Το Συμβούλιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης επικουρείται από την Επιτροπή των Μόνιμων Αντιπροσώπων των κυβερνήσεων των κρατών μελών στην Ευρωπαϊκή Ένωση (ΕΜΑ) και από άκρως εξειδικευμένες ομάδες εργασίας και επιτροπές.
Τα εν λόγω προπαρασκευαστικά όργανα βοηθούν στην προετοιμασία των εργασιών του Συμβουλίου. Αποτελούνται από αντιπροσώπους κάθε κράτους μέλους της ΕΕ και επικουρούνται από τη Γενική Γραμματεία του Συμβουλίου.
Επιτροπές, ομάδες και ομάδες εργασίας μπορούν να συσταθούν με τις Συνθήκες, με διακυβερνητικές αποφάσεις, με πράξη του Συμβουλίου ή από την ΕΜΑ. Μπορούν να είναι είτε μόνιμες (π.χ. η Οικονομική και Δημοσιονομική Επιτροπή που προβλέπεται στο άρθρο 134 της ΣΛΕΕ) είτε να δημιουργούνται ad hoc για συγκεκριμένο σκοπό και να παύουν να υφίστανται όταν εκπληρωθεί το έργο τους.
Μπορούν να προεδρεύονται από διορισμένο ή εκλεγμένο πρόεδρο, από τον αντιπρόσωπο της χώρας που ασκεί την εκ περιτροπής εξάμηνη προεδρία του Συμβουλίου, από εκπρόσωπο του Ύπατου Εκπροσώπου της Ένωσης για θέματα εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφαλείας ή από τη Γενική Γραμματεία του Συμβουλίου.