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Die Klägerin sieht die betreffenden Grundsätze aus folgenden Gründen verletzt: (i) Der Sitz der EMA sei abseits und vor Einleitung des ordentlichen Gesetzgebungsverfahrens von einem einzigen Organ, dem Rat, als Resultat des Entscheidungsprozesses ausgewählt worden, infolgedessen der Beschluss vom 20. November 2017 ergangen sei, nach dem sich der Inhalt der angefochtenen Verordnung (und damit die Festlegung des Sitzes der EMA in Amsterdam) bestimmt habe; (ii) der Rat und die Kommission — die einzigen beiden am Auswahlprozess beteiligten Organe — hätten das Parlament in das faktisch allein den Entscheidungsprozess bildende Verfahren zur Auswahl des Sitzes der EMA nicht einbezogen; (iii) im Rahmen des ordentlichen Gesetzgebungsverfahrens hätten der Rat und die Kommission das Parlament hinsichtlich der (bereits getroffenenen) Auswahl von Amsterdam als Sitz vor vollendete Tatsachen gestellt; (iv) der Rat und die Kommission hätten dem Parlament keinerlei Handlungsspielraum gelassen, um diese Entscheidung zu bewerten oder zur Debatte zu stellen, sondern sich vielmehr zum schnellstmöglichen Abschluss des Gesetzgebungsverfahrens verpflichtet; (v) dem Parlament sei es unmöglich gemacht worden, seine nach den Verträgen ureigene Aufgabe wahrzunehmen, und es sei im Gesetzgebungsverfahren gegen seinen Willen gezwungen gewesen, den vom Rat getroffenen Beschluss zu „ratifizieren“.

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Die Klägerin trägt vor, Ziel des Auswahlverfahrens sei es gewesen, das beste Angebot für die Verlegung des Sitzes der EMA anhand objektiver Auswahlkriterien zu bestimmen, die im Vorfeld in der Aufforderung zur Einreichung von Angeboten festgelegt worden seien. Hier habe es die Bestimmung des Sitzes durch das Los ohne eine vorherige weitere Prüfung jedoch nicht erlaubt, die fehlende Gleichwertigkeit der beiden Bewerbungen von Mailand und Amsterdam festzustellen und das bessere Angebot auszuwählen. Außerdem sei der Ausgang der Wahl vom 20. November 2017 zugunsten von Amsterdam darauf zurückzuführen, dass die Kommission keine tatsächliche Prüfung vorgenommen habe und dass das niederländische Angebot (überdies noch in mehrerlei wesentlicher Hinsicht) verdreht worden sei. Infolgedessen hätten Mitgliedstaaten für die Bewerbung von Amsterdam gestimmt, weil sie fälschlicherweise der Ansicht gewesen seien, dass diese den Anforderungen der Aufforderung zur Einreichung von Angeboten und den spezifischen Bedürfnissen der Agentur genügt habe. Außerdem sei das niederländische Angebot nachträglich, im Nachgang zur Abstimmung vom 20. November 2017, (zum Schlechteren) geändert worden. Die Änderungen des Angebots seien im Geheimen und bilateral ausgehandelt worden. Die Mängel des Beschlusses vom 20. November 2017 zögen auch die Rechtswidrigkeit der angefochtenen Verordnung nach sich.

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Hierzu wird vorgetragen, dass der Entscheidungsprozess, der zur Bestimmung des neuen EMA-Sitzes geführt habe, durch das Fehlen von Verfahren und Modalitäten zur Gewährleistung der nötigen Transparenz gekennzeichnet sei. Der Verstoß gegen den Transparenzgrundsatz falle durch die Prüfungsmängel und die anschließende bilaterale und geheime Neuverhandlung einiger wesentlicher Bedingungen des niederländischen Angebots noch schwerwiegender aus. Außerdem seien zahlreiche für die Entscheidung relevante Gesichtspunkte nicht berücksichtigt worden. Die fehlende tatsächliche Bewertung der Angebote und die Verdrehung des niederländischen Angebots durch die Kommission in dreierlei wesentlicher Hinsicht (Fläche des vorübergehenden Sitzes, finanzielle Bedingungen, Untauglichkeit zur Gewährleistung der durchgängigen Arbeitsfähigkeit der Agentur) hätten den Verstoß gegen den Grundsatz der ordnungsgemäßen Verwaltung noch verschärft.

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In diesem Punkt wird geltend gemacht, dass die Art und Weise der Durchführung sowie das Ergebnis der Wahlvorgänge aufgrund des Verstoßes gegen bestimmte Normen, die der Rat hätte beachten müssen, mängelbehaftet seien und der Beschluss vom 20. November 2017 sowie die angefochtene Verordnung deshalb rechtswidrig seien.