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La partie requérante invoque la violation des principes en cause en ce que: i) le siège de l’EMA a été choisi par une seule institution, le Conseil, à l’issue d’un processus décisionnel qui a débouché sur la décision du 20 novembre 2017 qui a déterminé la teneur du règlement attaqué (c’est-à-dire la fixation du siège de l’EMA à Amsterdam), en dehors de la procédure législative ordinaire et avant l’ouverture de celle-ci; ii) le Conseil et la Commission — les deux seules institutions à avoir participé au processus de sélection — n’ont pas associé le Parlement à la procédure de sélection du siège de l’EMA à laquelle s’est, de fait, réduit le processus décisionnel; iii) dans le cadre de la procédure législative ordinaire, le Conseil et la Commission ont mis le Parlement devant le fait accompli que constituait le choix (déjà opéré) d’Amsterdam comme siège; iv) le Conseil et la Commission n’ont laissé au Parlement aucune marge d’intervention pour évaluer ou remettre en cause cette décision, et se sont, au contraire, engagés à conclure la procédure législative le plus rapidement possible; v) le Parlement a été mis dans l’impossibilité d’exercer sa fonction, pourtant prévue par les traités, et il a dû, dans le cours de la procédure législative, «confirmer» la décision adoptée par le Conseil.

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Selon la partie requérante, la procédure de sélection avait pour objectif d’identifier la meilleure offre de relocalisation du siège de l’EMA à la lumière des critères objectifs de sélection définis dans l’appel d’offres. Toutefois, dans le cas d’espèce, la désignation du siège par tirage au sort, sans mesures d’instruction complémentaires, n’a pas permis de vérifier que les deux candidatures de Milan et d’Amsterdam n’étaient pas équivalentes ni de choisir la meilleure offre. En outre, le résultat du scrutin du 20 novembre 2017, favorable à Amsterdam, a été permis par le défaut d’instruction effective de la Commission et par la dénaturation de l’offre néerlandaise (concernant divers éléments essentiels). En conséquence, les États membres auraient voté en faveur de la candidature d’Amsterdam en considérant erronément que cette dernière répondait aux conditions prévues dans l’appel d’offres ainsi qu’aux exigences spécifiques de l’Agence. De plus, l’offre néerlandaise a été modifiée ex post (qui plus est, dans un sens défavorable) après le scrutin du 20 novembre 2017. Les modifications apportées à l’offre auraient été négociées secrètement et de manière bilatérale. Les vices dont la décision du 20 novembre 2017 est entachée entraînent l’illégalité du règlement attaqué.

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Il est soutenu à cet égard que le processus décisionnel qui a mené à la désignation du nouveau siège de l’EMA se caractérise par l’absence de formes et de modalités destinées à assurer la transparence requise. Le défaut d’instruction et la renégociation ultérieure, bilatérale et secrète de certaines conditions essentielles de l’offre néerlandaise auraient aggravé la violation du principe de transparence. En outre, de nombreux éléments pertinents pour la décision n’ont pas été pris en considération. Le défaut d’évaluation effective des offres et la dénaturation de trois éléments essentiels de l’offre néerlandaise par la Commission (superficie du siège temporaire, conditions financières, inadéquation pour assurer la continuité des opérations de l’EMA) auraient aggravé la violation du principe de bonne administration.

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Sur ce point, la partie requérante fait valoir que les modalités de déroulement et le résultat des opérations de vote seraient entachés de la violation des règles spécifiques que le Conseil aurait dû respecter, ce qui entraîne l’illégalité de la décision du 20 novembre 2017 et du règlement attaqué.