de ces agents pathogènes provenant de denrées alimentaires, d’animaux, d’aliments pour animaux et de l’environnement connexe à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (ci-après l’«Autorité»), qui a mis au point un système commun fondé sur le principe «Une seule santé» en collaboration avec le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Dans le cadre du système commun «Une seule santé», l’Autorité peut comparer les résultats du SGE sur les isolats de ces agents pathogènes collectés conformément au présent règlement avec les résultats du SGE sur les isolats humains communiqués à l’ECDC conformément à l’article 13, paragraphe 3, point d), du règlement (UE) 2022/2371. Cette comparaison permet d’identifier la source d’un foyer et les lots touchés lorsqu’elle est utilisée en combinaison avec des données provenant d’enquêtes épidémiologiques. Lors de la transmission des résultats du SGE à l’Autorité, il convient d’inclure des données y afférentes supplémentaires, essentielles à l’enquête sur les foyers de toxi-infection alimentaire.

(6)

Il convient d’accorder aux États membres et à l’Autorité suffisamment de temps pour s’adapter aux nouvelles exigences relatives à la collecte d’isolats provenant d’échantillons de denrées alimentaires, d’animaux et d’aliments pour animaux et d’échantillons environnementaux connexes, au SGE de ces isolats et à la transmission des données y afférentes, afin de prévoir les applications techniques et les moyens financiers nécessaires. Les exigences du présent règlement devraient donc commencer à s’appliquer 18 mois après la date d’entrée en vigueur du présent règlement.

(7)

Les mesures prévues par le présent règlement sont conformes à l’avis du comité permanent des végétaux, des animaux, des denrées alimentaires et des aliments pour animaux,