(1)

O artigo 8.o, n.o 2, da Diretiva 2003/99/CE exige que a autoridade competente do respetivo Estado-Membro investigue os focos patogénicos de origem alimentar em cooperação com as autoridades competentes responsáveis por dar resposta às ameaças transfronteiriças graves para a saúde humana e respetivas consequências, nos termos da Decisão n.o 2119/98/CE do Parlamento Europeu e do Conselho (2). Essa decisão foi revogada pela Decisão n.o 1082/2013/UE do Parlamento Europeu e do Conselho (3), que foi posteriormente revogada e substituída pelo Regulamento (UE) 2022/2371 do Parlamento Europeu e do Conselho (4). Essas investigações devem fornecer dados sobre o perfil epidemiológico, os géneros alimentícios possivelmente implicados e as causas potenciais dos focos, bem como incluir estudos epidemiológicos e microbiológicos adequados.

(2)

A eficiência e a cooperação intersetorial entre as autoridades de saúde pública e de segurança alimentar nessas investigações são essenciais para limitar o impacto de um foco na saúde pública e minimizar o impacto económico associado às recolhas e à retirada de géneros alimentícios não seguros ou potencialmente não seguros. Para o efeito, é necessária uma identificação rápida e fiável de lotes ou remessas que contenham géneros alimentícios contaminados e da causa do foco.

(3)

A sequenciação completa do genoma (whole genome sequencing, WGS) é uma técnica de análise molecular moderna para estudos microbiológicos que facilita consideravelmente a identificação rápida de grupos de microrganismos, apoiando assim as investigações epidemiológicas. Esta técnica permite estabelecer ligações entre isolados de agentes patogénicos de origem alimentar recolhidos em seres humanos, géneros alimentícios, animais e alimentos para animais, bem como no ambiente que lhes está associado, durante a investigação relativa ao foco.

(4)

A fim de facilitar substancialmente as investigações epidemiológicas de focos patogénicos de origem alimentar e a deteção atempada das fontes desses focos, os Estados-Membros devem ser obrigados a recolher isolados de Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni e Campylobacter coli derivados de amostras de géneros alimentícios, animais e alimentos para animais e do ambiente que lhes está associado provenientes de operadores de empresas do setor alimentar e do setor dos alimentos para animais, bem como durante os controlos oficiais, sempre que esses isolados estejam associados ou se suspeite estarem associados a um foco patogénico de origem alimentar. Os Estados-Membros devem também ser obrigados a efetuar a WGS nesses isolados.

(5)

Os Estados-Membros devem transmitir os resultados da WGS de isolados desses agentes patogénicos provenientes de géneros alimentícios, animais e alimentos para animais e do ambiente que lhes está associado à Autoridade Europeia para a Segurança dos Alimentos («Autoridade»), que desenvolveu, juntamente com o Centro Europeu de Prevenção e Controlo das Doenças (ECDC), um sistema conjunto «Uma Só Saúde». No âmbito do sistema conjunto «Uma Só Saúde», a Autoridade pode comparar os resultados da WGS dos isolados desses agentes patogénicos recolhidos em conformidade com o presente regulamento com os resultados da WGS de isolados recolhidos em seres humanos comunicados ao ECDC em conformidade com o artigo 13.o, n.o 3, alínea d), do Regulamento (UE) 2022/2371. Essa comparação, em combinação com dados de investigações epidemiológicas, permite identificar a fonte de um foco e as remessas afetadas. Ao transmitir os resultados da WGS à Autoridade, devem ser incluídos outros dados conexos, essenciais para a investigação de focos patogénicos de origem alimentar.

(6)

É conveniente conceder aos Estados-Membros e à Autoridade tempo suficiente para se adaptarem aos novos requisitos relativos à recolha de isolados derivados de amostras de géneros alimentícios, animais e alimentos para animais e do ambiente que lhes está associado, à WGS desses isolados e à transmissão dos dados conexos, a fim de prever as aplicações técnicas e os meios financeiros necessários. Os requisitos do presente regulamento devem, por conseguinte, começar a ser aplicáveis 18 meses a contar da data de entrada em vigor do presente regulamento.

(7)

As medidas previstas no presente regulamento estão em conformidade com o parecer do Comité Permanente dos Vegetais, Animais e Alimentos para Consumo Humano e Animal,