1.   Zajedničkim odborom zajednički predsjedaju predstavnik Europske unije i predstavnik Japana („predsjednici”).

2.   U Zajedničkom odboru Europsku uniju predstavlja Europska komisija uz pomoć Agencije Europske unije za sigurnost zračnog prometa i uz pratnju tijela država članica Europske unije nadležnih za zrakoplovstvo.

3.   Japan u Zajedničkom odboru predstavlja Ministarstvo vanjskih poslova i/ili Misija Japana pri Europskoj uniji uz pratnju Ministarstva zemljišta, infrastrukture, prometa i turizma.

1.   Zajednički odbor redovito se sastaje na zahtjev bilo koje stranke.

2.   Mjesta sastanka izmjenjuju se što je više moguće između Bruxellesa i Tokija. Rasprave se mogu voditi i u obliku videokonferencija. Odluke i preporuke donesene na videokonferencijama imaju jednaku vrijednost kao i one donesene na fizičkim sastancima. Nakon što se stranke dogovore o datumu i mjestu sastanka, sastanak u ime Europske unije saziva Europska komisija, a u ime Japana Ministarstvo vanjskih poslova.

3.   Sastanci Zajedničkog odbora nisu javni, osim ako predsjednici odluče drukčije. Nakon sastanka, međusobnim dogovorom predsjednika, može se dati priopćenje za medije.

4.   Sastanci se održavaju i dokumenti sastavljaju na engleskom jeziku. Troškove usmenog ili pismenog prevođenja na drugi jezik snosi stranka koja ih zatraži.

1.   Stranke se prije svakog sastanka međusobno obavješćuju o predviđenom sastavu svojih delegacija te svaka imenuje svojeg predsjednika.

2.   Predsjednici mogu na ad hoc osnovi odlučiti pozvati vanjske sudionike da prisustvuju sastancima Zajedničkog odbora kako bi iznijeli informacije o određenim temama ili kao promatrači.

1.   Predsjednici međusobnim dogovorom utvrđuju privremeni dnevni red za svaki sastanak. Tajnici sudionicima šalju privremeni dnevni red i sve relevantne dokumente najkasnije petnaest radnih dana prije datuma sastanka.

2.   Zajednički odbor na početku svakog sastanka donosi dnevni red. U dnevni se red mogu uključiti i točke koje se ne nalaze na privremenom dnevnom redu ako stranke tako odluče.

3.   Predsjednici mogu sporazumno izmijeniti rok za slanje dokumenata iz stavka 1., uključujući privremeni dnevni red, kako bi se uzeli u obzir unutarnji postupci stranke ili hitnost određenog pitanja.

1.   Nakon svakog sastanka Zajedničkog odbora sastavlja se nacrt zapisnika. Taj nacrt sadržava donesene odluke, preporuke i zaključke.

2.   Nakon odobrenja zapisnika predsjednici ga potpisuju, a svaka stranka pohranjuje po jedan izvornik ili skenirani primjerak. Dokumenti se mogu elektronički potpisati i arhivirati.

1.   Zajednički odbor donosi odluke i preporuke konsenzusom između stranaka.

2.   Odluke i preporuke Zajedničkog odbora naslovljavaju se kao „Odluka” odnosno „Preporuka”, iza čega slijedi serijski broj, datum donošenja i opis predmeta.

3.   Predsjednici potpisuju odluke i preporuke Zajedničkog odbora.

4.   Odluke koje donese Zajednički odbor stranke provode u skladu s vlastitim internim postupcima.

5.   Odluke koje donese Zajednički odbor stranke mogu objaviti u svojim službenim glasilima. Preporuke i drugi akti koje donese Zajednički odbor mogu se objaviti ako stranke tako odluče. Svaka stranka pohranjuje po jedan izvorni ili skenirani primjerak odluka i preporuka.

1.   Stranke su odgovorne za plaćanje svojih troškova povezanih sa sudjelovanjem na sastancima Zajedničkog odbora i sastancima u skladu s odlukama i preporukama Zajedničkog odbora, uključujući troškove osoblja, putovanja i dnevnica te poštanske i telekomunikacijske troškove.

2.   Troškove fizičke organizacije sastanaka snosi stranka domaćin.