1

Par ses pourvois, la République fédérale d’Allemagne demande l’annulation des arrêts du Tribunal de l’Union européenne Allemagne/Commission (T‑265/08, EU:T:2012:434) et Allemagne/Commission (T‑270/08, EU:T:2012:612) (ci‑après, ensemble, les «arrêts attaqués»), par lesquels celui‑ci a rejeté ses demandes tendant à l’annulation, respectivement, de la décision C(2008) 1690 final de la Commission, du 30 avril 2008, relative à la réduction du concours financier du Fonds européen de développement régional (FEDER) accordé au programme opérationnel dans la région objectif no 1 du Land de Thuringe (Allemagne) (1994‑1999), conformément à la décision C(94) 1939/5 de la Commission, du 5 août 1994 (ci‑après la «décision relative au Land de Thuringe»), et de la décision C(2008) 1615 final de la Commission, du 29 avril 2008, réduisant le concours du Fonds européen de développement régional (FEDER) accordé par la décision C(94) 1973 de la Commission, du 5 août 1994, au programme opérationnel pour Berlin‑Est (Allemagne) relevant de l’objectif no 1 (1994‑1999) (ci‑après la «décision relative à Berlin‑Est»).

2

Le Fonds européen de développement régional (FEDER) a été créé par le règlement (CEE) no 724/75 du Conseil, du 18 mars 1975 (JO L 73, p. 1, et rectificatif JO 1975, L 110, p. 44), modifié à plusieurs reprises puis remplacé, à compter du 1er janvier 1985, par le règlement (CEE) no 1787/84 du Conseil, du 19 juin 1984, relatif au Fonds européen de développement régional (JO L 169, p. 1).

3

Au cours de l’année 1988, le régime des Fonds structurels a été reformé par le règlement (CEE) no 2052/88 du Conseil, du 24 juin 1988, concernant les missions des Fonds à finalité structurelle, leur efficacité ainsi que la coordination de leurs interventions entre elles et celles de la Banque européenne d’investissement et des autres instruments financiers existants (JO L 185, p. 9).

4

Entré en vigueur le 1er janvier 1989, le règlement no 2052/88 devait être réexaminé par le Conseil, sur proposition de la Commission des Communautés européennes, dans un délai expirant le 31 décembre 1993.

5

Aussi ce règlement a‑t‑il été modifié par le règlement (CEE) no 2081/93 du Conseil, du 20 juillet 1993 (JO L 193, p. 5), qui devait lui‑même être réexaminé avant le 31 décembre 1999.

6

Ces règlements instituent les Fonds structurels [Fonds européen d’orientation et de garantie agricole (FEOGA), section «Orientation», Fonds social européen (FSE) et FEDER] qui sont destinés à corriger les principaux déséquilibres régionaux dans l’Union européenne, notamment en promouvant le développement et l’ajustement structurel des régions en retard de développement («objectif no 1») et en reconvertissant les régions, les régions frontalières ou les parties de régions (y compris les bassins d’emploi et les communautés urbaines) gravement affectées par le déclin industriel («objectif no 2»).

7

L’article 7 du règlement no 2052/88, tel que modifié par le règlement no 2081/93 (ci‑après le «règlement no 2052/88»), intitulé «Compatibilité et contrôle», prévoit à son paragraphe 1:

«Les actions faisant l’objet d’un financement par les Fonds structurels ou d’un financement de la [Banque européenne d’investissement (BEI)] ou d’un autre instrument financier existant doivent être conformes aux dispositions des traités et des actes arrêtés en vertu de ceux‑ci, ainsi que des politiques communautaires, y compris celles concernant les règles de concurrence, la passation des marchés publics et la protection de l’environnement, de même qu’à l’application du principe de l’égalité des chances entre hommes et femmes.»

8

Le règlement (CEE) no 4253/88 du Conseil, du 19 décembre 1988, portant dispositions d’application du règlement no 2052/88 en ce qui concerne la coordination entre les interventions des différents Fonds structurels, d’une part, et entre celles‑ci et celles de la Banque européenne d’investissement et des autres instruments financiers existants, d’autre part (JO L 374, p. 1), tel que modifié par le règlement (CEE) no 2082/93 du Conseil, du 20 juillet 1993 (JO L 193, p. 20, ci‑après le «règlement no 4253/88»), dispose à son article 23, intitulé «Contrôle financier»:

«1.   Afin de garantir le succès des actions menées par des promoteurs publics ou privés, les États membres prennent, lors de la mise en œuvre des actions, les mesures nécessaires pour:

Les États membres informent la Commission des mesures prises à cet effet et, en particulier, ils communiquent à la Commission la description des systèmes de contrôle et de gestion établis pour assurer la mise en œuvre efficace des actions. Ils informent la Commission régulièrement de l’évolution des poursuites administratives et judiciaires.

[...]

2.   Sans préjudice des contrôles effectués par les États membres conformément aux dispositions législatives, réglementaires et administratives nationales, et sans préjudice des dispositions de l’article 206 du traité [CEE] et de toute inspection menée au titre de l’article 209 point c) du traité, des fonctionnaires ou agents de la Commission peuvent contrôler sur place, notamment par sondage, les actions financées par les Fonds structurels et les systèmes de gestion et de contrôle.

[...]

3.   Au cours des trois années suivant le dernier paiement relatif à une action, l’organisme et les autorités responsables laissent toutes les pièces justificatives relatives aux dépenses et aux contrôles afférents à l’action à la disposition de la Commission.»

9

L’article 24 du règlement no 4253/88, intitulé «Réduction, suspension et suppression du concours», dispose:

«1.   Si la réalisation d’une action ou d’une mesure semble ne justifier ni une partie ni la totalité du concours financier qui lui a été alloué, la Commission procède à un examen approprié du cas dans le cadre du partenariat, en demandant notamment à l’État membre ou aux autorités désignées par celui‑ci pour la mise en œuvre de l’action de présenter leurs observations dans un délai déterminé.

2.   Suite à cet examen, la Commission peut réduire ou suspendre le concours pour l’action ou la mesure concernée si l’examen confirme l’existence d’une irrégularité ou d’une modification importante qui affecte la nature ou les conditions de mise en œuvre de l’action ou de la mesure et pour laquelle l’approbation de la Commission n’a pas été demandée.

[...]»

10

Aux termes de l’article 11 du règlement (CEE) no 4254/88 du Conseil, du 19 décembre 1988, portant dispositions d’application du règlement no 2052/88 en ce qui concerne le Fonds européen de développement régional (JO L 374, p. 15), tel que modifié par le règlement (CEE) no 2083/93 du Conseil, du 20 juillet 1993 (JO L 193, p. 34), intitulé «Contrôle de compatibilité», «[d]ans les cas appropriés et selon les procédures propres à chaque politique, les États membres fournissent à la Commission les éléments relatifs au respect des dispositions prévues à l’article 7, paragraphe 1 du règlement [...] no 2052/88.»

11

Après avoir consulté le comité consultatif pour le développement et la conversion des régions et le comité prévu à l’article 147 du traité CE et en renvoyant à l’article 23 du règlement no 4253/88, la Commission a adopté plusieurs règlements d’application, au nombre desquels figure le règlement (CE) no 2064/97, du 15 octobre 1997, arrêtant les modalités détaillées d’application du règlement no 4253/88 en ce qui concerne le contrôle financier effectué par les États membres sur les opérations cofinancées par les Fonds structurels (JO L 290, p. 1).

12

L’article 8 du règlement no 2064/97 prévoit:

«1.   Au plus tard lors de la demande de versement du paiement final et lors de la présentation du certificat final des dépenses pour chaque forme d’intervention, les États membres font parvenir à la Commission une déclaration établie [...] par une personne ou un service indépendant dans ses fonctions du service d’exécution. La déclaration fait la synthèse des conclusions des contrôles effectués les années précédentes et se prononce sur la validité de la demande de versement du paiement final ainsi que sur la légalité et la régularité des opérations concernées par le certificat final des dépenses.

2.   La déclaration visée au paragraphe 1 fait état des déficiences importantes constatées au niveau de la gestion ou du contrôle ainsi que de la fréquence élevée des irrégularités constatées, si ces déficiences et irrégularités empêchent de se prononcer positivement sur la validité de la demande de versement du paiement final et du certificat final des dépenses. La déclaration doit également, dans ces circonstances, estimer l’étendue du problème et évaluer son impact financier.

Dans un tel cas, la Commission peut faire effectuer un contrôle supplémentaire en vue d’identifier les irrégularités et d’en obtenir la correction dans un délai déterminé.»

13

Le 15 octobre 1997, la Commission a également adopté des orientations internes relatives aux corrections financières nettes dans le cadre de l’application de l’article 24 du règlement no 4253/88. Aux points 5 et 6 desdites orientations internes, la Commission précise que, par dérogation à la règle selon laquelle toute correction financière nette porte uniquement sur la ou les irrégularités décelées, une correction financière plus importante est toutefois prévue au cas où la Commission aurait de bonnes raisons de penser que l’irrégularité était systématique, reflétant, par conséquent, une insuffisance systémique de gestion, de contrôle ou d’audit qui pourrait se retrouver dans toute une série de cas similaires. Pour effectuer une telle correction financière, la Commission procède par extrapolation, c’est‑à‑dire qu’elle tient compte du niveau et de la spécificité de la structure administrative impliquée dans cette défaillance ainsi que de l’étendue probable de l’abus.

14

Les règlements nos 2052/88 et 4253/88 ont été abrogés, avec effet au 1er janvier 2000 par le règlement (CE) no 1260/1999 du Conseil, du 21 juin 1999, portant dispositions générales sur les Fonds structurels (JO L 161, p. 1).

15

Conformément à son article 2, paragraphe 1, le règlement no 1260/1999 s’applique au FEDER, au FSE, au FEOGA, section «Orientation», ainsi qu’à l’Instrument financier d’orientation de la pêche (IFOP).

16

Aux termes de l’article 39 de ce règlement, intitulé «Corrections financières»:

«1.   Il incombe en premier lieu aux États membres de poursuivre les irrégularités et d’agir lorsqu’est constatée une modification importante qui affecte la nature ou les conditions de mise en œuvre ou de contrôle d’une intervention, et d’effectuer les corrections financières nécessaires.

Les États membres procèdent aux corrections financières requises en liaison avec l’irrégularité individuelle ou systémique. Les corrections auxquelles procède l’État membre consistent en une suppression totale ou partielle de la participation communautaire. Les fonds communautaires ainsi libérés peuvent être réaffectés par l’État membre à l’intervention concernée, dans le respect des modalités à définir en vertu de l’article 53, paragraphe 2.

2.   Si, après avoir procédé aux vérifications nécessaires, la Commission conclut:

la Commission suspend les paiements intermédiaires concernés et demande, en indiquant ses motifs, à l’État membre de présenter ses observations et, le cas échéant, d’effectuer les corrections éventuelles dans un délai déterminé.

Si l’État membre conteste les observations de la Commission, celle‑ci l’invite à une audience au cours de laquelle les deux parties s’efforcent, dans un esprit de coopération fondée sur le partenariat, de parvenir à un accord sur les observations et les conclusions à en tirer.

3.   À l’expiration du délai fixé par la Commission, en l’absence d’accord et si l’État membre n’a pas effectué les corrections et compte tenu des observations éventuelles de l’État membre, la Commission peut décider, dans un délai de trois mois:

Lorsqu’elle établit le montant d’une correction, la Commission tient compte, conformément au principe de proportionnalité, de la nature de l’irrégularité ou de la modification ainsi que de l’étendue et des conséquences financières des défaillances constatées dans les systèmes de gestion ou de contrôle des États membres.

En l’absence de décision d’agir conformément au point a) ou b), la suspension des paiements intermédiaires cesse immédiatement.

[...]»

17

Le règlement (CE) no 1783/1999 du Parlement européen et du Conseil, du 12 juillet 1999, relatif au Fonds européen de développement régional (JO L 213, p. 1), qui a abrogé le règlement no 4254/88, ne comporte pas de règles relatives aux corrections financières.

18

L’article 5 du règlement (CE) no 448/2001 de la Commission, du 2 mars 2001, fixant les modalités d’application du règlement (CE) no 1260/1999 du Conseil en ce qui concerne la procédure de mise en œuvre des corrections financières applicables au concours octroyé au titre des Fonds structurels (JO L 64, p. 13), est rédigé comme suit:

«1.   Le délai imparti à l’État membre concerné pour réagir à une demande au titre de l’article 39, paragraphe 2, premier alinéa, du règlement (CE) no 1260/1999 de présenter ses observations et, le cas échéant, de procéder à des corrections est fixé à deux mois, à l’exception de cas dûment justifiés où une période plus longue peut être accordée par la Commission.

2.   Lorsque la Commission propose une correction financière sur la base d’une extrapolation ou sur une base forfaitaire, l’État membre a la possibilité de démontrer, par un examen des dossiers concernés, que l’étendue réelle de l’irrégularité est inférieure à celle estimée par la Commission. En accord avec la Commission, l’État membre peut limiter la portée de son examen à une partie ou à un échantillon approprié des dossiers concernés. À l’exception de cas dûment justifiés, le délai supplémentaire imparti pour cet examen ne dépasse pas deux mois suivant la période de deux mois visée au paragraphe 1. Les résultats de cet examen sont analysés selon la procédure prévue à l’article 39, paragraphe 2, deuxième alinéa, du règlement (CE) no 1260/1999. La Commission tient compte de tout élément de preuve fourni par l’État membre dans les délais mentionnés ci‑dessus.

3.   Chaque fois que l’État membre conteste les observations de la Commission et qu’une audience a lieu en application de l’article 39, paragraphe 2, deuxième alinéa, du règlement (CE) no 1260/1999, le délai de trois mois au cours duquel la Commission peut prendre une décision au titre de l’article 39, paragraphe 3, dudit règlement commence à courir à partir de la date de l’audience.»

19

Le règlement no 1260/1999, qui devait être réexaminé par le Conseil au plus tard le 31 décembre 2006, a été abrogé par le règlement (CE) no 1083/2006 du Conseil, du 11 juillet 2006, portant dispositions générales sur le Fonds européen de développement régional, le Fonds social européen et le Fonds de cohésion (JO L 210, p. 25), lequel s’applique, selon son article 1er, paragraphe 1, auxdits Fonds, sans préjudice des dispositions spécifiques prévues par les règlements régissant chacun de ces Fonds.

20

Le règlement (CE) no 1080/2006 du Parlement européen et du Conseil, du 5 juillet 2006, relatif au Fonds européen de développement régional et abrogeant le règlement no 1783/1999 (JO L 210, p. 1), ne comporte aucune disposition relative à la procédure en matière de corrections financières pouvant être décidées par la Commission. Il en va de même du règlement (CE) no 1828/2006 de la Commission, du 8 décembre 2006, établissant les modalités d’exécution du règlement no 1083/2006 et du règlement no 1080/2006 (JO L 371, p. 1).

21

Lesdites corrections financières font l’objet de règles communes à ces trois Fonds, énoncées aux articles 99 à 102 du règlement no 1083/2006.

22

L’article 100 de ce dernier règlement, intitulé «Procédure», dispose:

«1.   Avant de statuer sur une correction financière, la Commission ouvre la procédure en informant l’État membre de ses conclusions provisoires et en l’invitant à faire part de ses observations dans un délai de deux mois.

Lorsque la Commission propose une correction financière sur la base d’une extrapolation ou à un taux forfaitaire, l’État membre a la possibilité de démontrer, par un examen des documents concernés, que l’étendue réelle de l’irrégularité est inférieure à l’évaluation faite par la Commission. En accord avec celle‑ci, l’État membre peut limiter la portée de cet examen à une partie ou un échantillon approprié des documents concernés. Sauf dans les cas dûment justifiés, le délai imparti pour cet examen ne dépasse pas deux mois après la période de deux mois visée au premier alinéa.

2.   La Commission tient compte de tout élément fourni par l’État membre dans les délais visés au paragraphe 1.

3.   Si l’État membre n’accepte pas les conclusions provisoires de la Commission, celle‑ci l’invite à une audition au cours de laquelle les deux parties s’efforcent, dans un esprit de coopération fondée sur le partenariat, de parvenir à un accord sur les observations et les conclusions à en tirer.

4.   En cas d’accord, l’État membre peut réutiliser les fonds communautaires concernés conformément à l’article 98, paragraphe 2, deuxième alinéa.

5.   En l’absence d’accord, la Commission statue sur la correction financière dans les six mois suivant la date de l’audition en tenant compte de toutes les informations et observations présentées au cours de la procédure. S’il n’y a pas d’audition, la période de six mois débute deux mois après la date de l’envoi de la lettre d’invitation par la Commission.»

23

L’article 108 du règlement no 1083/2006, intitulé «Entrée en vigueur», prévoit, à ses premier et deuxième alinéas:

«Le présent règlement entre en vigueur le jour suivant celui de sa publication au Journal officiel de l’Union européenne.

Les dispositions des articles 1er à 16, 25 à 28, 32 à 40, 47 à 49, 52 à 54, 56, 58 à 62, 69 à 74, 103 à 105 et 108 sont applicables à compter de la date d’entrée en vigueur du présent règlement, uniquement pour les programmes de la période 2007‑2013. Les autres dispositions sont applicables à partir du 1er janvier 2007.»

24

Le règlement no 1083/2006 a été abrogé par le règlement (UE) no 1303/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, portant dispositions communes relatives au Fonds européen de développement régional, au Fonds social européen, au Fonds de cohésion, au Fonds européen agricole pour le développement rural et au Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche [et] portant dispositions générales applicables au Fonds européen de développement régional, au Fonds social européen, au Fonds de cohésion et au Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche (JO L 347, p. 320), dont l’article 145, paragraphe 6, dispose que, «[p]our appliquer des corrections financières, la Commission statue, par voie d’actes d’exécution, dans les six mois suivant la date de l’audition ou la date de réception des informations complémentaires lorsque l’État membre accepte d’en fournir à la suite de l’audition, [que l]a Commission tient compte de toutes les informations et observations présentées au cours de la procédure [et que, e]n l’absence d’audition, la période de six mois débute deux mois après la date de l’envoi de la lettre d’invitation à l’audition par la Commission».

25

Conformément à l’article 154 du règlement no 1303/2013, l’article 145 de ce règlement est applicable avec effet au 1er janvier 2014.

26

Cet article 145 fait partie de la quatrième partie du règlement no 1303/2013, laquelle contient les règles générales applicables au FEDER, au FSE, au Fonds de cohésion et au Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche en ce qui concerne la gestion et le contrôle, la gestion financière, les comptes et les corrections financières.

27

Ni le règlement (UE) no 1301/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, relatif au Fonds européen de développement régional et aux dispositions particulières relatives à l’objectif «Investissement pour la croissance et l’emploi», et abrogeant le règlement no 1080/2006 (JO L 347, p. 289), ni le règlement délégué (UE) no 480/2014 de la Commission, du 3 mars 2014, complétant le règlement no 1303/2013 (JO L 138, p. 5), ne comportent de disposition ayant trait à la procédure en matière de corrections financières pouvant être décidées par la Commission.

28

Le 29 juillet 1994, la Commission a adopté la décision 94/628/CE, concernant l’établissement du cadre communautaire d’appui pour les interventions structurelles communautaires dans les régions de l’Allemagne concernées par l’objectif no 1, à savoir le Mecklembourg‑Poméranie‑Occidentale, le Brandebourg, la Saxe‑Anhalt, la Saxe, la Thuringe et Berlin‑Est (JO L 250, p. 18). Cette décision permettait l’établissement de programmes opérationnels dans les nouveaux Länder et Berlin‑Est.

29

Les faits ayant donné lieu aux présents litiges, tels qu’ils ressortent des arrêts attaqués et des décisions relatives au Land de Thuringe et à Berlin‑Est (ci‑après, ensemble, les «décisions litigieuses»), peuvent être résumés comme suit.

30

Par la décision C(94) 1939/5, du 5 août 1994, la Commission a approuvé le programme opérationnel pour le Land de Thuringe relevant de l’objectif no 1 en Allemagne (Arinco no 94.DE.16.005) (ci‑après l’«intervention en faveur du Land de Thuringe») prévoyant une participation des fonds structurels de 1021771000 écus, portée à 1086827000 euros par la décision C(99) 5087 du 29 décembre 1999, avec un cofinancement du FEDER d’un montant maximal de 1020719000 euros. Le ministère de l’Économie et des Transports du Land de Thuringe a été désigné comme autorité de gestion.

31

Pour la mesure 2.1 concernant l’appui aux activités de production des petites et moyennes entreprises (PME), la décision C(99) 5087 a fixé le montant total des dépenses à 674104000 euros et la contribution provenant du FEDER à 337052000 euros.

32

Au cours de l’année 2001, la Commission a effectué un examen systématique des systèmes de gestion et de contrôle dans le Land de Thuringe, sur le fondement des articles 23, paragraphe 2, du règlement no 4253/88 et 14 du règlement no 2064/97.

33

Le 30 janvier 2002, la Commission a présenté son rapport final sur les programmes opérationnels des Länder de Thuringe et de Saxe‑Anhalt, contenant des recommandations.

34

Le 24 juin 2002, la déclaration prévue à l’article 8 du règlement no 2064/97 a été établie par une société d’audit et transmise à la Commission.

35

Par un courrier du 18 juillet 2002, les autorités allemandes ont présenté leur demande de paiement définitif concernant l’intervention en faveur du Land de Thuringe. Le 27 juin 2003, la Commission a clôturé cette intervention et a procédé au paiement définitif à hauteur du montant demandé.

36

Après la clôture de ladite intervention, au cours des mois d’octobre, de novembre et de décembre 2003, la Cour des comptes des Communautés européennes a effectué plusieurs visites de contrôle et a procédé, au cours de l’année 2004, à une analyse des points faibles de la même intervention, dans le cadre de l’examen de la déclaration d’assurance sur l’exercice 2003. Quelque 28 projets relevant de la mesure 2.1 ont été examinés.

37

Le 22 juin 2004, la Cour des comptes a transmis son rapport de contrôle provisoire aux autorités allemandes. Par des courriers des 31 août et 13 octobre 2004, ces autorités ont transmis à la Cour des comptes des informations supplémentaires.

38

Par un courrier du 17 janvier 2005, la Cour des comptes a transmis son rapport de contrôle aux autorités nationales. Celui‑ci relevait l’existence d’irrégularités individuelles et systémiques concernant des opérations spécifiques, des erreurs dans le calcul du concours maximal et l’absence de pièces justificatives pour certains types de dépenses tels les frais généraux ou les fonds propres. Ce rapport concluait à l’existence d’insuffisances dans les systèmes de gestion et de contrôle de l’intervention en faveur du Land de Thuringe. Le taux d’erreur constaté dans les 28 projets relevant de la mesure 2.1 était de 31,36 %.

39

Par un courrier du 19 octobre 2006, la Commission a transmis aux autorités allemandes les premiers résultats de son examen dudit rapport de contrôle et a demandé à ces autorités de lui faire part de leurs observations.

40

Sur la base de l’analyse des points faibles effectuée par la Cour des comptes, la Commission a annoncé au Land de Thuringe des corrections financières d’un montant de 135 millions d’euros. À la suite de consultations bilatérales, certaines critiques ont cependant été retirées.

41

Par un courrier du 5 janvier 2007, les autorités allemandes ont répondu au courrier de la Commission du 19 octobre 2006 en s’opposant à l’application de corrections financières extrapolées et en fournissant des pièces justificatives supplémentaires attestant de l’éligibilité de certaines dépenses.

42

Par une lettre du 23 avril 2007, la Commission a invité les autorités allemandes à participer à une réunion bilatérale, qui s’est tenue à Bruxelles le 8 mai 2007. À la suite des négociations qui ont eu lieu au cours de cette réunion, ces autorités ont entrepris de présenter des éléments de preuve supplémentaires pour attester de l’admissibilité de certaines opérations et de certains postes de dépenses, dans un délai de deux semaines à compter de la date de ladite réunion. Cette information a été notifiée à la Commission par une lettre du 22 juin 2007.

43

Par la décision relative au Land de Thuringe, la Commission a réduit de 81425825,67 euros le concours financier du FEDER à l’intervention en faveur de ce Land, en raison des irrégularités individuelles et systémiques constatées dans le cadre de la mesure 2.1, en application de l’article 24 du règlement no 4253/88. La Commission a procédé à une extrapolation du taux d’erreur à l’ensemble de cette mesure, en prenant pour base un taux d’erreur de 23,88 %. Elle a calculé un montant de 1232012,70 euros pour les irrégularités individuelles et un montant de 80193812,97 euros pour les irrégularités systémiques.

44

Par la décision C(94) 1973, du 5 août 1994, la Commission a approuvé le programme opérationnel pour Berlin‑Est relevant de l’objectif no 1 (Arinco no 94.DE. 16.006) (ci‑après l’«intervention en faveur de Berlin‑Est»). Cette décision prévoyait une participation des fonds structurels de 743112000 écus, portée par la suite à 779154000 euros, ce montant comprenant 540886000 euros en provenance du FEDER.

45

Le ministère de l’Économie, de la Technologie et des Femmes du Land de Berlin a été désigné comme autorité de gestion.

46

Par un courrier du 24 mars 2003, les autorités allemandes ont transmis leur demande de paiement définitif concernant l’intervention en faveur de Berlin‑Est.

47

Du 16 au 20 février 2004, du 29 mars au 2 avril 2004 et du 7 au 11 mars 2005, la Commission et une entreprise d’audit externe mandatée par celle‑ci ont, dans le cadre des audits de clôture des programmes cofinancés par le FEDER au cours de la période de programmation 1994‑1999, effectué plusieurs visites de contrôle.

48

Par des courriers des 31 mai et 15 décembre 2005, la Commission a communiqué aux autorités allemandes son rapport d’audit qui constatait diverses irrégularités systémiques concernant des opérations spécifiques, au nombre desquelles figuraient, notamment, la déclaration de dépenses non éligibles, des infractions aux règles de passation des marchés et l’absence de justificatifs. Pour les 29 projets relevant de l’intervention en faveur de Berlin‑Est qui ont effectivement été contrôlés, le taux d’erreur était de 7,56 %. Sur les 36 projets sélectionnés, sept n’avaient pu être contrôlés pour cause de faillite.

49

Par des courriers des 21 octobre 2005 et 31 mars 2006, les autorités allemandes ont présenté leurs observations sur ces constatations et ont transmis à la Commission des informations supplémentaires.

50

Par un courrier du 26 janvier 2007, la Commission a communiqué auxdites autorités ses conclusions provisoires.

51

Par un courrier du 9 juillet 2007, les autorités allemandes se sont opposées, pour défaut de base juridique, à l’application de corrections financières forfaitaires et extrapolées, en produisant des preuves supplémentaires attestant de la légalité des dépenses concernées.

52

Compte tenu des informations et des éléments de preuve supplémentaires fournis, les conclusions relatives aux résultats de l’audit réalisé ont été modifiées et transmises aux autorités allemandes, par une lettre du 30 août 2007.

53

Une réunion bilatérale s’est tenue à Bruxelles le 14 septembre 2007. À la suite des négociations qui ont eu lieu durant cette réunion, les autorités allemandes ont entrepris de présenter des éléments de preuve supplémentaires pour attester de l’admissibilité de certaines interventions et de certains postes de dépenses, dans un délai de quatre semaines à compter de la date de ladite réunion. Ces informations ont été notifiées à la Commission par une lettre du 12 octobre 2007. Les questions abordées au cours de la même réunion ont été mentionnées dans un compte rendu en date du 12 novembre 2007.

54

Par la décision relative à Berlin‑Est, la Commission a réduit de 12900719,52 euros, soit de 2,68 %, le montant du concours financier du FEDER à l’intervention en faveur de Berlin‑Est. Cette institution s’est fondée, dans cette décision, sur un taux d’erreur de 3,63 % s’agissant des 29 projets contrôlés. Partant des financements du FEDER accordés au programme opérationnel à hauteur de 951243399 marks allemands (DEM) et en se fondant sur les calculs réalisées par le logiciel Audit Command Language (ACL), la Commission a appliqué une correction financière extrapolée de 25516719 DEM, représentant une réduction de 2,68 % du concours financier du FEDER au programme global concerné.

55

Par des requêtes déposées au greffe du Tribunal, respectivement, les 4 et 8 juillet 2008, la République fédérale d’Allemagne a introduit des recours tendant à l’annulation des décisions litigieuses.

56

Le Royaume d’Espagne, la République française et le Royaume des Pays‑Bas sont intervenus dans la procédure devant Tribunal, au soutien des conclusions de la République fédérale d’Allemagne, dans ces deux recours.

57

À l’appui de son recours dirigé contre la décision relative au Land de Thuringe, la République fédérale d’Allemagne a invoqué cinq moyens, tirés, respectivement, le premier et le deuxième, de la violation de l’article 24, paragraphe 2, du règlement no 4253/88, le troisième, de l’absence de contrôle sur place par la Commission, le quatrième, de la violation des principes de protection de la confiance légitime, de sécurité juridique et de coopération et, le cinquième, de la violation du principe de proportionnalité.

58

À l’appui de son recours dirigé contre la décision relative à Berlin‑Est, cet État membre a invoqué cinq moyens, tirés, respectivement, le premier et le deuxième, de la violation de l’article 24, paragraphe 2, du règlement no 4253/88, le troisième, de la violation du principe de proportionnalité, le quatrième, d’une insuffisance de motivation de cette décision et, le cinquième, de la violation du principe de partenariat.

59

Par les arrêts attaqués le Tribunal a rejeté comme non fondés les moyens invoqués ainsi que les deux recours dans leur ensemble.

60

Le 29 novembre 2012, la République fédérale d’Allemagne a formé un pourvoi contre l’arrêt Allemagne/Commission (T‑265/08, EU:T:2012:434).

61

Des mémoires en réponse ont été déposés par la République française et la Commission, le 15 février 2013, ainsi que par le Royaume d’Espagne, le 20 février 2013.

62

Le 31 janvier 2013, la République fédérale d’Allemagne a formé un pourvoi contre l’arrêt Allemagne/Commission (T‑270/08, EU:T:2012:612).

63

Des mémoires en réponse ont été déposées par la République française le 29 mars 2013, par le Royaume des Pays‑Bas le 5 avril 2013, par la Commission le 9 avril 2013 ainsi que par le Royaume d’Espagne le 12 avril 2013.

64

Par une décision du président de la Cour du 10 juillet 2013, les affaires C‑549/12 P et C‑54/13 P ont été jointes aux fins de la procédure orale et de l’arrêt.

65

La République fédérale d’Allemagne demande à la Cour:

66

La République française demande à la Cour d’annuler, dans leur intégralité, les arrêts attaqués, de statuer définitivement au fond, conformément à l’article 61 du statut de la Cour de justice de l’Union européenne et d’annuler les décisions litigieuses.

67

Le Royaume d’Espagne demande à la Cour:

68

La Commission conclut à ce que la Cour rejette les pourvois et condamne la République fédérale d’Allemagne aux dépens.

69

Dans l’affaire C‑549/12 P, la République fédérale d’Allemagne invoque deux moyens, tirés, tous deux, de la violation de l’article 24, paragraphe 2, du règlement no 4253/88, lu en combinaison avec l’article 1er du règlement no 2988/95, et du principe d’attribution des compétences énoncé aux articles 5, paragraphe 2, TUE et 7 TFUE.

70

Dans l’affaire C‑54/13 P, la République fédérale d’Allemagne soulève quatre moyens, tirés, s’agissant des trois premiers, de la violation des dispositions combinées de l’article 24, paragraphe 2, du règlement no 4253/88 et de l’article 1er du règlement no 2988/95 ainsi que du principe d’attribution des compétences énoncé aux articles 5, paragraphe 2, TUE et 7 TFUE et, s’agissant du quatrième, de la violation de l’obligation de motivation résultant des dispositions combinées de l’article 81 du règlement de procédure du Tribunal et des articles 36 et 53, paragraphe 1, du statut de la Cour de justice.

71

Par la première branche de son premier moyen invoqué dans l’affaire C‑549/12 P et par son premier moyen soulevé dans l’affaire C‑54/13 P, la République fédérale d’Allemagne soutient que le Tribunal a commis une erreur de droit en jugeant, par les arrêts attaqués, que de simples erreurs administratives commises par les autorités nationales constituent des «irrégularités» permettant à la Commission d’appliquer des corrections financières en vertu de l’article 24, paragraphe 2, du règlement no 4253/88.

72

Par les deuxième et troisième branches du premier moyen invoqué dans l’affaire C‑549/12 P, la République fédérale d’Allemagne fait valoir que, quand bien même des erreurs administratives pourraient constituer des irrégularités justifiant une correction financière, le Tribunal a commis une erreur de droit en jugeant, dans l’arrêt Allemagne/Commission (T‑265/08, EU:T:2012:434), que des violations du droit national et des erreurs qui n’ont pas d’incidence sur le budget de l’Union peuvent constituer des «irrégularités» justifiant de telles corrections.

73

Par la première branche de son second moyen invoqué dans l’affaire C‑549/12 P et la première branche de son deuxième moyen soulevé dans l’affaire C‑54/13 P, la République fédérale d’Allemagne, soutenue par le Royaume d’Espagne et la République française, fait valoir que le Tribunal a commis une erreur de droit en admettant la compétence de la Commission pour pratiquer des corrections financières par extrapolation.

74

Par la seconde branche de son second moyen invoqué dans l’affaire C‑549/12 P, la République fédérale d’Allemagne, soutenue par le Royaume d’Espagne, soutient que, quand bien même de telles corrections auraient été possibles, le Tribunal a commis une erreur de droit en confirmant les modalités de leur exécution dans la décision relative au Land de Thuringe, dès lors que, selon cet État membre, aucun préjudice subi par le budget de l’Union n’a été établi en ce qui concerne une partie des projets contestés et que la Commission n’aurait pas dû qualifier une partie des erreurs reprochées de systémiques.

75

Par la seconde branche de son deuxième moyen invoqué dans l’affaire C‑54/13 P, la République fédérale d’Allemagne, soutenue par le Royaume d’Espagne, fait valoir que, quand bien même la Commission serait compétente pour appliquer des réductions par extrapolation en vertu de l’article 24, paragraphe 2, du règlement no 4253/88, le Tribunal a commis une erreur de droit en admettant les modalités de mise en œuvre de l’extrapolation dans la décision relative à Berlin‑Est, dès lors que, selon cet État membre, la Commission a, d’une part, qualifié de manière erronée les erreurs relevées de systémiques, entachant l’ensemble du programme concerné, n’aurait pas dû extrapoler le taux d’erreur calculé à l’ensemble de ce programme et, d’autre part, n’aurait pas dû utiliser la procédure d’échantillonnage appliquée pour étendre la réduction à l’ensemble dudit programme par extrapolation. Par la troisième branche de son deuxième moyen, la République fédérale d’Allemagne relève que, en raison de l’extrapolation d’erreurs non représentatives et de corrections forfaitaires, la Commission a appliqué une réduction disproportionnée du concours financier accordé au programme opérationnel concerné.

76

Par la première branche de son troisième moyen invoqué dans l’affaire C‑54/13 P, la République fédérale d’Allemagne soutient que le Tribunal a estimé à tort que la Commission était compétente pour appliquer des corrections financières forfaitaires. Par la seconde branche de ce moyen, cet État membre fait valoir que, quand bien même la Commission serait compétente pour appliquer des corrections financières forfaitaires, le Tribunal a commis une erreur de droit en admettant des corrections forfaitaires disproportionnées.

77

Par son quatrième moyen invoqué dans l’affaire C‑54/13 P, la République fédérale d’Allemagne fait valoir que les motifs de l’arrêt Allemagne/Commission (T‑270/08, EU:T:2012:612) ne permettent pas de déterminer si le Tribunal a examiné son argumentation tirée de l’illicéité des corrections financières forfaitaires soulevée dans le cadre de la première branche du deuxième moyen de son recours devant le Tribunal ainsi que les considérations qui ont justifié le rejet par ce dernier de ladite argumentation.

78

La Commission considère que ces moyens sont non fondés et que les pourvois doivent être rejetés.

79

Il convient de relever que, dans les arrêts attaqués, le Tribunal a statué sur les recours en annulation introduits par la République fédérale d’Allemagne en rejetant ceux‑ci après avoir déclaré non fondés les cinq moyens invoqués à l’appui de chacun de ces recours.

80

Ce faisant, le Tribunal a implicitement, mais nécessairement, admis la régularité formelle des décisions litigieuses.

81

Toutefois, il résulte des motifs énoncés aux points 56 à 89 ainsi que 93 des arrêts Espagne/Commission (C‑192/13 P, EU:C:2014:2156) et Espagne/Commission (C‑197/13 P, EU:C:2014:2157) que l’adoption par la Commission d’une décision par laquelle elle procède à une correction financière est, à compter de l’année 2000, subordonnée au respect d’un délai légal.

82

La Cour considère que, en l’état actuel du droit de l’Union, il n’existe aucun élément de nature à remettre en cause cette jurisprudence, celle‑ci étant, au contraire, transposable aux présentes affaires.

83

Ainsi que la Cour l’a jugé au point 94 de ses arrêts Espagne/Commission (C‑192/13 P, EU:C:2014:2156) et Espagne/Commission (C‑197/13 P, EU:C:2014:2157), la durée du délai imparti à la Commission pour adopter ses décisions varie en fonction de la réglementation applicable.

84

Il ressort de l’article 108, second alinéa, du règlement no 1083/2006 que l’article 100 de ce règlement a été rendu applicable à partir du 1er janvier 2007, y compris aux programmes antérieurs à la période 2007‑2013.

85

Conformément à l’article 100, paragraphe 1, du règlement no 1083/2006, avant de statuer sur une correction financière, la Commission ouvre la procédure en informant l’État membre de ses conclusions provisoires et en invitant ce dernier à lui faire part de ses observations dans un délai de deux mois. Si l’État membre n’accepte pas les conclusions provisoires de la Commission, celle‑ci l’invite, en vertu de l’article 100, paragraphe 3, de ce règlement, à une audition au cours de laquelle les deux parties s’efforcent, dans un esprit de coopération fondée sur le partenariat, de parvenir à un accord sur les observations et les conclusions à en tirer.

86

Conformément à l’article 100, paragraphe 5, du règlement no 1083/2006, la Commission statue sur la correction financière dans les six mois suivant la date de l’audition et, s’il n’y a pas eu d’audition, la période de six mois débute deux mois après la date de l’envoi de la lettre d’invitation par la Commission.

87

Il découle de ces dispositions que lorsque l’État membre n’accepte pas les conclusions provisoires de la Commission, l’envoi, par cette dernière, d’une lettre d’invitation à une audition et la tenue d’une audition sont requises aux fins de la régularité de la procédure suivie en matière de correction financière et servent de point de départ de la computation du délai dans lequel la Commission doit adopter une décision par laquelle elle procède à une telle correction.

88

Or, il ne ressort pas des dossiers soumis à la Cour que, à la suite de la communication de ses conclusions provisoires, la Commission ait adressé à la République fédérale d’Allemagne une invitation à une audition ou que se soit tenue une audition, au sens de l’article 100, paragraphes 3 et 5, du règlement no 1083/2006. En revanche, il ressort de ces dossiers que des réunions bilatérales se sont tenues à Bruxelles, respectivement, les 8 mai et 14 septembre 2007, entre la Commission et les représentants de la République fédérale d’Allemagne.

89

Il y a lieu de rappeler à cet égard que s’agissant, en l’occurrence, de décisions ayant une incidence budgétaire notable, il est de l’intérêt tant de l’État membre concerné que de la Commission que le terme de la procédure suivie en matière de correction financière soit prévisible, ce qui suppose la fixation d’un délai préétabli pour l’adoption de la décision finale. Il convient également de relever que le dépassement du délai prévu pour l’adoption d’une décision par laquelle il est procédé à une correction financière n’est pas compatible avec le principe général de bonne administration (arrêts Espagne/Commission, C‑192/13 P, EU:C:2014:2156, point 88, et Espagne/Commission, C‑197/13 P, EU:C:2014:2157, point 88).

90

Dans ces conditions, la Commission ne saurait s’affranchir de son obligation d’adopter les décisions par lesquelles elle procède à des corrections financières dans un délai préétabli en omettant d’accomplir les actes qui servent de point de départ de la computation de ce délai.

91

En tout état de cause, à supposer même que les rencontres bilatérales qui se sont tenues, respectivement, les 8 mai et 14 septembre 2007, puissent être assimilées à des auditions, au sens de l’article 100, paragraphes 3 et 5, du règlement no 1083/2006, aux fins de la computation des délais d’adoption des décisions par lesquelles la Commission procède à des corrections financières, il y a lieu de constater que les décisions litigieuses ont été adoptées, respectivement, les 30 et 29 avril 2008 et que la Commission n’a pas respecté le délai imparti à l’article 100, paragraphe 5, du règlement no 1083/2006.

92

Or, il résulte de la jurisprudence de la Cour que le non‑respect des règles de procédure relatives à l’adoption d’un acte faisant grief, tel le fait, pour la Commission, de ne pas avoir adopté une décision dans le délai fixé par le législateur de l’Union, constitue une violation des formes substantielles qu’il appartient au juge de l’Union de soulever d’office (voir arrêts Espagne/Commission, C‑192/13 P, EU:C:2014:2156, point 103; Espagne/Commission, C‑197/13 P, EU:C:2014:2157, point 103 et jurisprudence citée, ainsi que Espagne/Commission, C‑429/13 P, EU:C:2014:2310, point 34).

93

À cet égard, il convient de rappeler qu’il est de jurisprudence constante que, hors les cas particuliers tels que, notamment, ceux prévus par les règlements de procédure des juridictions de l’Union, le juge de l’Union ne peut fonder sa décision sur un moyen de droit relevé d’office, fût‑il d’ordre public, sans avoir invité au préalable les parties à présenter leurs observations sur ledit moyen (voir arrêts Commission/Irlande e.a., C‑89/08 P, EU:C:2009:742, point 57, ainsi que OHMI/National Lottery Commission, C‑530/12 P, EU:C:2014:186, point 54).

94

En ce qui concerne la question du délai dans lequel une décision de correction financière doit être adoptée, il y a lieu de relever que dans le cadre des affaires ayant donné lieu aux arrêts Espagne/Commission (C‑192/13 P, EU:C:2014:2156) et Espagne/Commission (C‑197/13 P, EU:C:2014:2157), qui portaient sur des questions factuelles et juridiques en substance identiques, la Commission a déjà eu l’occasion de débattre de cette question. Par ailleurs, dans lesdites affaires, la Cour avait demandé aux parties de concentrer leurs plaidoiries sur ladite question.

95

En outre, cette jurisprudence a depuis lors été confirmée à plusieurs reprises par la Cour (voir arrêts Espagne/Commission, C‑429/13 P, EU:C:2014:2310, et Espagne/Commission, C‑513/13 P, EU:C:2014:2412).

96

Il s’ensuit, d’une part, que la Commission a suffisamment eu l’occasion de présenter, dans le cadre d’un débat contradictoire, ses moyens et arguments relatifs à la portée du délai imparti à l’article 100, paragraphe 5, du règlement no 1083/2006 et, d’autre part, que la jurisprudence de la Cour portant sur l’interprétation à donner à cette disposition doit être considérée comme établie.

97

Il convient, dès lors, de constater que la présente affaire constitue un cas particulier, au sens de la jurisprudence rappelée au point 93 du présent arrêt, et qu’il n’y a pas lieu d’inviter les parties à présenter leurs observations sur ce moyen.

98

Dans ces conditions, il y a lieu de conclure que la Commission a adopté les décisions litigieuses en méconnaissance du délai légal prescrit par un règlement du Conseil.

99

Par conséquent, en rejetant les recours introduits par la République fédérale d’Allemagne au lieu de sanctionner la violation des formes substantielles dont sont entachées les décisions litigieuses, le Tribunal a commis une erreur de droit.

100

Les arrêts attaqués doivent, partant, être annulés.

101

Conformément à l’article 61, premier alinéa, du statut de la Cour de justice, lorsque le pourvoi est fondé, la Cour annule la décision du Tribunal. Elle peut alors statuer elle‑même définitivement sur le litige lorsque celui‑ci est en état d’être jugé.

102

En l’espèce, la Cour dispose des éléments nécessaires pour statuer définitivement sur les recours tendant à l’annulation des décisions litigieuses introduits par la République fédérale d’Allemagne devant le Tribunal.

103

À cet égard, il suffit de relever que, pour les motifs énoncés aux points 81 à 99 du présent arrêt, les décisions litigieuses doivent être annulées pour violation des formes substantielles.

104

En vertu de l’article 184, paragraphe 2, du règlement de procédure de la Cour, lorsque le pourvoi est fondé et que la Cour juge elle‑même définitivement le litige, elle statue sur les dépens.

105

L’article 138, paragraphe 1, du même règlement, rendu applicable à la procédure de pourvoi en vertu de l’article 184, paragraphe 1, de ce règlement, dispose que toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il est conclu en ce sens. La République fédérale d’Allemagne ayant obtenu gain de cause dans le cadre des pourvois et les recours devant le Tribunal étant accueillis, il y a lieu, conformément aux conclusions de la République fédérale d’Allemagne, de condamner la Commission à supporter, outre ses propres dépens, ceux exposés par cet État membre, tant en première instance que dans le cadre des pourvois.

106

En vertu de l’article 140, paragraphe 1, dudit règlement, rendu applicable, mutatis mutandis, à la procédure de pourvoi en vertu de l’article 184, paragraphe 1, du même règlement, les États membres qui sont intervenus au litige supportent leurs propres dépens. Conformément à ces dispositions, le Royaume d’Espagne, la République française et le Royaume des Pays‑Bas supporteront leurs propres dépens.

Par ces motifs, la Cour (première chambre) déclare et arrête: