Direktīvas I un II pielikumā ir uzskaitīti to dzīvotņu un sugu veidi īpaši aizsargājamas dabas teritorijas, kuru aizsardzībai jānosaka īpaši aizsargājamas dabas teritorijas*. Dažas no tām ir noteiktas kā prioritāras dzīvotnes vai sugas, kurām draud izzušana un attiecībā uz kurām pieņemti īpaši noteikumi.

III pielikumā ir uzskaitīti kritēriji tādu teritoriju atlasei, ko var noteikt par Kopienā nozīmīgām teritorijām un kam var piešķirt īpaši aizsargājamas dabas teritorijas statusu.

Noteikšanas procesu veido trīs posmi.

1.
Izmantojot pielikumos norādītos kritērijus, katra ES valsts sagatavo sarakstu ar teritorijām, ko aizņem dabiskās dzīvotnes un kurās ir savvaļas fauna un flora.
2.
Pēc tam, izmantojot valstu sarakstus un vienojoties ar ES valstīm, Eiropas Komisija pieņem Kopienā nozīmīgu teritoriju sarakstu katram no ES deviņiem bioģeogrāfiskajiem reģioniem:
- alpīnajam reģionam;
- Atlantijas reģionam;
- Melnās jūras reģionam;
- boreālajam reģionam;
- kontinentālajam reģionam;
- Makronēzijas reģionam;
- Vidusjūras reģionam;
- Panonijas reģionam;
- stepju reģionam.
3.
Sešu gadu laikā pēc Kopienā nozīmīgas teritorijas noteikšanas, attiecīgajai ES valstij tai ir jāpiešķir īpaši aizsargājamas dabas teritorijas statuss.

Ja Komisija uzskata, ka valsts sarakstā nav iekļauta teritorija, kurā atrodas prioritāra dabiskā dzīvotne vai suga, starp Komisiju un attiecīgo valsti var notikt apspriešanās procedūra. Ja rezultāts nav apmierinošs, Komisija var iesniegt priekšlikumu Padomei par Kopienā nozīmīgas teritorijas statusa noteikšanu attiecīgajai teritorijai.

Kad ir noteiktas īpaši aizsargājamās dabas teritorijas, ES valstīm ir jāievieš atbilstīgi aizsardzības mērķi un pasākumi. Tās dara visu iespējamo, lai:

nodrošinātu dzīvotņu aizsardzību šajās teritorijās;
novērstu to noplicināšanos un nopietnu traucējumu radīšanu sugām.

ES valstis arī:

veicina to ainavas iezīmju atbilstošu apsaimniekošanu, kas ir svarīgas savvaļas sugu migrācijā, izplatībā un vairošanās procesā;
veic dzīvotņu un sugu uzraudzību.

Visus plānus vai projektus, kas var būtiski ietekmēt Natura 2000 teritoriju, attiecīgi izvērtē. ES valstis piekrīt plāna vai projekta īstenošanai tikai tad, kad tās ir pārliecinājušās, ka netiks būtiski ietekmēta aizsargājamo teritoriju viengabalainība.

Ja nav citu alternatīvu, dažus projektus, kas radīs būtisku negatīvu ietekmi, tomēr var atļaut, lai obligāti ievērotu citas sevišķi svarīgas sabiedrības intereses (piemēram, sociālas vai ekonomiskas intereses). Šādos gadījumos ES valstīm jāievieš kompensācijas pasākumi, lai nodrošinātu Natura 2000 tīkla kopējās vienotības aizsardzību.

īpaši apdraudētām dzīvnieku augu sugām (kas norādītas IV pielikumā) izveidot stingras aizsardzības sistēmas, aizliedzot:

minēto sugu īpatņu visu veidu apzinātu gūstīšanu vai nonāvēšanu savvaļā;
minēto sugu īpatņu apzinātu traucēšanu, jo īpaši to vairošanās, mazuļu attīstības, ziemas guļas un migrāciju laikā;
apzinātu postīšanu vai olu vākšanu savvaļā;
vairošanās vai atpūtas vietu noplicināšanu vai iznīcināšanu;

aizliegt neselektīvu paņēmienu izmantošanu, lai notvertu, gūstītu vai nonāvētu noteiktas dzīvnieku un augu sugas (V pielikums);

izveidot sistēmu, ar kuru uzraudzīt IV pielikuma a) daļā uzskaitīto dzīvnieku sugu nejaušas sagūstīšanas un nonāvēšanas gadījumus;

reizi 6 gados ziņot par veiktajiem pasākumiem Komisijai. Pēc tam Komisija sagatavo apkopojošu ziņojumu par visu ES.

Tā ir piemērojama kopš 1992. gada 10. jūnija. ES valstu tiesību aktos tā bija jāiekļauj līdz 1994. gada 10. jūnijam.

Natura 2000 tīkls veido gandrīz vienu piektdaļu no ES sauszemes teritorijas un vairāk nekā 250 000 km² lielu jūras teritoriju.

sadaļa “Dzīvotņu direktīva” Eiropas Komisijas tīmekļa vietnē;

sadaļa “Putnu direktīva” Eiropas Komisijas tīmekļa vietnē;

sadaļa “Natura 2000” Eiropas Komisijas tīmekļa vietnē;

sadaļa “Eiropas Bioloģiskās daudzveidības tematiskais centrs” EIONET tīmekļa vietnē.

Īpaši aizsargājama dabas teritorija: Kopienā (t. i., ES) nozīmīga teritorija, ko nosaka ES valstis un kur piemēro vajadzīgos aizsardzības pasākumus, lai saglabātu vai atjaunotu labvēlīgu aizsardzības statusu tām dabiskajām dzīvotnēm un/vai sugu populācijai, kuru dēļ attiecīgā teritorija ir noteikta.

Padomes Direktīva 92/43/EEK (1992. gada 21. maijs) par dabisko dzīvotņu, savvaļas faunas un floras aizsardzību (OV L 206, 22.7.1992., 7.–50. lpp.)

Direktīvas 92/43/EEK turpmākie grozījumi ir iekļauti pamattekstā. Šai konsolidētajai versijai ir tikai dokumentāla vērtība.

Eiropas Parlamenta un Padomes Direktīva 2009/147/EK (2009. gada 30. novembris) par savvaļas putnu aizsardzību (OV L 20, 26.1.2010., 7.–25. lpp.)

Komisijas ziņojums Eiropas Parlamentam un Padomei. Pārskats par dabas stāvokli Eiropas Savienībā. Ziņojums par Putnu direktīvas un Dzīvotņu direktīvas aptverto biotopu un sugu saglabāšanās stāvokli un tā attīstības tendencēm 2007.–2012. gada laikposmā, sagatavots saskaņā ar Dzīvotņu direktīvas 17. pantu un Putnu direktīvas 12. pantu (COM(2015) 219 final, 20.5.2015.)