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La parte demandante invoca la violación de los principios mencionados por cuanto: (i) la sede de la EMA fue elegida por una única institución, el Consejo, mediante el proceso de toma de decisiones que culminó con la adopción de la Decisión de 20 de noviembre de 2017, que determinó el contenido del Reglamento impugnado (y, por tanto, la ubicación de la sede de la EMA en Ámsterdam), al margen del procedimiento legislativo ordinario y antes de que este se iniciase; (ii) en el procedimiento de selección de la sede de la EMA, con el que, de hecho, culminó el procedimiento de toma de decisiones, el Consejo y la Comisión —las dos únicas instituciones implicadas en la selección— no consultaron al Parlamento; (iii) en el ámbito del procedimiento legislativo ordinario, el Consejo y la Comisión pusieron al Parlamento frente al hecho consumado de la elección (ya efectuada) de la sede de Ámsterdam; (iv) el Consejo y la Comisión no dejaron al Parlamento ningún margen de intervención para evaluar y discutir tal decisión, sino que, por el contrario, se esforzaron en concluir el procedimiento legislativo en el menor tiempo posible; (v) el Parlamento no pudo ejercer la función que le confieren los Tratados y en el procedimiento legislativo se vio obligado a «ratificar», contra su voluntad, la decisión adoptada por el Consejo.

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A juicio de la demandante, el objetivo del procedimiento de selección era determinar la mejor oferta para la reubicación de la sede de la EMA con arreglo a los criterios objetivos de selección previstos en el anuncio de convocatoria. No obstante, en el presente asunto, la elección de la sede por sorteo sin que existiera una instrucción previa no permitió comprobar la falta de equivalencia entre las dos candidaturas de Milán y Ámsterdam y elegir la mejor oferta. Asimismo, el resultado de la votación celebrada el 20 de noviembre de 2017 a favor de Ámsterdam se produjo debido a que la Comisión no llevó a cabo una verdadera instrucción y a la distorsión de la oferta holandesa (lo que ocurrió en relación con varios extremos sustanciales). La demandante sostiene que, en consecuencia, los Estados miembros votaron la candidatura de Ámsterdam por considerar erróneamente que cumplía los requisitos establecidos en la convocatoria y las exigencias específicas de la Agencia. Alega, asimismo, que la oferta holandesa fue modificada posteriormente (en sentido desfavorable), una vez celebrada la votación de 20 de noviembre de 2017 y que las modificaciones de la oferta se negociaron en secreto y de forma bilateral. Según la demandante, los vicios de que adolece la decisión de 20 de noviembre de 2017 conllevan la ilegalidad del Reglamento impugnado.

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La demandante alega a este respecto que el procedimiento de toma de decisiones que condujo a la determinación de la nueva sede de la EMA se caracterizó por la inexistencia de requisitos de forma y de modalidades destinados a garantizar la necesaria transparencia. Sostiene que las deficiencias de la instrucción y el hecho de que se llevara a cabo una ulterior negociación, bilateral y secreta, de algunas de las condiciones de la oferta holandesa agravaron la violación del principio de transparencia. Aduce que tampoco se tuvieron en consideración muchos elementos que eran relevantes para adoptar la decisión. Según la demandante, la falta de valoración efectiva de las ofertas y la distorsión de la oferta holandesa por parte de la Comisión en relación con tres aspectos esenciales (superficie de la sede temporal, condiciones económicas, falta de adecuación para garantizar la continuidad operativa de la Agencia) agravaron la violación del principio de buena administración.

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A este respecto, la demandante alega que las modalidades de votación y el resultado de la misma no son válidos por haberse infringido las normas específicas que el Consejo debería haber observado y que tal circunstancia comporta la ilegalidad de la Decisión de 20 de noviembre de 2017 y del Reglamento impugnado.