Az irányelv I. és II. mellékletei felsorolják azon élőhelytípusokat és fajokat, amelyek védelméhez szükséges a különleges természetmegőrzési területként* való kijelölésük. Ezek némelyikét „elsődleges fontosságú” élőhelyként vagy az eltűnés veszélye által fenyegetett fajként határozzák meg, amelyekre különleges szabályok vonatkoznak.

A III. melléklet felsorolja a közösségi jelentőségű természeti területek meghatározásának és a különleges természetmegőrzési területek kijelölésének szempontjait.

A kijelölés folyamata 3 szakaszból áll:

1.
A mellékletekben rögzített szempontok alkalmazásával minden uniós ország összeállít egy jegyzéket a természetes élőhelyeket magukban foglaló, valamint vadon élő állatok és növények élőhelyéül szolgáló területekről.
2.
A nemzeti jegyzékek alapján és az uniós országokkal egyetértésben az Európai Bizottság elfogadja a közösségi jelentőségű természeti területek jegyzékét az EU alábbi 9 bioföldrajzi régiójának mindegyikére:
- az alpesi régió;
- az atlanti régió;
- a fekete-tengeri régió;
- a boreális régió;
- a kontinentális régió;
- a makaronéziai régió;
- a mediterrán régió;
- a pannon régió;
- a sztyeppi régió.
3.
Egy közösségi jelentőségű természeti terület kiválasztását követően legkésőbb hat éven belül az érintett uniós országnak különleges természetmegőrzési területté kell nyilvánítania azt.

Amennyiben a Bizottság úgy találja, hogy egy nemzeti jegyzékből kimaradt egy elsődleges fontosságú természetes élőhelytípust magában foglaló, illetve veszélyeztetett faj élőhelyéül szolgáló természeti terület, akkor konzultációs eljárásra kerülhet sor a Bizottság és az érintett ország között. Amennyiben ennek eredménye nem kielégítő, a Bizottság továbbíthatja javaslatát a Tanács részére a terület közösségi jelentőségű területként való kiválasztásáról.

Azt követően, hogy az uniós országok kijelölték a különleges természetmegőrzési területeket, megfelelő természetvédelmi célkitűzéseket és intézkedéseket kell bevezetniük. Mindent meg kell tenniük annak érdekében, hogy:

garantálják az élőhelyek védelmét ezeken a területeken;
megakadályozzák a fajok károsodását és jelentős zavarását.

Az uniós országok továbbá:

ösztönzik a tájak azon jellegzetességeinek gondozását, amelyek fontos szerepet töltenek be a vadon élő fajok vándorlásában, elterjedésében és genetikai állományának cseréjében;
felügyelik mind az élőhelyeket, mind a fajokat.

Megfelelő értékelésnek kell alávetni minden olyan tervet vagy projektet, amelynek valószínűleg jelentős hatása lenne egy Natura 2000 területre. Az uniós országok csak akkor hagyhatnak jóvá egy tervet vagy projektet, ha meggyőződtek róla, hogy annak nincs jelentős hatása a védett területek épségére.

Jelentős negatív hatással járó projektek csakis kiemelkedően fontos közérdekből (azaz szociális vagy gazdasági okokból) hagyhatók jóvá, amennyiben nincs alternatívájuk. Ilyen esetekben az uniós országoknak kiegyenlítő intézkedéseket kell bevezetniük a Natura 2000 általános egységességének megóvása érdekében.

szigorú védelmet kell biztosítaniuk a különösen veszélyeztetett állat- és növényfajokra vonatkozóan (IV. melléklet), amelynek részeként megtiltják

e vadon élő fajok példányai szándékos befogásának, vagy megölésének minden formáját;
e fajok szándékos zavarását, különösen párzás, utódnevelés, áttelelés és vándorlás idején;
vadon élő állatok tojásainak szándékos elpusztítását vagy begyűjtését;
a párzási, költő- vagy pihenőhelyek károsítását vagy elpusztítását.

tiltaniuk kell bizonyos állat- és növényfajok befogásának, begyűjtésének vagy megölésének nem szelektív módszereit (V. melléklet);

figyelőrendszert kell létrehozniuk a IV. melléklet a) pontjában felsorolt állatfajok véletlen befogásának és megölésének ellenőrzése céljából;

a Bizottság részére 6 évenként jelentést kell tenniük a meghozott intézkedésekről. A Bizottság ezt követően a teljes EU-ra kiterjedő összefoglaló jelentést ad ki.

Az irányelv 1992. június 10-én lépett hatályba. Az uniós országoknak 1994. június 10 -ig kellett átültetni nemzeti jogukba.

A Natura 2000 hálózat az EU szárazföldi területének csaknem egyötödét, valamint több mint 250 000 km²-nyi tengeri területet foglal magában.

„Az élőhelyvédelmi irányelv” az Európai Bizottság honlapján.

„A madárvédelmi irányelv” az Európai Bizottság honlapján.

„Natura 2000” az Európai Bizottság weboldalán

„Európai Tematikus Központ a Biológiai Sokféleségről” az Eionet (Európai Környezeti Információs és Megfigyelőhálózat) honlapján.

Különleges természetmegőrzési terület: az uniós országok által kijelölt közösségi (azaz uniós) jelentőségű terület, ahol megteszik a szükséges intézkedéseket azon természetes élőhelyek és/vagy fajok populációinak védelmének biztosítására, amelyek fenntartása vagy helyreállítása céljából a területet kijelölték.

A Tanács 92/43/EGK irányelve (1992. május 21.) a természetes élőhelyek, valamint a vadon élő állatok és növények védelméről (HL L 206., 1992.7.22., 7–50. o.)

A 92/43/EK irányelv későbbi módosításait belefoglalták az alapszövegbe. Ez az egységes szerkezetbe foglalt változat kizárólag tájékoztató jellegű.

Az Európai Parlament és a Tanács 2009/147/EK irányelve (2009. november 30.) a vadon élő madarak védelméről (HL L 20., 2010.1.26., 7–25. o.)

A Bizottság jelentése a Tanácsnak és az Európai Parlamentnek – A természet állapota az Európai Unióban – Jelentés az élőhelyvédelmi és a madárvédelmi irányelvben említett élőhelyek és fajok helyzetéről és trendjeiről a 2007–2012 közötti időszakban az élőhelyvédelmi irányelv 17. cikkének, valamint a madárvédelmi irányelv 12. cikkének megfelelően (COM(2015) 219 final, 2015.5.20.)