Par ces motifs, la Cour (troisième chambre) déclare et arrête:
1) En n’ayant pas supprimé:
– les conditions n os 1 à 6, 8 et 17 posées par la décision de la Commission nationale de l’énergie, qui ont été déclarées incompatibles avec le droit communautaire par l’article 1 er de la décision de la Commission du 26 septembre 2006 [affaire n° COMP/M.4197 – E.ON/Endesa – C(2006) 4279 final], et
– les conditions n os 1, 10, 11 et 15 modifiées, posées par la décision du ministre de l’Industrie, du Tourisme et du Commerce, qui ont été déclarées incompatibles avec le droit communautaire par l’article 1 er de la décision de la Commission du 20 décembre 2006 [affaire n° COMP/M.4197 – E.ON/Endesa – C(2006) 7039 final], dans les délais impartis,
le Royaume d’Espagne a manqué aux obligations qui lui incombent en vertu de l’article 2 de chacune de ces décisions.
2) Le Royaume d’Espagne est condamné aux dépens.