V prílohe I a II k smernici sa uvádza zoznam typov biotopov a druhov osobitných chránených území, ktorých ochrana si vyžaduje označenie osobitných chránených území*. Niektoré z nich sa vymedzujú ako prioritné biotopy alebo druhy, ktoré sú v nebezpečenstve vymiznutia a na ktoré sa vzťahujú osobitné pravidlá.

V prílohe III sa uvádza zoznam kritérií výberu lokalít prichádzajúcich do úvahy ako lokality európskeho významu a označenia ako osobitne chránené územia .

Proces označenia pozostáva z troch etáp:

1.
Každá krajina EÚ pomocou kritérií v prílohách vypracuje zoznam lokalít, v ktorej sa vyskytujú prirodzené biotopy a divoká fauna a flóra.
2.
Na základe vnútroštátnych zoznamov a po dohode s krajinami EÚ potom Európska komisia prijme zoznam lokalít európskeho významu pre každý z deviatich biogeografických regiónov EÚ:
- Alpský región
- Atlantický región
- Čiernomorský región
- Boreálny región
- Kontinentálny región
- Makaronézsky región
- Stredozemský región
- Panónsky región
- Stepný región.
3.
Do šiestich rokov od výberu lokality európskeho významu ju príslušná krajina EÚ musí označiť za osobitne chránené územie.

Keď sa Komisia domnieva, že lokalita, v ktorej sa vyskytuje prioritný typ prirodzeného biotopu alebo druhu, bola vynechaná z vnútroštátneho zoznamu, môže sa medzi ňou a príslušnou krajinou viesť konzultačný proces. Ak nie je jeho výsledok uspokojivý, Komisia môže Rade predložiť návrh týkajúci sa výberu lokality ako lokality európskeho významu.

Po označení osobitných chránených území musia krajiny EÚ zaviesť príslušné ciele ochrany a opatrenia ochrany. Musia urobiť všetko preto, aby:

zaručili ochranu biotopov v týchto územiach;
predchádzali ich poškodeniu a akémukoľvek podstatnému rušeniu druhov.

Krajiny EÚ takisto musia:

podporovať správne riadenie krajinných prvkov, ktoré sú dôležité pre migráciu, rozptýlenie a genetickú výmenu voľne žijúcich druhov;
vykonávať dohľad nad prirodzenými biotopmi aj druhmi.

Akýkoľvek plán alebo projekt, ktorý môže mať významný vplyv na lokalitu Natura 2000, podlieha primeranému posúdeniu. Krajiny EÚ musia súhlasiť s plánom alebo projektom, iba ak sa presvedčia, že nepriaznivo neovplyvní integritu chránenej lokality.

Pri neexistencii alternatívnych riešení sa môžu stále povoliť niektoré projekty, ktoré budú mať značný negatívny vplyv na lokalitu, a to z dôvodov vyššieho verejného záujmu (t. j. sociálne a ekonomické dôvody). V takomto prípade musia krajiny EÚ zaviesť kompenzačné opatrenia na zabezpečenie celkového súladu so sústavou Natura 2000.

vytvoriť systémy prísnej ochrany živočíšnych a rastlinných druhov, ktoré sú osobitne ohrozené (príloha IV), a zakázať

všetky formy úmyselného odchytávania alebo usmrcovania vzoriek týchto druhov vo voľnej prírode;
úmyselné rušenie týchto druhov, najmä počas obdobia párenia, odchovu mláďat, hibernácie a sťahovania;
úmyselné ničenie alebo zbieranie vajec vo voľnej prírode;
poškodzovanie alebo ničenie miest na párenie alebo miest na oddych;

zakázať využívanie neselektívnych metód zbierania, odchytu alebo zabíjania niektorých živočíšnych a rastlinných druhov (príloha V);

zaviesť systém na monitorovanie náhodného odchytu a usmrcovania živočíšnych druhov uvedených v prílohe IV písm. a);

každých šesť rokov podávať Komisii správy o opatreniach, ktoré prijali. Komisia potom vydá súhrnnú správu zahŕňajúcu celú EÚ.

Uplatňuje sa od 10. júna 1992. Krajiny EÚ ju mali zapracovať do vnútroštátnych právnych predpisov do 10. júna 1994.

Sústava Natura 2000 predstavuje takmer jednu pätinu pevniny EÚ a viac ako 250 000 km² morských oblastí.

Smernica o biotopoch na webovej lokalite Európskej komisie.

Smernica o vtákoch na webovej lokalite Európskej komisie.

Natura 2000 na webovej lokalite Európskej komisie.

Európske tematické centrum pre biodiverzitu na webovej lokalite Eionet.

Osobitné chránené územie: lokalita európskeho významu (t. j. EÚ), označená krajinami EÚ, v ktorej sa uplatňujú potrebné ochranné opatrenia na zabezpečenie zachovania alebo obnovy prirodzených biotopov a/alebo populácií druhov, pre ktoré je lokalita vymedzená, v priaznivom stave ochrany.

Smernica Rady 92/43/EHS z 21. mája 1992 o ochrane prirodzených biotopov a voľne žijúcich živočíchov a rastlín (Ú. v. ES L 206, 22.7.1992, s. 7 – 50)

Následné zmeny smernice 92/43/EHS boli zapracované do pôvodného textu. Toto konsolidované znenie slúži len na dokumentačné účely.

Smernica Európskeho parlamentu a Rady 2009/147/ES z 30. novembra 2009 o ochrane voľne žijúceho vtáctva (Ú. v. EÚ L 20, 26.1.2010, s. 7 – 25)

Správa Komisie Rade a Európskemu parlamentu – Stav prírody v Európskej únii – Správa o stave a trendoch typov biotopov a druhov, na ktoré sa vzťahuje smernica o biotopoch a smernica o vtákoch za obdobie rokov 2007 – 2012 podľa článku 17 smernice o biotopoch a článku 12 smernice o vtákoch [COM(2015) 219 final z 20. mája 2015]