1993L0085 — ET — 07.07.2006 — 001.001


Käesolev dokument on vaid dokumenteerimisvahend ja institutsioonid ei vastuta selle sisu eest

►B

NÕUKOGU DIREKTIIV 93/85/EMÜ,

4. oktoober 1993,

kartuli ringmädaniku kontrolli kohta

(EÜT L 259, 18.10.1993, p.1)

Muudetud:

 

 

Euroopa Liidu Teataja

  No

page

date

►M1

KOMISJONI DIREKTIIV 2006/56/EÜ, 12. juuni 2006,

  L 182

1

4.7.2006




▼B

NÕUKOGU DIREKTIIV 93/85/EMÜ,

4. oktoober 1993,

kartuli ringmädaniku kontrolli kohta



EUROOPA ÜHENDUSTE NÕUKOGU,

võttes arvesse Euroopa Majandusühenduse asutamislepingut, eriti selle artiklit 43,

võttes arvesse komisjoni ettepanekut, ( 1 )

võttes arvesse Euroopa Parlamendi arvamust, ( 2 )

võttes arvesse majandus- ja sotsiaalkomitee arvamust ( 3 )

ning arvestades, et:

kartulikasvatusel on ühenduse põllumajanduses oluline koht; kahjulikud organismid ohustavad pidevalt kartuli saagikust;

kartulikasvatuse kaitsmine selliste kahjulike organismide eest peaks lisaks tootmismahu säilitamisele suurendama põllumajanduse tootlikkust;

liikmesriigi territooriumile kahjulike organismide toomise vastu võetavatel kaitsemeetmetel on üksnes piiratud mõju, kui sellisteorganismidevastu ei võidelda samal ajal ja metoodiliselt kogu ühenduses ega hoita ära nende levimist;

üks kartulile kahjulikke organisme on Clavibacter michiganensis (Smith) Davis et al. ssp. sepedonicus (Spieckermann et Kotthoff) Davis et al., kartuli ringmädaniku nakkusetekitaja; seda haigust on esinenud mõnes ühenduse osas ning siiani eksisteerib mõni nakkusallikas;

kogu ühenduses on kartulikasvatuse jaoks märkimisväärne oht, kui ei võeta meetmeid selle haiguse asukoha määratlemiseks ning leviku kindlaksmääramiseks, haigusjuhtude ja leviku vältimiseks ning, kui haigus avastatakse, haiguse leviku takistamiseks ja tõrjumiseks haiguse likvideerimise eesmärgil;

selle tagamiseks tuleb kogu ühenduses võtta teatavaid meetmeid; lisaks peavad liikmesriigid olema valmis võtma vajaduse korral lisameetmeid või rangemaid meetmeid, tingimusel et see ei takista kartulite liikumist ühenduse piires, välja arvatud nõukogu 21. detsembri 1976. aasta direktiivis 77/93/EMÜ (taimedele või taimsetele saadustele kahjulike organismide ühendusse kandumise ja seal levimise vastu võetavate kaitsemeetmete kohta) ( 4 ) sätestatud ulatuses; sellistest meetmetest tuleb teatada teistele liikmesriikidele ja komisjonile;

nõukogu 24. juuni 1980. aasta direktiivis 80/665/EMÜ (kartuli ringmädaniku kontrolli kohta) ( 5 ) on sätestatud miinimumnõuded, mida liikmesriigid peavad võtma kartuli ringmädaniku vastu;

sellest ajast alates on toimunud oluline areng teadmistes kartuli ringmädaniku kohta ja kartuli ringmädaniku nakkusetekitaja kindlaksmääramisel;

ühenduse taimetervise korra kohaldamine ühenduses kui sisepiirideta alal on tekitanud vajaduse osa direktiivi 80/665/EMÜ sätetest uuesti läbi vaadata ja muuta;

kõnealuse läbivaatamise tulemusena on leitud, et direktiivi 80/665/EMÜ sätted ei ole piisavad ning meetmeid tuleb veel täpsustada;

selles olukorras tuleks direktiiv 80/665/EMÜ kehtetuks tunnistada ning vastu võtta vajalikud meetmed;

meetmete puhul tuleb arvestada esiteks, et haigus võib jääda varjatuks ja avastamata nii kasvavate kultuuride kui ladustatud mugulate puhul ning seega saab haigust tõhusalt vältida üksnes nakkuseta seemnekartuli tootmise ja kasutamise teel, ning teiseks, et haiguse asukoha määramiseks on vajalik korrapärane ametlik kontroll; nakkusetekitaja levik kasvavate kultuuride hulgas ei ole kõige olulisem tegur, vaid nakkusetekitaja võib püsida üle talve isekülvanud kartulitaimedes ning see on peamine nakkusallikas, mis kandub ühest hooajast teise; nakkusetekitaja levib peamiselt kartulite saastumisel kokkupuutes nakatunud kartulitega ning istutus-, saagikoristus- ja käitlemisseadmete või veo- ja ladustamismahutite kaudu, mis on saastunud nakkusetekitajaga eelmisest kontaktist nakatunud kartulitega; sellised saastunud objektid võivad mõnda aega pärast saastumist jääda nakkusohtlikeks; nakkusetekitaja levikut saab vähendada või vältida kõnealuste objektide desinfitseerimisega; seemnekartuli saastumine on peamine oht nakkusetekitaja levikul;

selliste üldmeetmete üksikasjade kindlaksmääramiseks ning liikmesriikide rangemate või lisameetmete jaoks, mida võetakse nakkusetekitaja oma territooriumile toomise vältimiseks, on soovitav, et liikmesriigid teevad komisjoniga tihedat koostööd alalise taimetervise komitee (edaspidi “komitee”) raames,

ON VASTU VÕTNUD KÄESOLEVA DIREKTIIVI:



Artikkel 1

Käesolevas direktiivis käsitletakse meetmeid, mida liikmesriigid peavad võtma kartuli ringmädaniku põhjustaja Clavibacter michiganensis (Smith) Davis et al. ssp. sepedonicus (Spieckermann et Kotthoff) Davis et al. (edaspidi “organismi”) vastu, et:

a) määrata selle asukoht ja levik;

b) vältida selle esinemist ja levikut; ning

c) haiguse avastamise korral vältida selle levikut ja tõrjuda haigust likvideerimise eesmärgil.

Artikkel 2

1.  Liikmesriigid viivad läbi korrapäraseid ametlikke uuringuid organismi leidmiseks oma territooriumilt pärit mugulatel ja vajaduse korral kartulitaimedel (Solanum tuberosum L.), et kinnitada organismi puudumist.

Nimetatud uuringuteks võetakse mugulate puhul proovid nii seemne- kui muudelt kartulitelt, soovitavalt ladustatud partiidest, ning proovidega tehakse katseid ametlikes või ametliku järelevalve all olevates laborites, kasutades organismi avastamiseks ja diagnoosimiseks I lisas esitatud meetodit. Lisaks võib vajaduse korral teha ametlikku või ametliku järelevalve all visuaalset kontrolli, lõigates muude proovide mugulaid.

Taimede puhul viiakse need uuringud läbi vastavalt asjakohastele meetoditele ning proovidega tehakse asjakohaseid ametlikke katseid või katseid ametliku järelevalve all.

Proovide arvu, päritolu, kihistamise ja aja otsustavad vastutavad ametiasutused direktiivis 77/93/EMÜ määratletud tähenduses usaldusväärsete teaduslike ja statistiliste põhimõtete ja organismi bioloogia alusel, võttes arvesse asjaomaseid kartulikasvatussüsteeme asjaomastes liikmesriikides. Üksikasjad selle kohta esitatakse igal aastal teistele liikmesriikidele ja komisjonile, et tagada samalaadne kindlusaste liikmesriikide vahel organismi puudumise kinnitamisel.

2.  Lõikes 1 sätestatud ametlike uuringute tulemustest teatatakse vähemalt kord aastas teistele liikmesriikidele ja komisjonile. Sellise teate üksikasjad on konfidentsiaalsed. Need võib esitada komiteele direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a sätestatud korras.

3.  Direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a sätestatud korras võib vastu võtta järgmised sätted:

 käesoleva artikli lõikes 1 sätestatud ja vastavalt usaldusväärsetele teaduslikele ja statistilistele põhimõtetele läbiviidavate uuringute üksikasjad,

 käesoleva artikli lõikes 2 sätestatud teate üksikasjad.

4.  Direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a sätestatud korras võetakse vastu järgmised sätted:

 käesoleva artikli lõike 1 kolmandas lõigus sätestatud uuringute ja katsete asjakohased meetodid.

Artikkel 3

Liikmesriigid tagavad, et organismi esinemise kahtlusest nende territooriumil kartulitaimedes ja mugulates või koristatud, ladustatud või turustatud mugulates või selle kinnitusest teatatakse nende vastutavale ametiasutusele.

Artikkel 4

1.  Haiguse esinemise kahtluse korral tagavad liikmesriigi vastutavad ametiasutused, kuhu juhtumitest on teatatud, et viiakse läbi ametlik või ametliku järelevalve all tehtav laboratoorne kontroll, kasutades I lisas sätestatud meetodit ning vastavalt II lisa punktis 1 määratletud tingimustele, et kinnitada haiguse esinemise kahtlust või lükata see ümber. Esimesel juhul kohaldatakse II lisa punktis 2 sätestatud nõudeid.

2.  Kuni haiguse esinemise kahtluse kinnitamiseni või ümberlükkamiseni lõike 1 alusel sellistel esinemise kahtluste juhtudel, kus:

i) on nähtud visuaalseid sümptomeid, mis annavad aluse haiguse diagnoosimise kahtluseks, või

ii) on saadud I lisas määratletud immunofluorestsentskatse või muu asjakohase katse positiivne tulemus,

liikmesriikide vastutavad ametiasutused:

a) keelavad kõikide nende partiide või saadetiste liikumise, kust proovid on võetud, välja arvatud liikumine nende kontrolli all ja tingimusel, et on kindlaks tehtud organismi leviku identifitseeritava ohu puudumine;

b) võtavad meetmed kahtlustatava haiguse esinemise päritolu tuvastamiseks;

c) kehtestavad asjakohased täiendavad ettevaatusabinõud vastavalt eeldatavale ohule, et vältida organismi levikut. Need meetmed võivad hõlmata kõikide muude mugulate või taimede liikumise ametlikku kontrolli haiguse esinemise kahtlusega seotud tööruumides või neist väljaviimisel.

3.  Direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a ettenähtud korras võib vastu võtta järgmise sätte:

 lõike 2 punktis c osutatud meetmed.

4.  Direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a sätestatud korras võetakse vastu järgmine säte:

 käesoleva artikli lõike 2 punktis ii sätestatud muu asjakohane katse.

Artikkel 5

1.  Kui ametlik või ametliku järelevalve all tehtav laboratoorne kontroll, kasutades I lisas sätestatud meetodit, kinnitab organismi olemasolu mugulate, taimede või taimede osade proovis, siis liikmesriigi vastutavad ametiasutused, võttes arvesse usaldusväärseid teaduslikke põhimõtteid, organismi bioloogiat ning asjakohaseid tootmis-, turustamis- ja töötlemissüsteeme selles liikmesriigis:

a) tunnistavad saastunuks mugulad või taimed, saadetise ja/või partii ning seadme, sõiduki, laeva, lao või nende osad ning mis tahes muud objektid, sealhulgas pakkematerjali, millest proov on võetud, ning vajaduse korral tootmiskoha(d) ning põllu(d), kust mugulad või taimed on koristatud;

b) määravad III lisa punkti 1 sätteid arvesse võttes kindlaks tõenäolise saaste ulatuse koristamisele eelneva või järgneva kontakti kaudu või saastunuks tunnistatud tootmisahela kaudu;

c) piiritlevad tsooni punkti a alusel saastunuks tunnistamise, punkti b alusel tõenäolise saastamise ulatuse määramise ja organismi võimaliku leviku põhjal, võttes arvesse III lisa punkti 2 sätteid.

2.  Liikmesriigid teavitavad viivitamata teisi liikmesriike ja komisjoni vastavalt III lisa punkti 3 sätetele mis tahes saastumisest, mis on kinnitatud vastavalt lõike 1 punktile a, ning piiritletud tsooni üksikasjadest lõike 1 punkti c alusel.

Sellise teate üksikasjad on konfidentsiaalsed. Need võib esitada komiteele direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a sätestatud korras.

3.  Lõike 2 alusel saadetud teate ning selles nimetatud üksikasjade tulemusel määravad teised teates määratletud liikmesriigid vastavalt vajadusele kindlaks saastumise, tõenäolise saastumise ulatuse ning piiritlevad tsooni vastavalt lõike 1 punktidele a, b ja c.

Artikkel 6

Liikmesriigid näevad ette, et kui mugulad või taimed on tunnistatud saastunuks artikli 5 lõike 1 punkti a alusel, viiakse vastavalt artikli 4 lõikele 1 läbi katsed kartulivarudega, mis on samast kloonist kui saastunud kartulid. Katsed tehakse nii paljude selliste mugulate või taimedega, kui on vaja tõenäolise esmase nakkusallika ja tõenäolise saastumise ulatuse määramiseks, soovitavalt riskiastme järjekorras.

Katsete tulemusel määratakse kindlaks saastumine, tõenäoline saastumise ulatus ja piiritletakse tsoonid vastavalt artikli 5 lõike 1 punktidele a, b ja c.

Artikkel 7

1.  Liikmesriigid näevad ette, et mugulaid või taimi, mis on tunnistatud saastunuks artikli 5 lõike 1 punkti a alusel, ei või maha panna ega istutada ning et vastutavate ametiasutuste kontrolli all need:

 hävitatakse, või

 kõrvaldatakse muul viisil vastavalt ametliku järelevalve all olevale meetmele või olevatele meetmetele kooskõlas IV lisa punkti 1 sätetega, tingimusel et tehakse kindlaks, et ei ole organismi leviku identifitseeritavat ohtu.

2.  Liikmesriigid näevad ette, et mugulaid ja taimi, mille puhul on kindlaks tehtud, et need on tõenäoliselt saastunud vastavalt artikli 5 lõike 1 punktile b, ei või maha panna ega istutada ning, ilma et see piiraks artiklis 6 osutatud samast kloonist pärit varudega tehtud katsete tulemusi, kasutatakse neid või kõrvaldatakse need vastutavate ametiasutuste kontrolli all IV lisa punktis 2 määratletud viisil, nii et on tagatud organismi leviku identifitseeritava ohu puudumine.

3.  Liikmesriigid näevad ette, et mis tahes seadmed, sõiduk, laev, ladu või nende osad ning mis tahes muud objektid, sealhulgas pakkematerjal, mis on artikli 5 lõike 1 punkti a alusel tunnistatud saastunuks või mille puhul on kindlaks tehtud, et need on artikli 5 lõike 1 punkti b alusel tõenäoliselt saastunud, hävitatakse või puhastatakse ja desinfitseeritakse, kasutades IV lisa punktis 3 määratletud asjakohaseid meetodeid. Pärast desinfitseerimist ei käsitata selliseid objekte enam saastununa.

4.  Ilma et see piiraks lõigete 1, 2 ja 3 alusel rakendatud meetmete kohaldamist, näevad liikmesriigid ette, et artikli 5 lõike 1 punkti c alusel piiritletud tsoonis rakendatakse IV lisa punktis 4 määratletud meetmeid.

Artikkel 8

1.  Liikmesriigid näevad ette, et seemnekartul peab vastama direktiivi 77/93/EMÜ nõuetele ning olema pärit otse ametlikult kinnitatud programmi alusel saadud materjalist, mille kohta on I lisas sätestatud meetodit kasutades ametlike või ametliku järelevalve all tehtud katsete käigus leitud, et see on organismist vaba.

Eespool nimetatud katse tehakse:

 esmase kloonaretuse teel saadud taimedega juhtudel, kus saastumine mõjutab seemnekartuli toodangut,

 muudel juhtudel kas esmase kloonaretuse teel saadud taimedega või eliitseemnekartulit või varasemat paljundusmaterjali esindavate proovidega.

2.  Direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a sätestatud korras võib vastu võtta järgmised sätted:

 käesoleva artikli lõike 1 teise lõigu esimese taande üksikasjalikud rakenduseeskirjad,

 eeskirjad käesoleva artikli lõike 1 teise lõigu teises taandes ettenähtud esindavate proovide kohta.

Artikkel 9

Liikmesriigid keelavad organismi hoidmise ja käitlemise.

Artikkel 10

Ilma et see piiraks direktiivi 77/93/EMÜ sätete kohaldamist, võivad liikmesriigid lubada erandeid käesoleva direktiivi artiklites 6, 7 ja 9 osutatud meetmetest katsete ja teaduslike eesmärkide puhul ning sordivaliku alase töö puhul, tingimusel et sellised erandid ei piira organismi kontrolli ega tekita organismi leviku ohtu.

Artikkel 11

Liikmesriigid võivad vastu võtta selliseid lisameetmeid või rangemaid meetmeid, mis on vajalikud organismiga võitlemiseks või selle leviku vältimiseks niivõrd, kuivõrd need on kooskõlas direktiivi 77/93/EMÜ sätetega.

Esimeses lõigus nimetatud lisameetmed võivad hõlmata ettekirjutust, et võib maha panna üksnes seemnekartulit, mille vastavus ettenähtud taimetervise standarditele on kas ametlikult sertifitseeritud või seda on ametlikult kontrollitud. Viimast võib kohaldada eriti juhul, kui põllumajandustootjal on lubatud oma põllumajandusettevõttes kasutada seemnekartulit, mille ta on saanud oma saagist, ning teistel juhtudel, kui pannakse maha enda toodetud seemnekartulit.

Nende meetmete üksikasjadest teavitatakse teisi liikmesriike ja komisjoni.

Artikkel 12

Käesoleva direktiivi lisade muudatused, mis tehakse teaduse ja tehnika arengut silmas pidades, võetakse vastu direktiivi 77/93/EMÜ artiklis 16a sätestatud korras.

Artikkel 13

1.  Liikmesriigid võtavad vastu ja avaldavad käesoleva direktiivi täitmiseks vajalikud sätted 15. novembriks 1993. Liikmesriigid teatavad neist viivitamata komisjonile.

Kui liikmesriigid võtavad vastu need õigusaktid, lisavad nad nendesse õigusaktidesse või nende õigusaktide ametliku avaldamise korral nende juurde viite käesolevale direktiivile. Sellise viitamise viisi näevad ette liikmesriigid.

Liikmesriigid kohaldavad neid meetmeid alates 16. novembrist 1993.

2.  Liikmesriigid edastavad komisjonile viivitamata siseriiklike õigusaktide teksti, mille nad käesoleva direktiiviga reguleeritavas valdkonnas vastu võtavad. Komisjon teavitab sellest teisi liikmesriike.

Artikkel 14

Direktiiv 80/665/EMÜ tunnistatakse kehtetuks alates 16. novembrist 1993.

Artikkel 15

Käesolev direktiiv on adresseeritud liikmesriikidele.

▼M1




I LISA

RINGMÄDANIKU BAKTERI CLAVIBACTER MICHIGANENSIS (Smith) Davis et al. ssp. SEPEDONICUS (Spieckermann et Kotthoff) Davis et al. DIAGNOOSIMISE, AVASTAMISE JA KINDLAKSMÄÄRAMISE ANALÜÜSIMETOODIKA

ANALÜÜSIMETOODIKA RAKENDUSALA

Käesoleva metoodikaga kirjeldatakse eri menetlusi, mis on seotud:

i) ringmädaniku diagnoosimisega kartulimugulates ja -taimedes;

ii) bakteri Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus avastamisega kartulimugulates ja -taimedes;

iii) bakteri Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus (C. m. subsp. sepedonicus) kindlaksmääramisega.

ÜLDPÕHIMÕTTED

Erinevate meetodite optimeeritud protokollid, valideeritud reaktiivid ning üksikasjad analüüsi ja kontrollainete ettevalmistuse kohta on sätestatud liidetes. Liites 1 on sätestatud laborite nimekiri, mis tegelesid protokollide optimeerimise ja valideerimisega.

Kuna protokollid hõlmavad ohtliku organismi avastamist ja bakteri C. m. subsp. sepedonicus elujõuliste kultuuride kasutamist kontrollmaterjalina, tuleb menetlus läbi viia sobivates karantiinitingimustes, kus on kohased jäätmete kõrvaldamise seadmed ning ametlike taimekarantiini asutuste välja antud litsentside kohased tingimused.

Analüüsiparameetrid peavad tagama bakteri C. m. subsp. sepedonicus järjepideva ja uuesti korratava avastamise valitud meetodites sätestatud piirmäärades.

Oluline on positiivsete kontrollproovide täpne ettevalmistamine.

Analüüside tegemisel vastavalt nõutavatele piirmääradele tuleb tähelepanu pöörata ka seadmete õigele seadistusele, hooldusele ja kalibreerimisele, reaktiivide hoolikale käitlemisele ja säilitamisele ning kõigile meetmetele, mille eesmärk on vältida proovide omavahelist saastumist, s.t positiivsete kontrollproovide eraldamisele analüüsitavatest proovidest. Tuleb kohaldada kvaliteedikontrolli standardeid, selleks et vältida halduslikke ja muid vigu, eelkõige seoses märgistamise ja dokumentidega.

Direktiivi 93/85/EMÜ artikli 4 lõikes 2 osutatud haiguse esinemise kahtlus tähendab proovi diagrammides määratletud diagnostiliste või sõelkatsete positiivset tulemust.

Kui esimene sõelkatse (IF või PCR/FISH) on positiivne, kahtlustatakse nakatumist bakteriga ja tuleb teha teine sõelkatse. Kui teine sõelkatse on positiivne, on kahtlus leidnud kinnituse (haiguse esinemise kahtlus) ning tuleb jätkata analüüside tegemist vastavalt metoodikale. Kui teine sõelkatse on negatiivne, ei peeta proovi bakteriga nakatunuks.

Seetõttu on artikli 4 lõikes 2 osutatud positiivne IF-analüüs määratletud teises sõelkatses (PCR/FISH) kinnitust leidnud positiivse IF-tulemuse kaudu.

Direktiivi 93/85/EMÜ artikli 5 lõikes 1 osutatud kinnitatud organismi olemasolu tähendab bakteri C. m. subsp. sepedonicus puhaskultuuri isoleerimist ja identifitseerimist koos patogeensuse kinnitusega.

1.   PROTSESSI TUTVUSTUS DIAGRAMMINA

1.1.   avastusmetoodika ringmädaniku diagnoosimiseks ringmädaniku sümptomitega kartulimugulates ja -taimedes

Analüüsimetoodika on ette nähtud kartulimugulate ja -taimede puhul, millel esinevad tüüpilised või kahtlased ringmädaniku sümptomid. Siia kuuluvad kiiranalüüs, saastunud juhtkoest patogeeni isoleerimine diagnostilisele söötmele ja positiivse tulemuse korral bakterikultuuri C. m. subsp. sepedonicus kindlaksmääramine.

ringmädaniku kahtlusega kartulimugul(ad)või kartulitaim(ed) (1)DIAGNOSTILISED KIIRTESTID (2)PEAMINE ISOLEERIMISTEST (3)tüüpilise morfoloogiaga kolooniad (4)bakterit C.m. subsp. sepedonicus ei avastatudproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusEI (5)JAHpuhastatakse üldsöötmele taaskülvamisegaIDENTIFITSEERIMISTESTID (6)PATOGEENSUSTEST (7)mõlemad testid kinnitavad, et puhaskultuur onC.m. subsp. sepedonicusproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusEIJAHproov on nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicus(1)Sümptomite kirjeldus on esitatud punktis 2.(2)Asjakohased analüüsid on järgmised:IF-analüüs (punkt 4),PCR-analüüs (punkt 6),FISH-analüüs (punkt 5).(3)Kuigi esmaseks sammuks on tüüpiliste sümptomitega taimsest materjalist haigusetekitaja isoleerimine kasvusöötmeplaatidele, võib selline kultiveerimine ebaõnnestuda infektsiooni edasiarenenud faaside korral. Saprofüütsed bakterid, mis kasvavad haigestunud kudedel, võivad isoleerimissöötmel haigusetekitaja kasvu maha suruda. Seetõttu on soovitav kasutada nii mitteselektiiv- kui selektiivsöödet, eelistatavalt MTNAd (punkt 8) või biotesti (punkt 7).(4)Tüüpilise koloonia morfoloogia kirjeldus on esitatud punktis 8.(5)Kui bakteri isoleerimine annab negatiivse tulemuse, kuid haiguse sümptomid on tüüpilised, tuleb isoleerimist korrata.(6)Bakteri C. m. subsp. sepedonicus puhaskultuuri saab usaldusväärselt kindlaks määrata, kasutades punktis 9 loetletud analüüse.(7)Patogeensusanalüüsi on kirjeldatud punktis 10.

1.2.   Bakteri Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus asümptomaatiliste kartulimugulate proovides avastamise ja kindlaksmääramise metoodika

Põhimõte

Analüüsimeetod on mõeldud latentsete nakkuste avastamiseks kartulimugulates. Erinevatel bioloogilistel põhimõtetel põhineva vähemalt kahe sõelkatse positiivse tulemuse korral tuleb patogeen isoleerida; kui isoleeritakse tüüpilised kolooniad, peab järgnema bakteri C. m. subsp. sepedonicus puhaskultuuri kindlaksmääramine. Ainult ühe sõelkatse positiivsest tulemusest ei piisa selleks, et lugeda proov kahtlaseks.

Sõelkatsed ja isolatsioonianalüüsid peavad võimaldama avastada 103 kuni 104 rakku resuspendeeritud bakterisademe milliliitri kohta, mis kuuluvad positiivse kontrollina igasse analüüsiseeriasse.

kartulimugulate proov (1)patogeeni ekstraheerimine ja kontsentreerimine (2)PEAMISED SÕELKATSED (3)IF-test (4)/PCR-test (5)/FISH-test (6)esimene sõelkatse (3)bakterit C.m. subsp. sepedonicusei avastatudproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusnegatiivnepositiivneteine sõelkatse (3)bakterit C.m. subsp. sepedonicusei avastatudproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusnegatiivnepositiivneselektiivne isoleerimine (7) ja biotest (8)tüüpilise morfoloogiaga kolooniad (9)bakterit C.m. subsp. sepedonicusei avastatudproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusEI (10)JAHpuhastatakse üldsöötmele taaskülvamisegaIDENTIFITSEERIMISTESTID (11)PATOGEENSUSTEST (12)mõlemad testid kinnitavad, et puhaskultuur onC.m. subsp. sepedonicusproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusEIJAHproov on nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicus

(1)Standardproovi suurus on 200 mugulat, kuid meetodit saab kasutada väiksema prooviga, kui 200 mugulat ei ole.(2)Patogeeni eraldamise ja kontsentreerimise meetodeid on kirjeldatud punktis 3.1.(3)Kui erinevatel bioloogilistel põhimõtetel põhinevad vähemalt kaks analüüsi annavad positiivse tulemuse, tuleb bakter isoleerida ja kinnitada. Tehakse vähemalt üks sõelkatse. Kui selle katse tulemus on negatiivne, loetakse proov negatiivseks. Kui selle katse tulemus on positiivne, tuleb teha üks või mitu erinevatel bioloogilistel põhimõtetel põhinevat sõelkatset esimese positiivse tulemuse tõendamiseks. Kui teise või järgmiste katsete tulemused on negatiivsed, loetakse proov negatiivseks. Täiendavad analüüse ei ole vaja teha.(4)Immunofluorestsentsanalüüs (IF).IF-sõelkatses kasutatakse alati polükloonilist antikeha, monokloonilised lisaantikehad võivad anda konkreetsema tulemuse (vt punkti 4).(5)PCR-analüüs.Kasutatakse nõuetekohaselt valideeritud PCR-reaktiive ja -protokolle (vt punkti 6).(6)FISH-analüüs.Kasutatakse valideeritud reaktiive ja protokolle (vt punkti 5).(7)Selektiivne isoleerimine.MTNA-kasvusöötme või NCP-88-kasvusöötme ja 1/100 lahjendatud resuspendeeritud bakterisademe kasutamisel võib see paljudel juhtudel olla sobiv meetod bakteri C. m. subsp. sepedonicus otseseks eraldamiseks. Tüüpilised kolooniad võivad ilmuda 3–10 päeva möödumisel külvamisest. Seejärel saab patogeeni puhastada ja kindlaks määrata. Selle analüüsi kogu potentsiaali kasutamiseks tuleb väga hoolikalt eemaldada kartulitelt basaalse tipu südamikud, et vältida kartulimugulates sekundaarseid baktereid, mis on bakteri C. m. subsp. sepedonicus konkurendid kasvusöötmel ning võivad mõjutada haigusetekitaja kasvu. Kui see analüüs ei õnnestu, tuleb bakterid eraldada biotestiks kasutatavatest taimedest (vt punkti 8).(8)Biotesti kasutatakse bakteri C. m. subsp. sepedonicus isoleerimiseks kartuliekstrakti bakterisademest selektiivse rikastamise teel baklažaanides (Solanum melongena). Katse tegemiseks on vaja käesolevas meetodis määratletud optimaalseid kasvutingimusi. Seda katset ei mõjuta tõenäoliselt bakterid, mis inhibeerivad bakterit C. m. subsp. sepedonicus MTNA- või NCP-88-kasvusöötmel (vt punkti 7).(9)Tüüpilise koloonia morfoloogia kirjeldus on esitatud punktis 8.(10)Saprofüütbakterid võivad olla konkurendiks või inhibiitoriks ja selle tõttu võib kasvatamine või biotest ebaõnnestuda. Kui sõelkatsed on andnud positiivseid tulemusi, kuid isoleerimisanalüüsid on negatiivsed, korratakse isoleerimisanalüüse sama bakterisademega või võetakse lisaks sama proovi lõigatud mugulate basaalse tipu juurest juhtkudet ning vajaduse korral tehakse analüüse lisaproovidega.(11)Bakteri C. m. subsp. sepedonicus eeldatava puhaskultuuri saab usaldusväärselt kindlaks määrata, kasutades punktis 9 kirjeldatud analüüse.(12)Patogeensusanalüüsi on kirjeldatud punktis 10.

1.3.   haigusetekitaja Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus asümptomaatiliste kartulitaimede proovides avastamise ja kindlaksmääramise metoodika

varreosade proov (1)patogeeni ekstraheerimine ja kontsentreerimine (2)PEAMISED SÕELKATSED (3)selektiivne isoleerimine (4)/IF-test (5)/PCR-test (6)/FISH-test (7)valikuline täiendav test : biotest (8)tüüpilise morfoloogiaga kolooniad (4) pärast isoleerimistkõik tehtud testid negatiivsedEI (9)JAHbakterit C.m. subsp. sepedonicusei avastatudproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusmõlemad testid kinnitavad,et puhaskultuur onC.m. subsp. sepedonicusIDENTIFITSEERIMISTESTID (10)PATOGEENSUSTEST (11)puhastatakse üldsöötmele taaskülvamisegaEIJAHproov ei ole nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicusproov on nakatunud bakterigaC.m. subsp. sepedonicus

(1)Soovitatavad proovide suurused on punktis 3.2.(2)Patogeeni ekstraheerimise ja kontsentreerimise meetodeid on kirjeldatud punktis 3.2.(3)Kui vähemalt kaks erinevatel bioloogilistel põhimõtetel põhinevat analüüsi annavad positiivse tulemuse, tuleb bakter isoleerida ja kinnitada.Tehakse vähemalt üks sõelkatse. Kui selle katse tulemus on negatiivne, loetakse proov negatiivseks. Kui selle katse tulemus on positiivne, tuleb teha üks või mitu erinevatel bioloogilistel põhimõtetel põhinevat sõelkatset esimese positiivse tulemuse tõendamiseks. Kui teise või järgmiste katsete tulemused on negatiivsed, loetakse proov negatiivseks. Täiendavad analüüse ei ole vaja teha.(4)Selektiivset isoleerimisanalüüsi ja tüüpilise koloonia morfoloogiat on kirjeldatud punktis 8.(5)IF-analüüsi on kirjeldatud punktis 4.(6)PCR-analüüsi on kirjeldatud punktis 6.(7)FISH-analüüsi on kirjeldatud punktis 5.(8)Biotesti on kirjeldatud punktis 7.(9)Saprofüütbakterid võivad olla konkurendiks või inhibiitoriks ja selle tõttu võib kasvatamine või biotest ebaõnnestuda. Kui sõelkatsetega saadakse positiivseid tulemusi, kuid isoleerimisanalüüsid on negatiivsed, korratakse isoleerimisanalüüse ja vajaduse korral tehakse neid lisaproovidega.(10)Bakteri C. m. subsp. sepedonicus eeldatava puhaskultuuri saab usaldusväärselt kindlaks määrata, kasutades punktis 9 kirjeldatud analüüse.(11)Patogeensusanalüüsi on kirjeldatud punktis 10.

2.   RINGMÄDANIKU SÜMPTOMITE VISUAALNE KONTROLL

2.1.   Kartulitaimed

Euroopa kliimatingimustes leitakse sümptomeid põllul harva, tihti ilmnevad need alles hooaja lõpus. Lisaks sellele takistavad sageli sümptomite äratundmist muud haigused, lehtede vananemine või mehhaanilised vigastused. Seetõttu võivad sümptomid põllu kontrollimisel kergesti märkamata jääda. Närbumissümptomid on pruunmädaniku närbumissümptomitest väga erinevad; närbumine on tavaliselt aeglane ja piirdub alguses leheservadega. Noored nakatunud lehed kasvavad sageli edasi, kuid kasv on nakatunud leheosas aeglasem. Selle tulemusel on lehe kuju ebakorrapärane. Varre alaosas olevatel lehtedel, mida mõjutab varre juhtkudede sulgumine, on leheroodude vaheline ala sageli klorootiline, värvusega kollasest oranžini. Nakatunud lehekesed, lehed ja isegi varred võivad hävida. Lehed ja mugulad on sageli lihtsalt väiksemad. Mõnikord taimed känguvad. Paljude sümptomite värvilised pildid on veebilehel http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.

2.2.   Kartulimugulad

Esimesed sümptomid on koe kerge klaasistumine või poolläbipaistvus ilma pehmenemiseta juhtkoe ümbruses, eriti basaalse tipu lähedal. Juhtkoering basaalses tipus võib olla veidi tumedama värvusega kui tavaliselt. Esimene kindlalt identifitseeritav sümptom on see, kui juhtkoering on kollaka värvusega ning kui mugula kergel pigistamisel ilmuvad soontest juustulaadse aine sambad. See eritis sisaldab miljoneid baktereid. Juhtkude võib muutuda pruunikaks ning selles etapis sarnanevad sümptomid mugulal pruunmädaniku sümptomitega, mida põhjustab Ralstonia solanacearum. Esialgu võivad need sümptomid olla üksnes ühes juhtkoeringi osas ning ei pruugi olla basaalse tipu lähedal ning võivad järk-järgult laieneda kogu ringile. Haiguse süvenedes juhtkude hävib; koore välimine osa võib eralduda sisemisest. Haiguse lõppjärgus ilmuvad mugula pinnale praod, mis on sageli äärtest punakaspruunid. Hiljuti on Euroopas olnud mitu juhtumit, kus koore keskosa mädaneb juhtkoeringiga üheaegselt, mille tulemuseks on sekundaarne invasioon koos sisemuse õõnsaks muutumise ja nekroosiga. Sekundaarse seenhaiguse või bakteri levik võib sümptomeid varjata ning lõppjärgus võib olla raske või isegi võimatu eristada ringmädaniku sümptomeid teistest mugulamädanikest. Võib esineda ebatüüpilisi sümptomeid. Paljude sümptomite värvilised pildid on veebilehel http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.

3.   PROOVI ETTEVALMISTAMINE

3.1.   kartulimugulad

Märkus:

 Standardproovi suurus on 200 mugulat analüüsi kohta. Intensiivsem proovivõtmine eeldab rohkem analüüse, kuid proovi suurus jääb samaks. Suurem mugulate arv proovis põhjustab tulemuste inhibeerimise või nende tõlgendamise keerukuse. Siiski saab meetodit kasutada ka alla 200 mugulaga proovi puhul, kui rohkem mugulaid ei ole.

 Kõigi allpool kirjeldatud avastamismeetodite valideerimine põhineb analüüsidel, mis on tehtud 200 mugulast koosneva prooviga.

 Allpool kirjeldatud kartuliekstrakti saab kasutada ka kartuli pruun-baktermädaniku bakteri Ralstonia solanacearum avastamiseks.

Vabatahtlik eeltöötlemine enne proovi valmistamist:

Mugulad pestakse. Iga proovi järel kasutatakse kohaseid desinfektsioonivahendeid (klooriühendeid, kui kasutatakse PCR-analüüsi, et eemaldada võimalik patogeenne DNA) ja pesuaineid. Mugulad kuivatatakse õhu käes. Eriti on pesemine kasulik (kuid mitte kohustuslik) nende proovide puhul, millel on liiga palju mulda, ning kui tehakse PCR-analüüsi või bakterite otsest isoleerimist.

3.1.1.

Puhta ja desinfitseeritud skalpelli või juurviljanoa abil eemaldatakse koor mugula basaalse tipu juurest nii, et juhtkude tuleb nähtavale. Basaalse tipu juures lõigatakse väike juhtkoe südamik ettevaatlikult välja nii, et muid kudesid tuleks kaasa võimalikult vähe (vt veebilehekülge http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).

Märkus:

Iga kahtlaste ringmädaniku sümptomitega mugul pannakse kõrvale ja analüüsitakse eraldi.

Kui basaalse tipusüdamiku eemaldamisel ilmneb kahtlaseid sümptomeid, tuleks teha selle mugula visuaalne kontroll pärast mugula lõikamist basaalse tipu juurest. Kõiki kahtlaste sümptomitega lõigatud mugulaid tuleks hoida korgistumiseks vähemalt kaks päeva toatemperatuuril ning seejärel säilitada jahutatud mugulad (4–10 °C) kohastes karantiinitingimustes, kuni kõik analüüsid on tehtud. Kõiki proovideks võetud mugulaid (sealhulgas kahtlaste sümptomitega mugulad) tuleks säilitada vastavalt II lisale.

3.1.2.

Basaalsed tipusüdamikud kogutakse kasutamata ühekordse kasutusega mahutitesse, mida saab sulgeda ja/või pitseerida (kui mahuteid kasutatakse uuesti, tuleks need põhjalikult puhastada ja desinfitseerida, kasutades klooriühendeid). Eelistatult tuleks eemaldatud basaalseid tipusüdamikke töödelda kohe. Kui see ei ole võimalik, hoitakse neid mahutis puhvrit lisamata, jahutatult mitte üle 72 tunni või toatemperatuuril mitte üle 24 tunni. Ringmädaniku bakteri avastamist võivad takistada südamike kuivamine ja korgistumine ning saprofüütide kasv ladustamise ajal.

3.1.3.

Basaalseid tipusüdamikke töödeldakse, kasutades ühte järgmistest meetoditest.

a) Südamikud kaetakse piisava koguse (umbes 40 ml) ekstraktsioonipuhvriga (3. liide) ja segatakse pöörleval loksutil (50–100 pööret minutis) 4 tundi alla 24 °C juures või 16–24 tundi külmutatult.

b) Südamikud homogeenitakse piisava koguse (umbes 40 ml) ekstraktsioonipuhvriga (3. liide) kas segistis (näiteks Waring või Ultra Thurax) või purustatakse need suletud ühekordse kasutusega matseratsioonikotis (näiteks Stomacheri või Bioreba tugev kilekott mõõtudega 150 mm × 250 mm; kiirgussteriilne), kasutades kummivasarat või sobivat peenestusseadet (näiteks Homex).

Märkus:

Kui proovid homogeenitakse segistis, on suur proovide ristsaastumise oht. Võetakse ettevaatusabinõusid, et vältida aerosooli tekkimist või proovi lekkimist ekstraktsiooni käigus. Tagatakse äsja steriliseeritud segistiterade ja -anumate kasutamine iga proovi korral. Kui kasutatakse PCR-analüüsi, välditakse DNA ülekandumist mahutites või peenestusseadmes. PCR-analüüsi tegemisel on soovitav purustada ühekordse kasutusega kottides ja kasutada ühekordse kasutusega katseklaase.

3.1.4.

Supernatant dekanteeritakse. Kui lahus on liiga hägune, selitatakse see madalal kiirusel tsentrifuugides (mitte üle 180 g 10 minuti jooksul temperatuuril 4–10 °C) või vaakumfiltreerimisega (40–100 µm), pestes filtrit (10 ml) täiendava ekstraktsioonipuhvriga (3. liide).

3.1.5.

Bakterifraktsioon kontsentreeritakse, tsentrifuugides 7 000 g juures 15 minutit (või 10 000 g juures 10 minutit) temperatuuril 4–10 °C ning supernatant eemaldatakse bakterisadet segamata.

3.1.6.

Bakterisade resuspendeeritakse 1,5 ml bakterisademe puhvris (3. liide). Bakteri C. m. subsp. sepedonicus analüüsiks kasutatakse 500 µl, bakteri Ralstonia solanacearum analüüsiks 500 µl ja võrdluseesmärgil 500 µl. 500 µl võrdlusalikvoodile ja ülejäänud analüüsialikvoodile lisatakse steriilset glütserooli lõppkontsentratsiooni 10–25 % (v/v) saamiseks, loksutatakse ja säilitatakse temperatuuril 16 kuni 24 °C (nädalaid) või 68 kuni 86 °C (kuid). Analüüside tegemise ajal hoitakse analüüsialikvoote 4–10 °C juures.

Korduv külmutamine ja sulatamine ei ole soovitatav.

Kui ekstrakti tuleb transportida, tuleb seda teha külmkastis 24–48 tunni jooksul.

3.1.7.

Kõiki bakteri C. m. subsp. sepedonicum positiivseid kontrolle ja proove käsitletakse eraldi, et vältida saastumist. Seda järgitakse IF-objektiklaaside ja kõigi analüüside korral.

3.2.   Kartulitaimed

Märkus:

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus latentsete populatsioonide avastamiseks on soovitav kasutada liitproove. Meetodit saab mugavalt kasutada kuni 200 varreosast koosnevate liitproovide puhul. (Seirete läbiviimisel peaksid seired põhinema uuritavat taimepopulatsiooni statistiliselt esindaval proovil.)

3.2.1.

Iga varre alaosast, maapinna kohalt, eemaldatakse desinfitseeritud noa või oksakääridega 1–2 cm pikkune osa.

Varreosad desinfitseeritakse kergelt 70 % etanooliga ja kuivatakse kohe kuivatuspaberiga.

Varreosad kogutakse suletud steriilsesse mahutisse järgmise proovivõtumenetluse kohaselt.

3.2.2.

Varreosasid töödeldakse, kasutades ühte järgmistest meetoditest.

a) Varreosad kaetakse piisava koguse (umbes 40 ml) ekstraktsioonipuhvriga (3. liide) ja segatakse pöörleval loksutil (50–100 pööret minutis) 4 tundi alla 24 °C juures või 16–24 tundi külmutatult.

b) Töödeldakse kohe, purustades osad tugevas matseratsioonikotis (näiteks Stomacher või Bioreba) koos sobiva koguse ekstraktsioonipuhvriga (3. liide) kas kummivasara või kohase peenestusseadmega (näiteks Homex). Kui see ei ole võimalik, säilitatakse varreosasid jahutatult mitte üle 72 tunni või toatemperatuuril mitte üle 24 tunni.

3.2.3.

Kui lahus on seisnud 15 minutit, dekanteeritakse supernatant.

3.2.4.

Ekstrakti täiendavat selitamist või bakterifraktsiooni kontsentreerimist tavaliselt ei nõuta, kuid seda võib teha, filtreerides või tsentrifuugides vastavalt punktidele 3.1.4–3.1.6.

3.2.5.

Lahjendamata või kontsentreeritud proov jagatakse kahte võrdsesse ossa. Ühte osa säilitatakse 4–10 °C juures analüüside tegemise ajal ja teist osa 10–25 % (v/v) steriilse glütserooliga temperatuuril 16 kuni 24 °C (nädalaid) või 68 kuni 86 °C (kuid) juhuks, kui on vaja teha täiendavaid analüüse.

4.   IF-ANALÜÜS

Põhimõte

IF-analüüsi tegemist peamise sõelkatsena soovitatakse sellepärast, et see annab stabiilseid tulemusi nõutavate piirväärtuste raames.

Kui peamise sõelkatsena kasutatakse IF-analüüsi ja IF-tulemus on positiivne, tuleb teise sõelkatsena teha PCR- või FISH-analüüs. Kui IF-analüüsi kasutatakse teise sõelkatsena ja IF-tulemus on positiivne, tuleb analüüsi lõpuleviimiseks teha vastavalt diagrammile täiendavaid analüüse.

Märkus:

Kui peamise sõelkatsena kasutatakse IF-analüüsi, kasutatakse alati polükloonset antikeha. Positiivse IF-tulemuse korral polükloonse antikehaga võib proovi täiendav analüüsimine monokloonse antikehaga anda täpsemaid tulemusi, kuid need võivad olla vähem tundlikud.

Kasutatakse bakteri C. m. subsp. sepedonicus referenttüve antikehasid. On soovitav määrata iga uue antikehapartii tiiter. Tiiter on kõrgeima kontsentratsiooniga lahus, mille juures toimub optimaalne reaktsioon, kui tehakse analüüsi suspensiooniga, mis sisaldab 105 kuni 106 bakteri C. m. subsp. sepedonicus homoloogse tüve rakku milliliitris, ja kasutatakse kohast fluorestseiinisotiotsüanaadi (FITC) konjugaati vastavalt tootja soovitustele. Lahjendamata polükloonsete või monokloonsete antikehade IF-tiiter peaks olema vähemalt 1: 2 000. Analüüside käigus tuleks kasutada antikehade töölahjendust (töölahjendusi), mis on tiitri lähedal või sellega võrdsed. Kasutatakse valideeritud antikehasid (vt veebilehekülge http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).

Analüüs tuleks teha äsja valmistatud prooviekstraktidega. Vajaduse korral saab seda edukalt teha ekstraktidega, mida on säilitatud 68 kuni 86 °C juures glütserooli all. Glütserooli saab proovist eemaldada nii, et lisatakse 1 ml bakterisademe puhvrit (4. liide), tsentrifuugitakse uuesti 15 minutit 7 000 g juures ja resuspendeeritakse bakterisademe puhvriga võrdesse mahtu. Seda ei ole tihti tarvis, eriti siis, kui proovid fikseeritakse objektiklaasidele, kuumutades klaase läbi leegi (vt punkti 2.2).

Valmistatakse vastavalt 2. liitele kartuliekstraktis ja soovi korral puhvris suspendeeritud bakteri C. m. subsp. sepedonicus homoloogse tüve või mis tahes muu referenttüve eraldi positiivsed kontrollobjektiklaasid.

Võimaluse korral tuleks kasutada looduslikult nakatunud kudet (mida on säilitatud lüofiliseerituna või külmutatuna 16 kuni 24 °C juures) samalaadseks kontrolliks samal objektiklaasil.

Negatiivsete kontrollidena kasutatakse sama proovi alikvoote, mis andsid varem negatiivse tulemuse.

Kasutatakse mitmeaknalisi mikroskoobi objektiklaase, millel on eelistatult kümme vähemalt 6 mm läbimõõduga aknavälja.

Kontrollmaterjali analüüsitakse samamoodi kui proovi (proove).

4.1.

Valmistatakse ette objektiklaasid, kasutades üht järgmistest meetoditest.

i) Bakterisademete puhul, mille tärklisesade on suhteliselt väike:

Pipetitakse standardne kogus (6 mm läbimõõduga aknavälja jaoks on piisav kogus 15 µl, suuremate aknaväljade puhul suurendatakse kogust) resuspendeeritud kartuli bakterisademe 1/100 lahjendust esimesele aknale. Seejärel pipetitakse samasugune kogus lahjendamata bakterisadet (1/1) rea ülejäänud akendele. Teist rida võib kasutada duplikaadina või teise proovi jaoks, nagu on näidatud joonisel 1.

ii) Muude bakterisademete korral:

Resuspendeeritud bakterisademest valmistatakse kümnekordsed lahjendused (1/10 ja 1/100) kartulisademe puhvrisse. Pipetitakse standardne kogus (6 mm läbimõõduga aknavälja jaoks on piisav kogus 15 µl, suuremate aknaväljade puhul suurendatakse kogust) resuspendeeritud bakterisadet ja iga lahjendust aknaväljade reale. Teist rida võib kasutada duplikaadina või teise proovi jaoks, nagu on näidatud joonisel 2.

4.2.

Piisad kuivatakse ümbritseva õhu temperatuuril või neid soojendades temperatuuril 40–45 °C. Bakterirakud fikseeritakse objektiklaasile kuumutades (15 minutit 60 °C juures), läbi leegi tõmmates, 95 % etanooliga või vastavalt antikehade tarnijate konkreetsetele juhistele.

Vajaduse korral võib fikseeritud objektiklaase säilitada külmutatult kuivatusainet sisaldavas karbis võimalikult vähe aega (kuni kolm kuud) enne järgmist analüüsi.

4.3.

IF-meetod

i) Vastavalt punkti 4.1 alapunktis i kirjeldatud objektiklaasi valmistamisele:

valmistatakse rida kahekordseid antikehade lahjendusi IF-puhvris. Esimeses augus peaks olema 1/2 tiitrist (T/2), teistes 1/4 tiitrist (T/4), 1/2 tiitrist (T/2), tiiter (T) ja kahekordne tiiter (2T).

ii) Vastavalt punkti 4.1 alapunktis ii kirjeldatud objektiklaasi valmistamisele:

valmistatakse antikehade töölahjendus IF-puhvris. Töölahjendus mõjutab spetsiifilisust.



Joonis 1.  Analüüsi objektiklaaside valmistamine vastavalt punkti 4.1 alapunktile i ja punkti 4.3 alapunktile i.

 

Resuspendeeritud bakterisademe lahjendused

1/100

1/1

1/1

1/1

1/1

Resuspendeeritud bakterisademe lahjendus

(T = tiiter)

T/2

T/4

T/2

T

2T

Antiseerumi/anti-keha kahekordsed lahjendused

Proov 1

image

image

image

image

image

 

1

2

3

4

5

Proovi 1 duplikaat või proov 2

image

image

image

image

image

6

7

8

9

10



Joonis 2.  Analüüsi objektiklaaside valmistamine vastavalt punkti 4.1 alapunktile ii ja punkti 4.3 alapunktile ii.

 

Antiseerumi/antikeha töölahjendused

1/1

1/10

1/100

tühi

tühi

Resuspendeeritud bakterisademe kümnendlahjendused

Proov 1

image

image

image

image

image

 
 

1

2

3

4

5

Proovi 1 duplikaat või proov 2

image

image

image

image

image

6

7

8

9

10

4.3.1.

Objektiklaasid asetatakse niiskele paberile. Iga aknaväli kaetakse täielikult antikeha lahjendus(t)ega. Igale aknaväljale lisatud antikeha kogus peab olema vähemalt võrdne objektiklaasile lisatud ekstrakti kogusega.

Kui antikehade tarnijatelt ei ole konkreetseid juhiseid, tuleks kasutada järgmist meetodit.

4.3.2.

Objektiklaase inkubeeritakse niiskel paberil katte all 30 minutit ümbritseva õhu temperatuuril (18–25 °C).

4.3.3.

Igalt objektiklaasilt raputatakse piisad ära ja need loputatakse hoolikalt IF-puhvriga. Pestakse 5 minutit IF Tween-puhvris (3. liide) ning seejärel 5 minutit IF-puhvris. Välditakse aerosoolide tekkimist ja piiskade ülekandmist, mis võiks põhjustada ristsaastumise. Kuivatuspaberiga kergelt kuivatades eemaldatakse ettevaatlikult liigne niiskus.

4.3.4.

Objektiklaasid asetatakse niiskele paberile. Aknaväljad kaetakse FITC-konjugaadi lahjendusega, mida kasutati tiitri määramisel. Aknaväljadele lisatud konjugaadi kogus peab olema sama, mis on kasutatud antikeha kogus.

4.3.5.

Objektiklaase inkubeeritakse niiskel paberil katte all 30 minutit ümbritseva õhu temperatuuril (18–25 °C).

4.3.6.

Konjugaadi tilgad raputatakse objektiklaasilt maha. Loputatakse ja pestakse nagu eespool kirjeldatud (punkt 4.3.3).

Eemaldatakse ettevaatlikult liigne niiskus.

4.3.7.

Igasse aknavälja pipetitakse 5–10 µl 0,1 M fosfaatpuhverdatud glütserooli (3. liide) või müügil olevat fluorestseerumise tuhmumise vastast kattevedelikku ning objektiklaas kaetakse katteklaasiga.

4.4.

IF-analüüsi tulemused

4.4.1.

Objektiklaase vaadeldakse mikroskoobis, millele on paigaldatud epifluorestsentsvalgusallikas ja sobilikud filtrid tööks FITCga, ning kasutatakse õli- või vesiimmersiooni suurendusel 500 – 1 000 korda. Aknavälju vaadeldakse risti läbi kahe diameetri täisnurga suhtes ja ümber aknavälja välisääre. Proovide puhul, kus ei paista üldse või paistab ainult väga vähe rakke, vaadeldakse vähemalt 40 mikroskoobi vaatevälja.

Esialgu kontrollitakse positiivset kontrollobjektiklaasi. Rakud peavad eredalt fluorestseeruma ja olema täielikult värvunud kindlaksmääratud antikehade tiitris või töölahjenduses. Kui värvumine ei ole täielik, tuleb IF-analüüsi (punkt 4) korrata.

4.4.2.

Vaadeldakse bakteri C. m. subsp. sepedonicus iseloomuliku morfoloogiaga eredalt fluorestseeruvaid rakke objektiklaaside aknaväljades (vt veebilehekülge http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Fluorestseerumise intensiivsus peaks olema sama antikeha lahjenduse juures positiivse kontrolltüve fluorestseerumise intensiivsusega võrdne või sellest parem. Lõplikult värvumata või nõrgalt fluorestseeruvad rakud jäetakse kõrvale.

Mis tahes saastumiskahtluse korral tuleb analüüsi korrata. Näiteks siis, kui partii kõigil objektiklaasidel on positiivseid rakke puhvri saastumise tõttu või kui leitakse positiivseid rakke objektiklaasi pinnal (väljaspool aknavälju).

4.4.3.

Immunofluorestsentsanalüüsi spetsiifilisuse tõttu on mitmeid probleeme. Kartuli basaalse tipusüdamiku ja varreosa bakterisademetes ilmuvad tõenäoliselt ebatüüpilise morfoloogiaga fluorestseeruvate rakkude taustpopulatsioonid ning bakteriga C. m. ssp. sepedonicus sama suuruse ja morfoloogiaga ristuvalt reageerivad saprofüütbakterid.

4.4.4.

Arvesse võetakse ainult tüüpilise suuruse ja morfoloogiaga fluorestseeruvaid rakke punktis 4.3 esitatud antikeha tiitris või töölahjenduses.

4.4.5.

IF-tulemuste tõlgendamine:

i) Kui esineb morfoloogiliselt tüüpilisi eredalt fluorestseeruvaid rakke, määratakse keskmine tüüpiliste rakkude arv mikroskoobi vaatevälja kohta ja arvutatakse tüüpiliste rakkude arv (N) resuspendeeritud bakterisademe milliliitris (4. liide).

Proovi IF-tulemus on positiivne, kui seal on vähemalt 5 × 103 tüüpilist rakku resuspendeeritud bakterisademe milliliitris. Proovi loetakse saastumiskahtlusega prooviks ning tuleb teha lisaanalüüse.

ii) Proovi IF-tulemus on negatiivne, kui seal on alla 5 × 103 rakku resuspendeeritud bakterisademe milliliitris, ning proov loetakse negatiivseks. Lisaanalüüse ei ole vaja teha.

5.   FISH-ANALÜÜS

Põhimõte

Kui esimese sõelkatsena kasutatakse FISH-analüüsi ja tulemus on positiivne, tuleb teise kohustusliku sõelkatsena teha IF-analüüs. Kui FISH-analüüsi kasutatakse teise sõelkatsena ja tulemus on positiivne, tuleb lõpliku diagnoosi panemiseks teha vastavalt diagrammile täiendavaid analüüse.

Märkus:

Kasutatakse ainult valideeritud bakteri C. m. subsp. sepedonicus spetsiifilisi oligoproove (7. liide). Eelanalüüsid sellel meetodil peaksid võimaldama reprodutseeritavalt avastada varem negatiivse tulemuse andnud prooviekstraktidele lisatud vähemalt 103 kuni 104 bakteri C. m. subsp. sepedonicus rakku milliliitris.

Järgmist meetodit tuleks eelistatavalt kasutada äsja valmistatud prooviekstraktiga, kuid seda võib edukalt kasutada ka prooviekstraktiga, mida on säilitatud glütserooli all temperatuuril 16 kuni 24 °C või 68 kuni 86 °C.

Negatiivse kontrollina kasutatakse sama proovi alikvoote, mis andsid varem bakteri C. m. subsp. sepedonicus osas negatiivse tulemuse.

Positiivseteks kontrollideks valmistatakse 3–5 päeva vanusest kultuurist (valmistamist vt 2. liitest) bakteri C. m. subsp. sepedonicus (näiteks tüvi NCPPB 4053 või PD 406) suspensioonid, mis sisaldavad 105 kuni 106 rakku milliliitri kohta 0,01 M fosfaatpuhvris. Valmistatakse vastavalt 2. liitele kartuliekstraktis suspendeeritud bakteri C. m. subsp. sepedonicus homoloogse tüve või mis tahes muu referenttüve eraldi positiivsed kontrollobjektiklaasid.

FITC-värvainega konjugeeritud eubakteriaalsete oligoproovide kasutamine võimaldab kontrollida hübridisatsiooniprotsessi, sest see värvib kõik proovis olevad eubakterid.

Kontrollmaterjali analüüsitakse samamoodi kui proovi (proove).

5.1.   Kartuliekstrakti fikseerimine

Järgmine protokoll põhineb allikal Wullings et al., (1998).

5.1.1.

Valmistatakse kinnitilahus (vt 7. liidet).

5.1.2.

Igast prooviekstraktist pipetitakse 100 µl Eppendorfi topsi ja tsentrifuugitakse 8 minutit 7 000 g juures.

5.1.3.

Eemaldatakse supernatant ja bakterisade vedeldatakse 500 µl kinnitis, mis valmistati kuni 24 tundi varem. Loksutatakse vorteksil ja inkubeeritakse öö jooksul 4 °C juures.

Alternatiivseks kinnitiks on 96 % etanool. Selle kasutamiseks vedeldatakse punkti 5.1.2 bakterisade 50 µl 0,01 M fosfaatpuhvris ja 50 µl 96 % etanoolis. Loksutatakse vorteksil ja inkubeeritakse 4 °C juures vähemalt 30–60 minutit.

5.1.4.

Tsentrifuugitakse 8 minutit 7 000 g juures, eemaldatakse supernatant ja bakterisade resuspendeeritakse 75 µl 0,01 M fosfaatpuhvris (vt 3. liidet).

5.1.5.

Kinnitatud suspensioonidest tilgutatakse 16 µl puhtale mitmeaknalisele objektiklaasile vastavalt joonisele 3. Igale objektiklaasile pannakse kaks erinevat lahjendamata proovi ning 10 µl kasutatakse 1:100 lahjenduse tegemiseks (0,01 M fosfaatpuhvris). Ülejäänud proovilahust (49 µl), millele on eelnevalt lisatud üks maht 96 % etanooli, võib säilitada 20 °C juures Juhul kui FISH-analüüsi tuleb uuesti teha, eemaldatakse etanool tsentrifuugimise teel ja lisatakse sellega võrdne kogus 0,01 M fosfaatpuhvrit (loksutatakse vorteksil).



Joonis 3.  FISH-objektiklaasi joonis

Proov 1

Tühi

Tühi

Tühi

Proov 2

image

image

image

image

image

aknaväli 1

aknaväli 2

aknaväli 3

aknaväli 4

aknaväli 5

Proov 1

Tühi

Tühi

Tühi

Proov 2

image

image

image

image

image

aknaväli 6

aknaväli 7

aknaväli 8

aknaväli 9

aknaväli 10

Katteklaas 1

 

Katteklaas 2

5.1.6.

Objektiklaasid kuivatatakse õhu käes (või objektiklaaside kuivatis 37 °C juures) ja fikseeritakse, kuumutades klaase läbi leegi.

Selles etapis võib menetluse katkestada ja jätkata hübridiseerimist järgmisel päeval. Objektiklaase tuleb hoida tolmuvabas ja kuivas kohas toatemperatuuril.

5.2.   Eelhübridisatsioon ja hübridisatsioon

5.2.1.

Valmistatakse lüsosüümilahus, mis sisaldab 10 mg lüsosüümi (Sigma L-6876) 10 ml puhvris (100 mM Tris-HCl, 50 mM EDTA, pH 8,0). Lahust võib säilitada, kuid külmutada-sulatada tohiks seda vaid ühe korra. Iga proov kaetakse hoolikalt umbes 50 µl lüsosüümilahusega ja inkubeeritakse 10 minutit toatemperatuuril. Seejärel kastetakse objektiklaasid ainult ühe korra demineraliseeritud vette ja kuivatatakse filterpaberiga.

Lüsosüümi asemel võib igasse auku lisada 50 µl 40–100 µg ml–1 proteinaas K-d puhvris (20 mM Tris-HCl, 2mM CaCl2, pH 7,4) ja inkubeerida 37 °C juures 30 minutit.

5.2.2.

Rakud veetustatakse 50 %, 80 % ja 96 % etanooli reas, igas etapis 1 minut. Objektiklaasid kuivatatakse objektiklaaside hoidikul õhu käes.

5.2.3.

Valmistatakse ette niiske inkubatsioonikamber, kattes õhukindla kasti põhja kuivatus- või filterpaberiga, mis on kastetud 1x hybmix-lahusesse (7. liide). Kasti eelinkubeeritakse hübridisatsiooniahjus 55 °C juures vähemalt 10 minutit.

5.2.4.

Valmistatakse hübridisatsioonilahus (7. liide), 45 µl iga objektiklaasi kohta ning seda eelinkubeeritakse 5 minutit 55 °C juures.

5.2.5.

Objektiklaasid asetatakse 45 °C kuumutusplaadile ja lisatakse 10 µl hübridisatsioonilahust igasse nelja auku objektiklaasi(de)l.

5.2.6.

Igale objektiklaasile asetatakse kaks katteklaasi (24 × 24 mm) nii, et vahele ei jää õhku. Objektiklaasid pannakse eelsoojendatud niiskesse kambrisse ja hübridiseeritakse öö jooksul ahjus 55 °C juures pimedas.

5.2.7.

Valmistatakse ette kolm keeduklaasi, milles on 1 l ultrapuhast vett, 1 l 1x hybmix-lahust (334 ml 3x hybmix-lahust ja 666 ml ultrapuhast vett) ja 1 l 1/2x hybmix-lahust (167 ml 3x hybmix-lahust ja 833 ml ultrapuhast vett). Iga keeduklaasi eelinkubeeritakse veevannis 55 °C juures.

5.2.8.

Objektiklaasidelt eemaldatakse katteklaasid ja objektiklaasid pannakse objektiklaaside hoidikule.

5.2.9.

Ülemäärane oligoproov pestakse ära, inkubeerides 15 minutit 55 °C juures keeduklaasis, milles on 1x hybmix-lahus.

5.2.10.

Objektiklaaside alus pannakse 1/2 hybmix-pesulahusesse ja inkubeeritakse veel 15 minutit.

5.2.11.

Objektiklaasid kastetakse lühidalt ultrapuhtasse vette ja pannakse filterpaberile. Eemaldatakse liigne niiskus, kattes pinna õrnalt filterpaberiga. Igale aknaväljale pipetitakse 5–10 μl fluorestseerumise tuhmumise vastast kattevedelikku (näiteks Vectashield, Vecta Laboratories, CA, USA või samaväärne) ja üle terve objektiklaasi pannakse suur katteklaas (24 × 60 mm).

5.3.   FISH-analüüsi tulemused

5.3.1.

Objektiklaase vaadeldakse viivitamatult mikroskoobis, millele on paigaldatud epifluorestsentsvalgusallikas, ja kasutatakse õliimmersiooni suurendusel 630 või 1 000 korda. Fluorestseiinisotiotsüanaadile (FITC) sobiva filtriga värvuvad proovis olevad eubakterite rakud (sealhulgas enamik gramnegatiivseid rakke) fluorestseeruvroheliseks. Kasutades tetrametüülrodamiin-5-isotiotsüanaadile sobivat filtrit, paistavad bakteri C. m. subsp. sepedonicus Cy3-ga värvunud rakud fluorestseeruvpunastena. Raku morfoloogiat võrreldakse positiivsete kontrollidega. Rakud peavad eredalt fluorestseeruma ja olema täielikult värvunud. Kui fluorestseerumine ei ole täielik, tuleb FISH-analüüsi (punkt 9.4) korrata. Aknavälju vaadeldakse risti läbi kahe diameetri täisnurga suhtes ja ümber aknavälja välisääre. Proovide puhul, kus ei paista üldse või paistab ainult väga vähe rakke, vaadeldakse vähemalt 40 mikroskoobi vaatevälja.

5.3.2.

Vaadeldakse bakteri C. m. subsp. sepedonicus iseloomuliku morfoloogiaga eredalt fluorestseeruvaid rakke objektiklaaside aknaväljades (vt veebilehekülge http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Fluorestseerumise intensiivsus peab olema positiivse kontrolli fluorestseerumise intensiivsusega võrdne või sellest parem. Lõplikult värvumata või nõrgalt fluorestseeruvad rakud jäetakse kõrvale.

5.3.3.

Mis tahes saastumiskahtluse korral tuleb analüüsi korrata. Näiteks siis, kui partii kõigil objektiklaasidel on positiivseid rakke puhvri saastumise tõttu või kui leitakse positiivseid rakke objektiklaasi pinnal (väljaspool aknavälju).

5.3.4.

FISH-analüüsi spetsiifilisuse tõttu on mitmeid probleeme. Kartuli basaalse tipusüdamiku ja varreosa bakterisademetes võib esineda ebatüüpilise morfoloogiaga fluorestseeruvate rakkude taustpopulatsioone ning bakteriga C. m. subsp. sepedonicus sama suuruse ja morfoloogiaga ristuvalt reageerivaid saprofüütbaktereid, kuigi palju harvem kui IF-analüüsis.

5.3.5.

Arvesse võetakse üksnes tüüpilise suuruse ja morfoloogiaga fluorestseeruvaid rakke, vt punkti 5.3.2.

5.3.6.

FISH-analüüsi tulemuse tõlgendamine

i) FISH-analüüsi valiidsed tulemused saadakse siis, kui FITC-filtrit kasutades vaadeldakse bakterile C. m. subsp. sepedonicus omase suuruse ja tüüpilise morfoloogiaga ererohelisi fluorestseeruvaid rakke ja rodamiinfiltrit kasutades erepunaseid fluorestseeruvaid rakke kõigis positiivsetes kontrollides ja mitte üheski negatiivses kontrollis. Kui objektiklaasi aknaväljal esineb morfoloogiliselt tüüpilisi eredalt fluorestseeruvaid rakke, määratakse keskmine rakkude arv mikroskoobi vaatevälja kohta ja arvutatakse tüüpiliste rakkude arv (N) resuspendeeritud bakterisademe milliliitris (4. liide). Saastumiskahtlusega proovideks loetakse proove, milles on vähemalt 5 × 103 tüüpilist rakku resuspendeeritud bakterisademe milliliitris. Tuleb teha täiendavaid analüüse. Proove, milles on alla 5 × 103 tüüpilise raku resuspendeeritud bakterisademe milliliitris, loetakse negatiivseteks.

ii) FISH-analüüs on negatiivne siis, kui rodamiinfiltrit kasutades ei vaadelda bakterile C. m. subsp. sepedonicus omase suuruse ja tüüpilise morfoloogiaga erepunaseid fluorestseeruvaid rakke, tingimusel et rodamiinfiltrit kasutades vaadeldakse erepunaseid fluorestseeruvaid rakke positiivsete kontrollide preparaatides.

6.   PCR-ANALÜÜS

Põhimõtted

Kui peamise sõelkatsena kasutatakse PCR-analüüsi ja tulemus on positiivne, tuleb teise kohustusliku sõelkatsena teha IF-analüüs. Kui PCR-analüüsi kasutatakse teise sõelkatsena ja tulemus on positiivne, tuleb lõpliku diagnoosi panemiseks teha vastavalt diagrammile täiendavaid analüüse.

Selle meetodi kasutamist peamise sõelkatsena soovitatakse ainult siis, kui on olemas eriteadmised.

Märkus:

Eelanalüüsid sellel meetodil peaksid võimaldama reprodutseeritavalt avastada varem negatiivse tulemuse andnud prooviekstraktidele lisatud 103 kuni 104 bakteri C. m. subsp. sepedonicus rakku milliliitris. Maksimaalse tundlikkuse ja spetsiifilisuse saavutamiseks kõigis laborites võib olla vajalik teha optimeerimisanalüüse.

Kasutatakse valideeritud PCR-reaktiive ja -protokolle. Eelistatavalt valitakse sisekontrolliga meetod.

Proovi saastumise vältimiseks sihtmärk-DNAga kasutatakse kohaseid ettevaatusabinõusid. PCR-analüüsi peaksid tegema kogenud tehnikud spetsiaalsetes molekulaarbioloogia laborites, et minimeerida sihtmärk-DNAga saastumise võimalust.

Negatiivseid kontrolle (DNA ekstraheerimise ja PCR-protseduurid) tuleks alati käsitleda menetluses viimaste proovidena, et kontrollida, kas on toimunud DNA ülekandmist.

PCR-analüüsis peaksid olema järgmised negatiivsed kontrollid:

 prooviekstrakt, mis andis varem bakteri C. m. subsp. sepedonicus osas negatiivse tulemuse,

 kontrollpuhvrid, mida kasutati bakterite ja DNA eraldamisel proovist,

 PCR-reaktsioonisegu.

Tuleks kasutada järgmisi positiivseid kontrolle:

 resuspendeeritud bakterisademete alikvoodid, millele on lisatud bakterit C. m. subsp. sepedonicus (valmistamist vt 2. liitest),

 virulentsest isolaadist (näiteks NCPPB 2140 või NCPPB 4053) bakteri C. m. subsp. sepedonicus vesisuspensioon (106 rakku milliliitris),

 võimaluse korral kasutatakse PCR-analüüsis ka positiivsetest kontrollproovidest saadud DNAd.

Võimaliku saastumise vältimiseks valmistatakse positiivsed kontrollid analüüsitavatest proovidest eraldi keskkonnas.

Prooviekstraktid peaksid olema võimalikult mullavabad. Seepärast on teatavatel juhtudel soovitatav valmistada ekstraktid pestud kartulitest, kui soovitakse kasutada PCR-protokolle.

6.1.   DNA puhastamismeetodid

Kasutatakse eespool kirjeldatud positiivseid ja negatiivseid kontrollproove.

Kontrollmaterjal valmistatakse samamoodi kui proov (proovid).

Sihtmärk-DNA eraldamiseks komplekssetest prooviainetest on võimalik kasutada erinevaid meetodeid, mille käigus eemaldatakse PCRi inhibiitorid ja muud ensümaatilised reaktsioonid ning kontsentreeritakse prooviekstraktis sihtmärk-DNA.

Järgmist meetodit on optimeeritud 6. liites esitatud valideeritud PCR-meetodiga kasutamiseks.

6.1. a)   Pastriki (2000) meetod:

1. Pipetitakse 220 µl lüüsipuhvrit (100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl [pH 8,0], 1 mM EDTA [pH 8,0]) 1,5 ml Eppendorfi topsi.

2. Lisatakse 100 µl prooviekstrakti ja pannakse 10 minutiks kuumutusplokile või vesivanni 95 °C juures.

3. Tops pannakse 5 minutiks jääle.

4. Lisatakse 80 µl lüsosüümi põhilahust (50 mg lüsosüümi ml kohta 10 mM Tris HCl-is, pH 8,0) ja inkubeeritakse 30 minutit 37 °C juures.

5. Lisatakse 220 µl Easy DNA® lahust A (Invitrogen), segatakse hästi vorteksil ja inkubeeritakse 30 minutit 65 °C juures.

6. Lisatakse 100 µl Easy DNA® lahust A (Invitrogen), loksutatakse tugevalt vorteksil, kuni sade valgub topsis vabalt ja proov on ühtlaselt viskoosne.

7. Lisatakse 500 µl kloroformi ning loksutatakse vorteksil viskoossuse kadumiseni ja homogeense segu saamiseni.

8. Faaside eraldamiseks ja interfaasi moodustamiseks tsentrifuugitakse 15 000 g juures 20 minutit temperatuuril 4 °C.

9. Ülemine faas kantakse üle puhtasse Eppendorfi topsi.

10. Lisatakse 1 ml 100 % etanooli (20 °C), segatakse lühidalt ja inkubeeritakse jääl 10 minutit.

11. Tsentrifuugitakse 20 minutit 15 000 g juures temperatuuril 4 °C ja eemaldatakse etanool bakterisademest.

12. Lisatakse 500 µl 80 % etanooli (20 °C) ja segatakse, pöörates topsi põhjaga ülespoole.

13. Tsentrifuugitakse 10 minutit 15 000 g juures temperatuuril 4 °C, bakterisade hoitakse alles ja eemaldatakse etanool.

14. Bakterisademel lastakse kuivada õhu käes või DNA Speed Vac’i seadmes.

15. Bakterisade resuspendeeritakse 100 µl steriilses ultrapuhtas vees ja jäetakse toatemperatuuril seisma vähemalt 20 minutiks.

16. Säilitatakse 20 °C juures kuni PCR-analüüsi tegemiseni.

17. Igasugune valge sade tsentrifuugitakse alla ja kasutatakse 5 µl supernatanti, mis sisaldab DNAd PCR-analüüsi tarvis.

6.1. b)   Muud meetodid

Võib kasutada muid DNA ekstraheerimise meetodeid (näiteks Qiagen DNeasy Plant Kit), eeldusel et need sama tõhusalt puhastavad välja DNA kontrollproovidest, mis sisaldavad 103 kuni 104 patogeeni rakku milliliitris.

6.2.   PCR-analüüs

6.2.1.

Valmistatakse ette PCR-analüüsi analüüsi- ja kontrollmaatriksid vastavalt valideeritud protokollile (6. liide). Valmistatakse proovi DNA ekstrakti üks kümnendlahjendus (1:10 ultrapuhtas vees).

6.2.2.

Saastevabas keskkonnas valmistatakse kohane PCR-reaktsioonisegu vastavalt avaldatud protokollile (6. liide). Valideeritud PCR-protokoll on mitmeetapiline reaktsioon, milles sisaldub ka sisemine PCR-kontroll.

6.2.3.

Lisatakse 5 µl DNA ekstrakti 25 µl PCR-reaktsioonisegu kohta steriilsetes PCR-katseklaasides.

6.2.4.

Võetakse ainult PCR-reaktsioonisegu sisaldav negatiivne kontrollproov ja proovi kohta lisatakse sama ultrapuhast vett, mida kasutati PCR-segus.

6.2.5.

Katseklaasid pannakse samasse termotsüklerisse, mida kasutati eelanalüüsi tegemisel, ning see pannakse tööle kohaselt optimeeritud PCR-programmis (6. liide).

6.3.   PCR-produkti analüüs

6.3.1.

PCR-amplikonid eraldatakse elektroforeesil agaroosgeelis. Võetakse igast proovist vähemalt 12 µl amplifitseerunud DNA reaktsioonisegu, mis on segatud 3 µl täitepuhvriga (6. liide) 2,0 % (w/v) agaroosgeelis trisatsetaat-EDTA (TAE) puhvris (6. liide) 5–8 V/cm. Kasutatakse kohast DNA markerit, näiteks 100 aluspaari redel.

6.3.2.

DNA ribad tuuakse esile, värvides neid eetiumbromiidiga (0,5 mg liitris) 30–45 minutit, võttes kohaseid ettevaatusabinõusid selle mutageeni käitlemisel.

6.3.3.

Värvunud geeli vaadeldakse lühilaine ultraviolettvalgustusallikaga (näiteks λ = 302 nm) oodatava suurusega amplifitseeritud PCR-produktide (6. liide) leidmiseks ja need dokumenteeritakse.

6.3.4.

Kõigi uute leidude/juhtumite korral tõendatakse PCR-amplikoni usaldatavust ülejäänud amplifitseeritud DNA proovi restriktsiooniensüümi analüüsiga, inkubeerides optimaalsel temperatuuril ja aja jooksul kohase ensüümi ja puhvriga (vt 6. liidet). Lahustunud fragmendid eraldatakse elektroforeesil agaroosgeelis nagu varem ja vaadeldakse pärast värvimist eetiumbromiidiga ultraviolett-valgustusallikaga iseloomulikku restriktsioonifragmendi pilti ning võrreldakse seda lahustamata ja lahustunud positiivse kontrolliga.

PCR-analüüsi tulemuse tõlgendamine

PCR-analüüs on negatiivne, kui kõnealuses proovis ei avastata bakterile C. m. subsp. sepedonicus spetsiifilist oodatava suurusega PCR-amplikoni, kuid see avastatakse kõigis positiivse kontrolli proovides (mitmeetapilise PCR-produkti puhul, millel on taimele spetsiifilised sisekontrolli praimerid: oodatava suurusega teist PCR-produkti tuleb amplifitseerida kõnealuse prooviga).

PCR-analüüs on positiivne, kui avastatakse bakterile C. m. subsp. sepedonicus spetsiifiline oodatava suuruse ja restriktsioonipildiga (kui see on nõutav) PCR-amplikon, eeldusel et seda ei amplifitseeritud mõnest negatiivse kontrolli proovist. Positiivse tulemuse usaldusväärse kinnituse saab ka siis, kui analüüsi korratakse teiste PRC-praimeritega (punkt 9.3).

Märkus:

PCR inhibeerimist võib kahtlustada siis, kui oodatav amplikon saadakse positiivse kontrolli proovist, mis sisaldab bakterit C. m. subsp. sepedonicus vees, kuid negatiivseid tulemusi saadakse positiivsetest kontrollidest, mis sisaldavad bakterit C. m. subsp. sepedonicus kartuliekstraktis. Mitmekordsetes PCR-protokollides sisemiste PCR-kontrollidega viitab reaktsiooni inhibeerimisele see, kui ei saada kumbagi amplikoni.

Saastumist võib kahtlustada siis, kui oodatav amplikon saadakse ühest või mitmest negatiivsest kontrollist.

7.   BIOTEST

Märkus:

Eelanalüüsid sellel meetodil peaksid võimaldama reprodutseeritavalt avastada varem negatiivse tulemuse andnud prooviekstraktidele lisatud 103 kuni 104 bakteri C. m. subsp. sepedonicus kolooniat moodustavat üksust milliliitris (valmistamist vt 2. liitest).

Suurimat avastustundlikkust võib loota siis, kui kasutatakse äsja valmistatud prooviekstrakti ja optimaalseid kasvutingimusi. Meetodit saab siiski kasutada edukalt nende ekstraktidega, mida on säilitatud glütserooli all temperatuuril 68 kuni 86 °C.

Mõned baklažaanisordid on väga hea selektiivne rikastussööde bakteri C. m. subsp. sepedonicum kasvamiseks isegi sümptomite puudumisel ning ka peremeestaime kontrollanalüüsi jaoks.

Valede negatiivsete analüüsitulemuste riski vähendamiseks peaksid kasvutingimused olema optimaalsed.

Andmed kasvatamistingimuste kohta on 8. liites.

7.1.

Punktidest 3.1.6 või 3.2.5 järelejäänud resuspendeeritud bakterisademe kogu analüüsialikvoot jagatakse baklažaanide vahel ühel allpool kirjeldatud meetodil (punkt 7.3 või 7.4). Kasutatakse ainult neid taimi, mis on 2–3 lehe faasis kuni kolmanda pärislehe täieliku väljakasvamiseni. Selleks et tagada resuspendeeritud bakterisademe täielik ärakasutamine ning tõhus inokulatsioon, on allpool kirjeldatud menetlusteks vaja 15–25 baklažaani proovi kohta.

7.2.

Baklažaane ei kasteta 1–2 päeva enne inokulatsiooni, et vähendada raku siserõhku.

7.3.

Inokulatsioon sisselõike kaudu

7.3.1.

Taime kahe sõrme vahel hoides pipetitakse suspendeeritud bakterisademe tilk (ligikaudu 5–10 µl) varrele idulehtede ja esimese lehe vahele.

7.3.2.

Steriilse skalpelliga tehakse 1 cm pikkune diagonaalne sisselõige, mille sügavus on ligikaudu 2/3 varre paksusest, alustades sisselõiget bakterisademe tilga kohast.

7.3.3.

Sisselõige kaetakse süstla abil steriilse vaseliiniga.

7.4.

Inokulatsioon süstla abil

Baklažaanide varsi inokuleeritakse idulehtede kohalt hüpodermilise nõelaga süstlaga (vähemalt 23G). Proov jaotatakse baklažaanide vahel.

7.5.

Positiivsete kontrollidena inokuleeritakse sama inokulatsioonimeetodiga (punkt 7.3 või 7.4) viis taime bakteri C. m. subsp. sepedonicus teadaoleva kultuuri vesisuspensiooniga, milles on 105 kuni 106 rakku milliliitris, ja võimaluse korral looduslikul teel nakatunud mugula koega (vt punkti 4).

7.6.

Negatiivse kontrollina inokuleeritakse sama inokulatsioonimeetodiga (punkt 7.3 või 7.4) viis taime steriilse bakterisademe puhvriga.

7.7.

Taimi inkubeeritakse karantiiniruumides kuni neli nädalat temperatuuril 18–24 °C. Taimi inkubeeritakse piisava valguse ja suure niiskuse (70–80 %) juures ja neid kastetakse nii, et ära hoida ülekastmist või taimede närbumist veepuuduse tõttu. Bakteri C. m. sepedonicus rakud hävivad temperatuuril üle 30 °C ja optimaalne temperatuur on 21 °C. Saastumise vältimiseks inkubeeritakse positiivse kontrolli ja negatiivse kontrolli taimi selgelt eraldatud lavadel kasvuhoones või kasvukambris või, kui ruumi on vähe, tagatakse rangelt eraldi töötlemine. Kui erinevate proovide taimi tuleb inkubeerida lähestikku, eraldatakse need kohaste varjetega. Väetamisel, kastmisel, kontrollimisel ja mis tahes muude tegevuste juures pööratakse suurt tähelepanu ristsaastumise vältimisele. Oluline on puhastada kasvuhooned ja kasvukambrid kõigist putukkahjureist, sest need võivad kanda bakteri ühelt taimelt teisele.

7.8.

Sümptomeid kontrollitakse regulaarselt alates nädala möödumisest. Loetakse üle sümptomitega taimed. C. m. subsp. sepedonicum põhjustab baklažaani lehtede närbumist, mis võib alata leheservade või leheroodude vahelise osa lõtvusena. Närbunud kude võib alguses olla tumeroheline või laiguline, kuid muutub kahvatumaks enne suremist. Leheroodude-vahelise ala närbunud kohad on rasvase ja lödise välimusega. Surnud koel on sageli erekollane serv. Taimed ei pruugi hukkuda; mida pikem on periood enne sümptomite tekkimist, seda suurem on ellujäämise võimalus. Taimed võivad infektsioonist välja kasvada. Noored baklažaanid on palju vastuvõtlikumad bakteri C. m. subsp. sepedonicum väheste populatsioonide suhtes kui vanemad taimed, seepärast tuleb kasutada taimi 3. lehe faasis või vahetult enne seda.

Närbumist võivad põhjustada ka mugula koe bakterisademes olevate muude bakterite või seente populatsioonid. Need hõlmavad bakterite Ralstonia solanacearum, Erwinia carotovora subsp. carotovora ja E. carotovora subsp. atroseptica, Erwinia chrysanthemi, Phoma exigua var. foveata, samuti saprofüütbakterite ulatuslikke populatsioone. Eelkõige võib Erwinia chrysanthemi põhjustada lehesümptomeid ja närbumist, mis on väga sarnased bakteri C. m. sepedonicus sümptomitega. Ainus erinevus on varre tumenemine bakteri Erwinia chrysanthemi infektsioonide korral. Muid närbumisi on võimalik eristada bakteri C. sepedonicum põhjustatud närbumisest, sest kõik lehed või taimed närbuvad kiiresti. Võib teha ka värvimise Grami järgi: selle analüüsiga saab eristada baktereid C. m. subsp. sepedonicus ja Erwinia spp.

7.9.

Niipea kui baklažaanidel ilmnevad sümptomid, tuleks teha uus isoleerimine, kasutades närbunud lehekoe osasid või taimede varrekudet (vt koe leotamist punktis 3.1.3). Baklažaani lehed ja varred desinfitseeritakse pindmiselt, pühkides neid 70 % etanooliga. Baklažaanimahlaga tehakse IF- või PCR-analüüsi ning isoleeritakse sobivale (selektiivsele) söötmele (vt punkti 8). Võib teha ka värvimise Grami järgi (9. liide). Bakteri C. m. subsp. sepedonicus eeldatavad puhaskultuurid määratakse kindlaks ja kinnitatakse nende patogeensus (vt punkte 9 ja 10).

7.10.

Teatavatel tingimustel, eriti kui kasvutingimused ei ole optimaalsed, võib olla võimalik, et bakter C. m. subsp. sepedonicus eksisteerib varjatud nakkusena baklažaanis isegi pärast kuni nelja nädala pikkust inkubeerimist. Kui nelja nädala möödumisel sümptomeid ei ilmne, tehakse IF/PCR-analüüsid liitproovist, mis koosneb igalt katsetaimelt ülalpool inokulatsioonikohta võetud 1 cm varreosast. Kui analüüs on positiivne, tuleks teha uuesti isoleerimine sobival (selektiivsel) söötmel, kasutades punktis 8 kirjeldatud meetodit. Bakteri C. m. subsp. sepedonicus eeldatavad puhaskultuurid määratakse kindlaks ja kinnitatakse nende patogeensus (punktid 9 ja 10).

Biotesti tulemuse tõlgendamine

Valiidsed biotesti tulemused saadakse siis, kui positiivsetel kontrolltaimedel on tüüpilised sümptomid, nendest taimedest saab uuesti isoleerida bakterid ja negatiivsetel kontrolltaimedel ei leita sümptomeid.

Biotesti tulemus on negatiivne, kui katsetaimed ei ole saastunud bakteriga C. m. subsp. sepedonicus, tingimusel et bakterit C. m. subsp. sepedonicus on avastatud positiivsetes kontrollides.

Biotest on positiivne, kui katsetaimed on nakatunud bakteriga C. m. subsp. sepedonicus.

8.   BAKTERI C. M. SUBSP. SEPEDONICUS ISOLEERIMINE

Märkus:

Diagnoosi saab lõplikult panna ainult siis, kui bakter C. m. subsp. sepedonicus on isoleeritud, seejärel kindlaks määratud (vt punkti 9) ja kinnitatud patogeensusanalüüsiga (punkt 10). Kuigi C. m. subsp. sepedonicus on nõudlik organism, saab seda isoleerida sümptomaatilisest koest.

Siiski võivad bakterist C. m. subsp. sepedonicus üle kasvada kiiresti kasvavad saprofüütbakterid ning seega on raske isoleerida otse mugula koe bakterisademest (punkt 3.1.6 või 3.2.5). Bakteri C. m. subsp. sepedonicus otsene isoleerimine võib olla võimalik, kui kasutada selektiivsöödet ja kartuli basaalsetest tipusüdamikest või vartest saadud resuspendeeritud bakterisademe kohast lahjendust.

Isoleerimine tehakse kõigist sümptomitega kartulimugulatest või varreosadest ja baklažaanidest, millel ei ilmne sümptomeid, kuid mille liitproovi IF/PCR-analüüs oli positiivne (vt punkti 7.10). Baklažaanivarte leotamine tuleb vajaduse korral läbi viia vastavalt punktile 3.1.3.

Positiivsete kontrollidena valmistatakse ette kümnendlahjendused bakteri C. m. subsp. sepedonicus (näiteks NCPPB 4053 või PD 406) suspensioonist, milles on 106 kolooniaid moodustavat osakest milliliitris. Igasuguse saastumise vältimiseks valmistatakse positiivsed kontrollid analüüsitavatest proovidest täiesti eraldi.

Iga uuesti valmistatud selektiivsöötme partii kõlblikkust patogeeni kasvatamiseks tuleks enne tavaproovide analüüsimist kontrollida.

Kontrollainet analüüsitakse samamoodi kui proovi (proove).

8.1.   Selektiivsöötmele väljakülvamine

8.1.1.

Kartuli resuspendeeritud bakterisademe või baklažaani mahla 100 µl alikvoodist tehakse bakterisademe puhvris kümnekordsed lahjendused (3. liide).

8.1.2.

Kartuli lahjendamata bakterisademest isoleerimine tavaliselt ebaõnnestub, sest bakter C. m. subsp. sepedonicus on kasvutingimuste suhtes nõudlik ja saprofüüdid võistlevad sellega. Kuna bakter on tavaliselt suurte populatsioonidena nakatunud kudedes olemas, saab saprofüüdid tavaliselt välja lahjendada, kuid patogeen jääb alles. Seetõttu soovitatakse laiali külvata igast proovist 100 µl, 1/100 kuni 1/10 000 lahjendused MTNA-söötmele või NCP-88-söötmele (5. liide) (kui kasutatakse 90 mm diameetriga Petri tasse; muude tassisuuruste puhul kohandatakse kogust), kasutades spaatlit (hokikepikujulist) ja söötmeplaadile laialikülvamise meetodit.

Märkus:

Alternatiivseks võimaluseks on laiali külvata 100 µl esialgset kartuli bakterisademe alikvooti esimesele agariplaadile spaatliga ning seejärel viia spaatel teisele agariplaadile, tõmmates sellele spaatlile jäänud jäägid; lõpuks korratakse seda kolmandal plaadil ning lahjenduse laialikülvamine saavutatakse spaatliga.

8.1.3.

Tasse inkubeeritakse pimedas temperatuuril 21–23 °C.

8.1.4.

Tasside esmane uuring, võrreldes kontrolltassidega, tehakse kolme päeva möödumisel ja loetakse üle kõik bakteri C. m. subsp. sepedonicus sarnased kolooniad, seejärel loetakse kolooniad viie, seitsme ja lõpuks kümne päeva möödumisel.

8.2.   Kahtlaste kolooniate puhastamine

Märkus:

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus sarnased kolooniad tuleks ümber külvata YGM-söötmele baklažaanide inokuleerimiseks ja/või järgnevaks kindlaksmääramiseks; külvata tuleks enne seda, kui tassid kasvavad liiga täis, s.o eelistatavalt 3–5 päeva möödumisel.

8.2.1.

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus sarnased kolooniad kantakse ühele järgnevaist söötmeist (valemid on esitatud 5. liites):

glükoostoiteagar (üksnes subkultuuri jaoks),

pärmiekstraktiga glükoospeptoonagar,

pärmiekstrakti ja mineraalsooladega agar.

Inkubeeritakse 21–24 °C juures kuni kümme päeva.

C. m. subsp. sepedonicus kasvab aeglaselt, tekitades tavaliselt kümne päeva jooksul nööpnõelapeasuuruseid kreemjaid kuplikujulisi kolooniaid. Bakteri C. m. subsp. sepedonicus tüüpiliste kolooniate fotosid vt veebileheküljelt http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.

8.2.2.

Puhtuse saavutamiseks kanda uuesti.

Kasvumäärad paranevad subkultuuriga. Tüüpilised kolooniad on kreemjad või elevandiluuvärvi, mõnikord kollased, ümmargused, siledad, kõrgemad, kumera kupli kujuga, limased-vedelad, tervete servadega ning tavaliselt läbimõõduga 1–3 mm.

Lihtne värvimine Grami meetodil (9. liide) võib aidata pesade valimisel edasiste analüüside tegemiseks.

8.2.3.

Määratakse kindlaks eeldatavad kultuurid (vt punkti 9) ja tehakse patogeensusanalüüs (vt punkti 10).

9.   IDENTIFITSEERIMINE

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus eeldatavad puhaskultuurid määratakse kindlaks, kasutades vähemalt kahte järgmistest analüüsidest, mis põhinevad erinevatel bioloogilistel põhimõtetel.

Igasse tehtavasse analüüsi kaasatakse tuntud referenttüved, kui see on asjakohane.

9.1.   Toitumuslikud ja ensümaatilised identifitseerimisanalüüsid

Määratakse järgmised fenotüübilised omadused, mis esinevad või puuduvad bakteril C. m. subsp. sepedonicus, kasutades järgmistes allikates kirjeldatud meetodeid: Lelliott ja Stead (1987), Klement et al. (1990), Schaad (2001), anonüümne (1987).

Kõiki söötmeid tuleks inkubeerida 21 °C juures ja kontrollida kuue päeva pärast. Kui kasvu ei ole, inkubeeritakse kuni 20 päeva.

Kõigis analüüsides peab olema tuntud bakteri C. sepedonicum kontroll. Toite- ja füsioloogilised analüüsid tuleb teha, kasutades agarsöötme subkultuuride inokulaate. Glükoostoiteagari kultuuridelt tuleb teha morfoloogilisi võrdlusi.



Analüüsid

Oodatav tulemus

Oksüdatsiooni/fermentatsiooni katse

Inertne või nõrgalt oksüdatiivne

Oksüdaasi aktiivsus

Kasv 37 °C juures

Ureaasi aktiivsus

Eskuliini hüdrolüüs

+

Tärklise hüdrolüüs

puudub või nõrk

7 % NaCl taluvus

Indooli tekkimine

Katalaasi aktiivsus

+

H2S tekkimine

Tsitraadi kasutamine

Želatiini vedeldamine

Happe glütserool

Happe moodustumine laktoosist

puudub või nõrk

Happe moodustumine ramnoosist

Happe moodustumine salitsiinist

Värvimine Grami järgi (9. liide)

+

9.2.   IF-analüüs

a) Valmistatakse suspensioon, milles on umbes 106 rakku milliliitris IF-puhvris (3. liide).

b) Valmistatakse kohase antiseerumi kahekordsete lahjenduste rida.

c) Tehakse IF-analüüs (punkt 4).

d) IF-analüüsi tulemus on positiivne siis, kui kultuuri IF-tiiter võrdub positiivse kontrolli tiitriga.

9.3.   PCR-analüüs

a) Valmistatakse suspensioon, milles on umbes 106 rakku milliliitris ultrapuhtas vees.

b) 100 µl suletud katseklaasides olevat rakususpensiooni kuumutatakse kuumutusplokil või keevas veevannis 100 °C juures 4 minutit. Vajaduse korral võib äsja valmistatud NaOH lisamine 0,05 M lõppkontsentratsioonile aidata kaasa rakulüüsile. Seejärel võib proove säilitada 16 kuni 24 °C juures, kuni neid on tarvis.

c) Bakteri C. m. subsp. sepedonicus spetsiifiliste amplikonide amplifitseerimiseks tehakse kohane PCR-analüüs (näiteks Pastrik, 2000; vt 4. liidet; Li ja de Boer, 1995; Mills et al., 1997; Pastrik ja Rainey, 1999; Schaad et al., 1999).

d) Bakterit C. m. subsp. sepedonicus saab positiivselt kindlaks määrata siis, kui PCR-amplikonidel on positiivse kontrolli tüvega sama suurus ja neil esineb sama pikkusega restriktsioonifragmentide polümorfism.

9.4.   FISH-analüüs

a) Valmistatakse suspensioon, milles on umbes 106 rakku milliliitris ultrapuhtas vees.

b) Tehakse FISH-analüüs (punkt 5).

c) FISH-analüüsi tulemus on positiivne siis, kui kultuur ja positiivne kontroll annavad samad reaktsioonid.

9.5.   Rasvhapete profileerimine (Fatty acid profiling – FAP)

a) Kultuuri kasvatatakse trüptikaas-sojaagaril (Oxoid) 72 tundi temperatuuril 21 °C (+/– 1°).

b) Tehakse kohane FAP-analüüs (Janse, 1991; Stead, 1992).

c) FAP-analüüsi tulemus on positiivne siis, kui eeldatava kultuuri profiil on identne positiivse kontrolli profiiliga. Tüüpiline rasvhapete esinemine on järgmine: 15:1 Anteiso A, 15:0 Iso, 15:0 Anteiso, 16:0 Iso, 16:0 ja 17:0 Anteiso. Selline profiil osutab suure tõenäosusega bakterile C. m. sepedonicus. Muudel perekondadel, nagu Curtobacterium, Arthrobacter ja Micrococcus, esineb ka selliseid happeid, kuid 15:1 Anteiso A on neis bakterites harva esinev hape, mida on kõigis bakterites Clavibacter spp. umbes 1–5 %. Bakteris C. m. sepedonicus on seda tavaliselt umbes 5 %.

9.6.   BOX-PCR-analüüs

a) Valmistatakse suspensioon, milles on umbes 106 rakku milliliitris ultrapuhtas vees.

b) Tehakse analüüs vastavalt menetlusele (Smith et al., 2001).

10.   KINNITUSANALÜÜS

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus diagnoosi lõplikuks kinnitamiseks ja bakteri C. m. subsp. sepedonicus kindlaksmääratud kultuuride virulentsuse hindamiseks tuleb teha patogeensusanalüüs.

10.1.

Analüüsitava isolaadi kolme päeva vanusest isolaadist ja bakteri C. m. subsp. sepedonicus kohasest positiivse kontrolli tüvest tehakse inokulaat, milles on umbes 106 rakku milliliitris.

10.2.

Inokuleeritakse 5–10 kolmandas leheetapis noore baklažaaniseemiku vart (punkt 7.3 või 7.4).

10.3.

Inkubeeritakse temperatuuril 18–24 °C piisava valguse ja suure suhtelise niiskuse juures ning kastetakse parajal määral, et vältida ülekastmist ja kuivamist (punkt 7.7). Puhaste kultuuridega peaks tüüpiline närbumine toimuma kahe nädala jooksul, kuid taimi, millel ei ole selle aja järel sümptomeid (vt punkti 7.8), tuleks seejärel inkubeerida kuni kolm nädalat temperatuuril, mis soosib baklažaanide kasvu, kuid ei ole üle 25 °C (8. liide). Kui kolme nädala pärast ei ole sümptomeid, ei saa kultuuri pidada bakteri C. m. subsp. sepedonicus patogeenseks vormiks.

10.4.

Isoleeritakse sümptomitega taimedest, eraldades varreosa 2 cm kõrguselt inokulatsioonipunktist. Purustatakse ja lahustatakse väheses koguses steriilses destilleeritud vees või 50 mM fosfaatpuhvris (3. liide). Isoleeritakse suspensioonist, hõõrudes spaatliga laiali või tehes joonkülvi MTNA- ja YPGA-söötmele (5. liide), inkubeeritakse 3–5 päeva temperatuuril 21–23 °C ja vaadeldakse bakterile C. m. subsp. sepedonicus tüüpiliste pesade tekkimist.




1. liide

Protokollide optimeerimise ja valideerimisega tegelevad laborid



Labor (1)

Asukoht

Riik

Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit

Viin ja Linz

Austria

Departement Gewasbescherming

Merelbeke

Belgia

Plantedirektoratet

Lyngby

Taani

Central Science Laboratory

York

Inglismaa

Scottish Agricultural Science Agency

Edinburgh

Šotimaa

Laboratoire National de la Protection des Végétaux, Unité de Bactériologie

Angers

France

Laboratoire National de la Protection des Végétaux, Station de Quarantaine de la Pomme de Terre

Le Rheu

France

Biologische Bundesanstalt

Kleinmachnow

Saksamaa

Pflanzenschutzamt Hannover

Hannover

Saksamaa

State Laboratory

Dublin

Iirimaa

Plantenziektenkundige Dienst

Wageningen

Holland

Norwegian Crop Research Institute, Plant Protection Centre

Aas

Norra

Direcção-Geral de Protecção das Culturas

Lissabon

Portugal

Nacionalni institut za biologijo

Ljubljana

Sloveenia

Centro de Diagnostico de Aldearrubia

Salamanca

Hispaania

(1)   Kontaktteadurid – vt veebilehekülge http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main




2. liide

Positiivsete ja negatiivsete kontrollide valmistamine südamike PCR/IF ja FISH-sõelkatsete jaoks

Tehakse bakteri C. m. subsp. sepedonicus virulentse tüve [NCPPB 4053 või PD 406] 72-tunnine kultuur MTNA-põhisöötmel ja suspendeeritakse 10 mM fosfaatpuhvris, et saada rakkude tiheduseks umbes 1–2 × 108 kolooniaid moodustavat osakest milliliitris. See saadakse tavaliselt veidi häguses suspensioonis, mis mõõtmisel 600 nanomeetri juures vastab optilisele tihedusele 0,20.

Eemaldatakse basaalsed tipusüdamikud 200 mugulalt, mis on pärit valgekoorelise sordi saagist, mille kohta on teada, et selles ei ole bakterit C. m. subsp. sepedonicus.

Basaalseid tipusüdamikke töödeldakse tavaliselt ja bakterisade resuspendeeritakse 10 milliliitris.

Valmistatakse kümme steriilset 1,5 ml mikroampulli 900 µl resuspendeeritud bakterisademega.

100 µl bakteri C. m. subsp. sepedonicus suspensiooni pannakse esimesse mikroampulli. Loksutatakse vorteksil.

Saastetase määratakse lahjenduste kümnendreaga järgmises viies mikroampullis.

Kuut saastunud mikroampulli kasutatakse positiivsete kontrollidena. Nelja saastumata mikroampulli kasutatakse negatiivsete kontrollidena. Mikroampullid märgistatakse vastavalt.

Steriilsetes 1,5 ml mikroampullides valmistatakse 100 µl alikvoodid ning saadakse seega iga kontrollproovi üheksa koopiat. Säilitatakse 16 kuni 24 °C juures kuni kasutamiseni.

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus olemasolu ja kvantifikatsioon kontrollproovides tuleks esmalt kinnitada IF-analüüsiga.

PCR-analüüsiks ekstraheeritakse DNA positiivsetest ja negatiivsetest kontrollproovidest iga analüüsitavate proovide seeria puhul.

IF- ja FISH-analüüsideks analüüsitakse positiivseid ja negatiivseid kontrollproove iga analüüsitavate proovide seeria puhul.

IF-, FISH- ja PCR-analüüsides tuleb avastada bakteri C. m. subsp. sepedonicus vähemalt 106 ja 104 rakku milliliitris positiivsetes kontrollides ning bakterit ei tohi olla üheski negatiivses kontrollis.




3. liide

Analüüsimenetluste puhvrid

ÜLDNÕUE: Avamata steriilseid puhvreid võib säilitada kuni ühe aasta.

1.   Ekstraktsioonimenetluse puhvrid

1.1.   Ekstraktsioonipuhver (50 mM fosfaatpuhver, pH 7,0)

Seda puhvrit kasutatakse bakteri eraldamiseks taimekudedest homogeenimise või loksutamise teel.



Na2HPO4 (veevaba)

4,26 g

KH2PO4

2,72 g

Destilleeritud vesi

1,00 l

Ained lahustatakse, kontrollitakse pH ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.

Võib lisada muid aineid järgmiselt:



 

Eesmärk

Kogus (liitri kohta)

Lubrol-helbed

Deflokulant (1)

0,5 g

DC-silikooniga vahutamisvastane aine

Vahutamisvastane aine (1)

1,0 ml

Tetranaatriumpürofosfaat

Antioksüdant

1,0 g

Polüvinüülpürrolidoon-40 000 (PVP-40)

PCR-inhibiitorite siduja

50 g

(1)   Kasutamiseks ekstraktsioonimenetluses homogeenimise teel.

1.2.   Kontsentreeritud bakterisademe puhver (10 mM fosfaatpuhver, pH 7,2)

Seda puhvrit kasutatakse kartulimugula basaalse tipusüdamiku ekstraktide resuspendeerimiseks pärast kontsentreerimist bakterisademeks tsentrifuugimise teel.



Na2HPO4.12H2O

2,7 g

NaH2PO4.2H2O

0,4 g

Destilleeritud vesi

1,00 l

Ained lahustatakse, kontrollitakse pH ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.

2.   IF-analüüsi puhvrid

2.1.   IF-puhver (10 mM fosfaatpuhvri lisandiga keedusoolalahus (PBS), pH 7,2)

Seda puhvrit kasutatakse antikehade lahjendamiseks.



Na2HPO4.12H2O

2,7 g

NaH2PO4.2H2O

0,4 g

NaCl

8,0 g

Destilleeritud vesi

1,00 l

Ained lahustatakse, kontrollitakse pH ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.

2.2.   IF-puhver Tweeniga

Seda puhvrit kasutatakse objektiklaaside pesemiseks.

IF-puhvrile lisatakse 0,1 % Tween 20.

2.3.   Fosfaatpuhvri lisandiga glütserool, pH 7,6

Seda puhvrit kasutatakse kattevedelikuna fluorestseerumise suurendamiseks IF-objektiklaaside aknaväljades.



Na2HPO4.12H2O

3,2 g

NaH2PO4.2H2O

0,15 g

Glütserool

50 ml

Destilleeritud vesi

100 ml

Fluorestseerumise tuhmumise vastased kattevedelikud on müügil, näiteks Vectashield® (Vector Laboratories) või Citifluor® (Leica).




4. liide

Bakterite koguse määramine IF-ja FISH-analüüsides

1. Loendatakse keskmine tüüpiliste fluorestseeruvate rakkude arv välja kohta (c).

2. Arvutatakse tüüpiliste fluorestseeruvate rakkude arv objektiklaasi akna kohta (C).

C = c × S/s



Kus

S

=

mitmekohalise objektiklaasi aknavälja pindala ja

 

s

=

objektiivi pindala



s = πi2/4G2K2

kus

i

=

välja koefitsient (sõltub okulaari tüübist ja on 8–24)

 
 

K

=

toru koefitsient (1 või 1,25)

 
 

G

=

objektiivi suurendus (100x, 40x jne)

3. Arvutatakse tüüpiliste fluorestseeruvate rakkude arv milliliitri resuspendeeritud bakterisademe kohta (N).

N = C × 1 000/y × F



kus

y

=

resuspendeeritud bakterisademe maht igas aknas ja

 

F

=

resuspendeeritud bakterisademe lahjendustegur




5. liide

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus isoleerimis- ja kasvusöötmed

a)   Üldised kasvusöötmed

Toiteagar



Toiteagar (Difco)

23,0 g

Destilleeritud vesi

1,0 l

Ained lahustatakse ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.

Glükoostoiteagar

Difco Bacto agarsööde, mis sisaldab 1 % D(+)-glükoosi (monohüdraat). Steriliseeritakse autoklaavis 115 °C juures 20 minutit.

Pärmiekstraktiga glükoospeptoonagar



Pärmiekstrakt (Difco)

5,0 g

Bacto-peptoon (Difco)

5,0 g

D(+)-glükoos (monohüdraat)

10,0 g

Bacto-agar (Difco)

15,0 g

Destilleeritud vesi

1,0 l

Ained lahustatakse ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.

Pärmiekstrakti ja mineraalsoolade kasvuagar



Bacto-pärmiekstrakt (Difco)

2,0 g

D(+)-glükoos (monohüdraat)

2,5

K2HPO4

0,25 g

KH2PO4

0,25 g

MgSO4.7H2O

0,1 g

MnSO4.H2O

0,015 g

NaCl

0,05 g

FeSO4.7H2O

0,005 g

Bacto-agar (Difco)

18 g

Destilleeritud vesi

1,00 l

Ained lahustatakse ja 0,5-liitrised söötmekogused steriliseeritakse autoklaavis 115 °C juures 20 minutit.

b)   Valideeritud selektiivsed kasvusöötmed

MTNA-sööde

Kõik söötmekomponendid on BDHst, kui ei ole märgitud teisiti.



Pärmiekstrakt (Difco)

2,0 g

Mannitool

2,5 g

K2HPO4

0,25 g

KH2PO4

0,25 g

NaCl

0,05 g

MgSO4.7H2O

0,1 g

MnSO4.H2O

0,015 g

FeSO4.7H2O

0,005 g

Agar (Oxoid nr 1)

16,0 g

Destilleeritud vesi

1,0 l

Ained lahustatakse, pH reguleeritakse 7,2-le. Pärast autoklaavimist (121 °C juures 15 minutit) ja mahajahutamist 50 °C lisatakse antibiootikumid: trimetoprimi 0,06 g, nalidiksiinhapet 0,002 g, amfoteritsiin B 0,01 g.

Antibiootilised alglahused: trimetoprim (Sigma) ja nalidiksiinhape (Sigma) (mõlemat 5 mg/ml) 96 % metanoolis, amfoderitsiin B (Sigma) dimetüülsulfoksiidis. Alglahused on filter-steriliseeritud.

Märkus:

Põhisöötme säilivus on kolm kuud. Pärast antibiootikumide lisamist on säilivus üks kuu, kui säilitatakse külmas.

NCP-88-sööde



Toiteagar (Difco)

23 g

Pärmiekstrakt (Difco)

2 g

D-mannitool

5 g

K2HPO4

2 g

KH2PO4

0,5 g

MgSO4.7H2O

0,25 g

Destilleeritud vesi

1,00 l

Ained lahustatakse, pH reguleeritakse 7,2-le. Pärast autoklaavimist ja mahajahutamist 50 °C lisatakse järgmised antibiootikumid: polümüksiin B sulfaati (Sigma) 0,003 g, nalidiksiinhapet (Sigma) 0,008 g, tsükloheksimiidi (Sigma) 0,2 g.

Antibiootikumid lahustatakse alglahustes järgmiselt: nalidiksiinhape 0,01 M NaOH, tsükloheksimiid 50 % etanoolis, polümüksiin B sulfaat destilleeritud vees. Alglahused on filter-steriliseeritud.

Märkus:

Põhisöötme säilivus on kolm kuud. Pärast antibiootikumide lisamist on säilivus üks kuu, kui säilitatakse külmas.




6. liide

Valideeritud PCR-protokoll ja -reaktiivid

Märkus:

Eelanalüüsid peaksid võimaldama reprodutseeritavalt avastada vähemalt 103 kuni 104 bakteri C. m. sepedonicus rakku prooviekstrakti milliliitris.

Eelanalüüsid ei tohiks anda valepositiivseid tulemusi valitud bakteritüvedega.

1.   Mitmeetapiline PCR-protokoll sisemise PCR-kontrolliga (Pastrik, 2000)

1.1.   Oligonukleotiidpraimerid



Päripidine praimer PSA-1

5′- ctc ctt gtg ggg tgg gaa aa -3′

Äraspidine praimer PSA-R

5′- tac tga gat gtt tca ctt ccc c -3′

Päripidine praimer NS-7-F

5′- gag gca ata aca ggt ctg tga tgc -3′

Äraspidine praimer NS-8-R

5′- tcc gca ggt tca cct acg ga -3′

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus maatriks-DNA eeldatav amplikonipikkus on 502 aluspaari (PSA-praimerite komplekt)

18S rRNA sisemise PCR-kontrolli eeldatav amplikonipikkus on 377 aluspaari (NS-praimerite komplekt)

1.2.   PCR-reaktsioonisegu



Reaktiiv

Kogus reaktsiooni kohta

Lõppkontsentratsioon

Steriilne ultrapuhas vesi

15,725 µl

 

10x PCR-puhver (1) (15 mM MgCl2)

2,5 µl

1x (1,5 mM MgCl2)

BSA (fraktsioon V) (10 %)

0,25 µl

0,1 %

d-nTP-segu (20mM)

0,125 µl

0,1 mM

Praimer PSA-1 (10µM)

0,5 µl

0,2 µM

Praimer PSA-R (10µM)

0,5 µl

0,2 µM

Praimer NS-7-F (10µM) (2)

0,1 µl

0,04 µM

Praimer NS-8-R (10µM) (2)

0,1 µl

0,04 µM

Taq-polümeraas (5U/µl) (1)

0,2 µl

1,0 U

Proovi maht

5,0 µl

 

Kogumaht:

25,0 µl

 

(1)   Meetodid valideeriti, kasutades Perkin Elmeri (AmpliTaq või Gold) ja Gibco BRL Taq-polümeraasi.

(2)   Kartuli basaalsete tipusüdamike ekstrakti puhul optimeeriti praimerite NS-7 F ja NS-8-R kontsentratsioonid, kasutades homogeenimismeetodit ja DNA puhastamist vastavalt Pastrikule (2000) (vt punkti 6.1 lõiget a ja punkti 6.2). Kui kasutatakse loksutamise teel DNA ekstraheerimist või muid isoleerimismeetodeid, on vaja reaktiivikontsentratsioonid uuesti optimeerida.

1.3.   PCR-reaktsiooni tingimused

Järgitakse järgmist menetlust:



1 tsükkel:

i)

3 minutit 95 °C juures (maatriks-DNA denaturatsioon)

10 tsüklit:

ii)

1 minut 95 °C juures (maatriks-DNA denaturatsioon)

 

iii)

1 minut 64 °C juures (praimerite anniilimine)

 

iv)

1 minut 72 °C juures (koopia ekstensioon)

25 tsüklit:

v)

30 sekundit 95 °C juures (maatriks-DNA denaturatsioon)

 

vi)

30 sekundit 62 °C juures (praimerite anniilimine)

 

vii)

1 minut 72 °C juures (koopia ekstensioon)

1 tsükkel:

viii)

5 minutit 72 °C juures (lõplik ekstensioon)

 

ix)

hoitakse 4 °C juures

Märkus:

Programm on optimeeritud kasutamiseks MJ Research PTC 200 termotsükleriga. Muude mudelite kasutamisel võib olla vaja muuta tsüklite ii, iii, iv, v, vi ja vii kestust.

1.4.   Amplikoni restriktsioonensüümi analüüs

Bakteri C. m. subsp. sepedonicus DNAst amplifitseeritud PCR-produktid võivad ensüümiga Bgl II anda tüüpilise pikkusega restriktsioonifragmentide polümorfismi, kui neid on inkubeeritud 37 °C juures 30 minutit. Bakterile C. m. subsp. sepedonicus tüüpilisest fragmendist saadud restriktsioonifragmentide pikkus on 282 ja 220 aluspaari.

2.   Täitepuhvri valmistamine

2.1.   Bromofenoolsinine (10 % põhilahus)



Bromofenoolsinine

5 g

Kaks korda destilleeritud vesi

50 ml

2.2.   Täitepuhver



Glütserool (86 %)

3,5 ml

Bromofenoolsinine (5,1)

300 µl

Kaks korda destilleeritud vesi

6,2 ml

3.   10x Trisatsetaat EDTA puhver, pH 8,0



Tris-puhver

48,4 g

Jää-äädikas

11,42 ml

EDTA (dinaatriumsool)

3,72 g

Destilleeritud vesi

1,00 l

Enne kasutamist lahjendatakse 1x.

On ka müügil (näiteks Invitrogen või samaväärne).




7. liide

FISH-analüüsi valideeritud reaktiivid

1.   Oligoproovid



Cms-spetsiifiline oligoproov CMS-CY3-01:

5′- ttg cgg ggc gca cat ctc tgc acg -3′

Mittespetsiifiline eubakteriaalne oligoproov EUB-338-FITC:

5′- gct gcc tcc cgt agg agt-3′

2.   Kinnitilahus

[HOIATUS! KINNITI SISALDAB PARAFORMALDEHÜÜDI, MIS ON MÜRGINE. TULEB KANDA KINDAID JA SEDA EI TOHI SISSE HINGATA. ON SOOVITATAV TÖÖTADA TÕMBEKAPIS.]

i) 9 ml molekulaarbioloogias kasutatavat vett (näiteks ultrapuhast vett) kuumutatakse umbes 60 °C ja lisatakse 0,4 g paraformaldehüüdi. Paraformaldehüüd lahustub pärast seda, kui on lisatud 5 tilka 1N NaOH ja segatud magnetsegajaga.

ii) pH reguleeritakse 7,0-le, lisades 1 ml 0,1 M fosfaatpuhvrit (pH 7,0) ja 5 tilka 1N HCl. pH-d kontrollitakse indikaatorribadega ja vajaduse korral reguleeritakse HCl või NaOH-ga.

[HOIATUS! PARAFORMALDEHÜÜDI LAHUSTE PUHUL EI TOHI KASUTADA PH-MEETRIT.]

iii) Lahus filtreeritakse läbi 0,22 µm membraanfiltri ja säilitatakse edasiseks kasutamiseks tolmuvabalt 4 °C juures.

iv)  Märkus:

Alternatiivne kinnistilahus: 96 % etanool.

3.   3x Hybmix-lahus



NaCl

2,7 M

Tris-HCl

60 mM (pH 7,4)

EDTA (filter-steriliseeritud ja autoklaavitud)

15 mM

Lahjendatakse 1x vastavalt vajadusele.

4.   Hübridisatsioonilahus

1x Hybmix-lahus



Naatriumdodetsüülsulfaat

0,01 %

oligoproov EUB 338

5 ng/μl

oligoproov CMSCY301

5 ng/μl

Hübridisatsioonilahused valmistatakse vastavalt tabelis 1 arvutatud kogustele. Iga objektiklaasi jaoks (millel on kaks erinevat proovi kaks korda) on tarvis 90 μl hübridisatsioonilahust.



Tabel.  Hübridisatsioonisegu valmistamiseks soovitatavad kogused

Objektiklaaside kogus:

2

8

Steriilne ultrapuhas vesi

50,1

200,4

3x Hybmix-lahus

30,0

120,0

1 % SDS

0,9

3,6

Oligoproov EUB 338 (100 ng/μl)

4,5

18,0

Oligoproov CMSCY301 (100 ng/μl)

4,5

18,0

Kogumaht (μl)

90,0

360,0

NB. Kõiki valgustundlikke oligoproove sisaldavaid lahuseid säilitatakse pimedas 20 °C juures. Kasutamise ajal välditakse otsest päikese- või elektrivalgust.

5.   0,1M fosfaatpuhver, pH 7,0



Na2HPO4

8,52 g

KH2PO4

5,44 g

Destilleeritud vesi

1,00 l

Ained lahustatakse, kontrollitakse pH ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.




8. liide

Baklažaani kultuuri kasvatamistingimused

Baklažaani (Solanum melongena) seemned külvatakse pastöriseeritud külvikomposti. Täielikult avanenud idulehtedega (10–14 päeva) seemikud istutatakse ümber pastöriseeritud istutuskomposti.

Baklažaanid peaksid olema kasvatatud kasvuhoones järgmistel keskkonnatingimustel:



Päeva pikkus:

 

14 tundi või looduslik päevapikkus, kui see on pikem;

Temperatuur:

päeval:

21–24 °C,

 

öösel:

15 °C.



Haigusele vastuvõtlikud baklažaanisordid:

“Black Beauty”,

 

“Long Tom”,

 

“Rima”,

 

“Balsas”.

Tarnija: vt veebilehekülge http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main




9. liide

Grami järgi värvimine (Huckeri muudatus) (Doetsch, 1981) ( 6 )

Kristallvioleti lahus

2 g kristallvioletti lahustatakse 20 ml 95 % etanoolis.

0,8 g ammooniumoksalaati lahustatakse 80 ml destilleeritud vees.

Kaks lahust segatakse.

Lugoli jood



Jood

1 g

Kaaliumjodiid

2 g

Destilleeritud vesi

300 ml

Ained purustatakse koos uhmris uhmrinuiaga. Lisatakse vette ja segatakse suletud nõus kuni lahustumiseni.

Safraniini kontrastvärvilahus

Põhilahus:



Safraniin O

2,5 g

95 % etanool

100 ml

Segatakse ja jäetakse seisma.

Lahjendatakse 1:10 töölahuse saamiseks.

Värvimine

1. Valmistatakse äiged, kuivatatakse õhu käes ja kinnitatakse kuumutades.

2. Objektiklaasi ujutatakse kristallvioleti lahuses üks minut.

3. Pestakse kiiresti kraanivee all.

4. Ujutatakse Lugoli joodis üks minut.

5. Pestakse kraaniveega ja kuivatatakse kuivatuspaberiga.

6. Värvitustatakse 95 % etanooliga, mis lisatakse tilkhaaval, kuni kogu värv on eemaldunud, või leotatakse veidi loksutades 30 sekundit.

7. Pestakse kraaniveega ja kuivatatakse kuivatuspaberiga.

8. Ujutatakse safraniinilahuses 10 sekundit.

9. Pestakse kraaniveega ja kuivatatakse kuivatuspaberiga.

Grampositiivsed bakterid värvuvad lillakassinisteks; gramnegatiivsed bakterid värvuvad roosakaspunaseks.

VIITED

1. Anonüümne, 1987. Scheme of the detection and diagnosis of the ring rot bacterium Corynebacterium sepedonicum in batches of potato tubers. Euroopa Ühenduste Komisjon, Luxembourg. Publ EUR 11 288 EN, 21 lk.

2. Bradbury, J. F., 1970. Isolation and preliminary study of bacteria from plants. Rev. Pl. Path., 49, 213–218.

3. Dinesen, I. G., 1984. The extraction and diagnosis of Corynebacterium sepedonicum from diseased potato tubers. EPPO Bull. 14 (2), 147–152.

4. Doetsch, R. N., 1981. Determinative methods of light microscopy. In: Manual of methods for general bacteriology, American Society for Microbiology, Washington, 21–23.

5. Hugh, R. ja Leifson, F., 1953. The taxonomic significance of fermentative versus oxidative metabolism of carbohydrates by various gram-negative bacteria. J. Bact., 66, 24–26.

6. Janse, J. D., 1991. Infra- and intra-specific classification of Pseudomonas solanacearum strains using whole cell fatty-acid analysis. Systematic and Applied Microbiology 14; 335–345.

7. Janse, J. D. ja J. Van Vaerenbergh. The interpretation of the EC method for the detection of latent ring rot infections (Corynebacterium sepedonicum) in potato. EPPO Bull., nr 17, 1987, lk 1–10.

8. Jansing, H. ja K. Rudolph, 1998. Physiological capabilities of Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus and development of a semi-selective medium. Journal of Plant Diseases and Protection, 105, 590–601.

9. Kovacs, N., 1956. Identification of Pseudomonas pyocyanea by the oxidase reaction. Nature, Lond., 178, 703.

10. Klement Z.; Rudolph, K and D. C. Sands, 1990. Methods in Phytobacteriology. Akadémiai Kiadó, Budapest, 568 lk.

11. Lelliott, R. A., 1966. The plant pathogenic coryneform bacteria. J. appl. Bact., 29, 114–118.

12. Lelliott, R. A., E. Billing ja A. C. Hayward, 1966. A determinative scheme for the fluorescent plant pathogenic pseudomonads J. appl. Bact., 29, 470–489.

13. Lelliott, R. A. ja P. W., Sellar, 1976. The detection of latent ring rot (Corynebacterium sepedonicum (Spiek. et Kotth.) Skapt. et Burkh.) in potato stocks. EPPO Bull., 6 (2), 101–106.

14. Li, X. ja S.H. de Boer, 1995. Selection of Polymerase Chain Reaction primers from RNA intergenic spacer region for specific detection of Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus. Phytopathology, 85, 837–842.

15. Mills, D., Russell, B., W. ja J., W. Hanus, 1997. Specific detection of Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus by amplification of three unique DNA sequences isolated by subtraction hybridization. Phytopathology, 87, 8, 853–861.

16. Pastrik, K. -H. ja R. A. Rainey. 1999. Identification and differentiation of Clavibacter michiganensis subspecies by polymerase chain reaction-based techniques. J. Phytopathology 147; 687–693.

17. Pastrik, K.-H., 2000. Detection of Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus in potato tubers by multiplex PCR with coamplification of host DNA. European Journal of Plant Pathology, 106, 155–165.

18. Ramamurthi, C. S., 1959. Comparative studies on some Gram-positive phytopathogenic bacteria and their relationship to the Corynebacteria. Mem. Cornell agric. Exp. Sta., 366, 52 lk.

19. Schaad, W., Berthier-Schaad, Y., Sechler, A. ja Knorr, D. (1999) Detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tubers by BIO-PCR and an automated real-time fluorescence detection system. Plant Disease 83; 1095–1100.

20. Schaad, W. 2001. Laboratory guide for identification of plant pathogenic bacteria. Schaad [Hrsg.]. - 3. ed.; St. Paul, Minnesota:, 373 lk.

21. Skerman, V. B. D., 1967. A guide to the identification of the genera of bacteria. 2nd ed., William and Wilkins Company, Baltimore.

22. Smith, N. C.; Hennesy, J; Stead, D.E., 2001. Repetetive sequence-derived PCR profiling using the BOX-A1Ralstonia solanacearum primer for rapid identification of plant pathogen Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus. European Journal of Plant Pathology, 107 (7), 739–748.

23. Sneath, P. H. A. ja V. G. Collins, 1974. A study in test reproductibility between laboratories: report of Pseudomonas working party. Antonie van Leeuwenhoek, 40, 481–527.

24. Stead, D.E. 1992. Grouping of plant pathogenic and some other Pseudomonas spp. using cellular fatty-acid profiles. International Journal of Systematic Bacteriology 42; 281–295.

25. Wullings, B. A.; van Beuningen, A. R.; Janse, J. D. ja A. D. L. Akkermans, 1998. Detection of Ralstonia solanacearum, which causes brown rot of potato, by fluorescent in situ hybridization with 23s rRNA-targeted probes. Appl. Environ. Microbiol. 64, 4546–4554.




II LISA

1. Iga haigusetekitaja esinemise kahtluse korral, mille kohta on saadud vastavalt I lisas esitatud meetoditele läbi viidud sõelkatse(te)s positiivne tulemus ning oodatakse kõnealuste meetodite abil kinnitust või ümberlükkamist, tuleks alles hoida ja nõuetekohaselt säilitada

 kõik mugulad, millest proov on võetud, ning võimaluse korral kõik taimed, millelt proov on võetud,

 kõik järelejäänud ekstraktid ja sõelkatse(te)ks valmistatud lisamaterjalid, nt immunofluorestsents-objektiklaasid,

 ja

 kõik asjakohased dokumendid

kuni kõnealuste meetodi(te) lõpuleviimiseni.

Mugulate säilitamine võimaldab teha sordikatseid, kui see on asjakohane.

2. Organismi olemasolu kinnituse puhul tuleks alles hoida ja nõuetekohaselt säilitada

 lõikes 1 määratletud materjal,

 ja

 mugula- või taimeekstraktiga nakatatud baklažaani proov

 ning

 organismi isoleeritud kultuur

vähemalt ühe kuu jooksul pärast teatamist vastavalt artikli 5 lõikele 2.




III LISA

1. Tõenäolise saastumise ulatuse määramisel vastavalt artikli 5 lõike 1 punktile b tuleb kontrollida järgmisi objekte:

 tootmiskohas kasvatatud mugulad või taimed, mis on tunnistatud saastunuks vastavalt artikli 5 lõike 1 punktile a,

 tootmiskoht või -kohad, kus mingil tootmisetapil on olnud mugulad või taimed, mis on tunnistatud saastunuks vastavalt artikli 5 lõike 1 punktile a, sealhulgas need, kus tootmisseadmeid või -vahendeid jagatakse omavahel otseselt või ühise lepingulise tööettevõtja kaudu,

 mugulad või taimed, mida kasvatati eelmises taandes osutatud tootmiskohas või -kohtades või hoiti sellises tootmiskohas või -kohtades ajavahemikul, kui vastavalt artikli 5 lõike 1 punktile a saastunuks tunnistatud mugulad või taimed olid esimeses taandes osutatud kohas,

 ettevõtted, mis käitlevad eelmistes taanetes nimetatud tootmiskohtadest pärit kartuleid,

 mis tahes seadmed, veokid, anumad, laod või nende osad ning mis tahes muud objektid, sealhulgas pakkematerjal, mis on võinud olla kontaktis mugulate või taimedega, mis on tunnistatud saastunuks artikli 5 lõike 1 punkti a alusel,

 kõik mugulad või taimed, mida on hoitud eelmises taandes loetletud ehitiste või objektide sees või nendega kokkupuutes enne nende ehitiste ja objektide puhastamist ja desinfitseerimist,

 artikli 6 alusel tehtud laboratoorsete analüüside tulemusel artikli 5 lõike 1 punkti a alusel saastunuks tunnistatud mugulate või taimedega samast kloonist pärinevad kartulimugulad või -taimed, mille saastumine võib olla tõenäoline taime kloonide kaudu, kuigi analüüsi tulemused organismi osas on võinud olla negatiivsed. Saastunud ja klooni kaudu seotud mugulate või taimede suguluse tõendamiseks võib teha sordikatseid,

 eelmises taandes osutatud mugulate või taimede tootmiskoht või -kohad.

2. Võimaliku leviku määramisel vastavalt artikli 5 lõike 1 punktile c tuleb arvesse võtta järgmisi asjaolusid:

 muude kartuli või muude peremeestaimede tootmiskohtade lähedust,

 seemnekartulivarude ühist tootmist ja kasutamist.

3. Artikli 5 lõike 2 esimeses lõigus osutatud teatis esitatakse järgmiselt:

 kohe pärast organismi olemasolu kinnitamist laborianalüüsidega, kasutades I lisas sätestatud meetodeid, esitades vähemalt:

 

 kartulipartii sordi nimi,

 kartuli kasutusotstarve (tarbekartul, seemnekartul jne) ja seemnekartuli kategooria, kui see on kohaldatav,

 kui on kartuli saasteoht teisest liikmesriigist (teistest liikmesriikidest) või teise liikmesriiki (teistesse liikmesriikidesse), esitab liikmesriik, kus saastumise esinemine on kinnitust leidnud, viivitamata vajaliku teabe, mis võimaldab asjaomasel liikmesriigil (asjaomastel liikmesriikidel) täita artikli 5 lõike 3 nõudeid, näiteks:

 

 kartulipartii sordi nimi,

 kaubasaatja ja kaubasaaja nimi ja aadress,

 kartulipartii tarnekuupäev,

 tarnitud kartulipartii suurus,

 taimepassi koopia või vähemalt taimepassi number, kui see on asjakohane, ning kartulikasvataja või turustaja registreerimisnumber, kui see on asjakohane, ja saatedokumendi koopia.

Kui sellist teavet esitatakse, teatatakse sellest viivitamata komisjonile.

 pärast kõigi uuringute lõppu teatatakse iga juhtumi puhul:

 

 kuupäev, millal saastumine kinnitati,

 lühikirjeldus tehtud uurimisest saasteallika kindlaksmääramise ja saastumise võimaliku leviku kohta,

 teave kindlakstehtud või oletatava(te) saasteallika(te) kohta,

 täpne teave saastunuks tunnistamise ulatuse kohta, sealhulgas tootmiskohtade arv ja partiide arv koos sordi nime ja seemnekartuli puhul kategooriaga,

 üksikasjad tsooni piiritlemise kohta, sealhulgas tootmiskohtade arv, mis ei ole tunnistatud saastunuks, kuid mida tsoon hõlmab,

 muu teave, mis on seotud kinnitatud haiguspuhangu(te)ga ja mida komisjon võib nõuda.




IV LISA

1. Artikli 7 lõikes 1 osutatud ametlikud järelevalvemeetmed on:

 loomasöödana kasutamine pärast niisugust kuumtöötlemist, mille järel puudub organismi ellujäämise oht,

 või

 kõrvaldamine ametlikult heakskiidetud jäätmekäitluskohas, kus ei teki organismi keskkonda pääsemise identifitseeritavat riski nt põllumajandusmaadesse imbumise kaudu,

 või

 tuhastamine,

 või

 tööstuslikuks töötlemiseks kasutamine otsese ja vahetu tarnimisega töötlevasse tehasesse, kus on ametlikult heakskiidetud jäätmete kõrvaldamise seadmed, mille puhul on kindlaks tehtud, et ei ole organismi leviku identifitseeritavat ohtu, ning vähemalt väljuvate sõidukite puhastamise ja desinfitseerimise süsteem,

 või

 muud meetmed, tingimusel et on kindlaks tehtud, et ei ole organismi leviku identifitseeritavat ohtu; sellistest meetmetest ja nende põhjendustest tuleb teatada komisjonile ja teistele liikmesriikidele.

Mis tahes muud jäätmed, mis on seotud eespool nimetatud tingimustega või mis tekivad nende tõttu, kõrvaldatakse ametlikult heaks kiidetud meetoditel vastavalt käesoleva direktiivi V lisale.

2. Artikli 5 lõike 1 punkti b alusel tõenäoliselt saastunuks tunnistatud ja artikli 7 lõikes 2 osutatud mugulate või taimede asjakohane kasutamine või kõrvaldamine vastavate liikmesriikide vastutavate ametiasutuste kontrolli all koos vastutavate ametiasutuste vahelise infovahetusega, et tagada pidev kontroll ja selle liikmesriigi vastutavate ametiasutuste heakskiit, kus kartulid pakendatakse või neid töödeldakse esimeses ja teises taandes osutatud jäätmete kõrvaldamise seadmetes, on järgmine:

 kasutamine toiduks ette nähtud tarbekartulina, mis on valmis pakendatud otsetarnimiseks ja kasutamiseks ümberpakendamata kohas, kus on asjakohased jäätmete kõrvaldamise seadmed. Seemnekartuliks ette nähtud kartuleid võib töödelda samas kohas ainult siis, kui seda tehakse eraldi või pärast puhastamist ja desinfitseerimist,

 või

 kasutamine tööstuslikuks töötlemiseks ette nähtud tarbekartulina, mis tuleb otse ja vahetult tarnida töötlemisettevõttesse, kus on nõuetekohased jäätmete kõrvaldamise seadmed ja vähemalt lahkuvate sõidukite puhastamise ja desinfitseerimise süsteem,

 või

 muu kasutamine või kõrvaldamine, tingimusel et ei esine organismi leviku identifitseeritavat ohtu ning selle on heaks kiitnud kõnealused vastutavad ametiasutused.

3. Artikli 7 lõikes 3 osutatud objektide puhastamise ja desinfitseerimise asjakohased meetodid on need, mille puhul on kindlaks tehtud, et ei ole organismi leviku identifitseeritavat ohtu, ja mida kasutatakse liikmesriikide vastutavate ametiasutuste järelevalve all.

4. Liikmesriikide rakendatavad meetmed artikli 5 lõike 1 punktis c kehtestatud ja artikli 7 lõikes 4 osutatud piiritletud tsoonis on järgmised.

4.1. Artikli 5 lõike 1 punkti a alusel saastunuks tunnistatud tootmiskohtades:

a) artikli 5 lõike 1 punkti a alusel saastunuks tunnistatud põllul, kas

i) 

 vähemalt kolme kasvatusaasta jooksul pärast saastunuks tunnistamise aastat

 

 võetakse meetmed iseeneslikult kasvama läinud kartulitaimede ja muude organismi looduslikult esinevate peremeestaimede kõrvaldamiseks

 ning

 kartulimugulaid, -taimi või -seemneid ega muid looduslikult esinevaid organismi peremeestaimi või põllukultuure, mille puhul on organismi leviku identifitseeritav oht, ei panda maha, istutata ega külvata

 esimesel kartuli kasvuaastal, mis järgneb eespool olevas taandes määratletud ajavahemikule, ja tingimusel, et põld on tunnistatud vähemalt kahel järjestikusel kasvuaastal enne taimede istutamist tehtud ametlike inspekteerimiste käigus vabaks iseeneslikult kasvama läinud kartulitaimedest ja muudest organismi peremeestaimedest, lubatakse ainult tarbekartuli tootmist ning koristatud mugulaid analüüsitakse vastavalt I lisas esitatud menetlusele;

 eelmises taandes osutatud kartulikasvatushooajale ja asjakohasele külvikordade tsüklile (mis peab olema vähemalt kaks aastat, kui seemnekartulit kasvatatakse) järgneval hooajal võib panna maha seemne- või tarbekartulit ning viiakse läbi artikli 2 lõikes 1 määratletud ametlik kontroll; või

ii) 

 saastunuks tunnistamise aastale järgneva nelja kasvatusaasta jooksul

 

 võetakse meetmed iseeneslikult kasvama läinud kartulitaimede ja muude organismi looduslikult esinevate peremeestaimede kõrvaldamiseks

 ning

 põldu hoitakse kesa all või kasutatakse pikaajalise kultuurkarjamaana, mida sagedasti madalalt niidetakse või kasutatakse intensiivselt karjatamiseks,

 esimesel kartuli kasvuaastal, mis järgneb eespool olevas taandes määratletud ajavahemikule, ja tingimusel, et põld on tunnistatud vähemalt kahel järjestikusel kasvuaastal enne taimede istutamist tehtud ametlike inspekteerimiste käigus vabaks iseeneslikult kasvama läinud kartulitaimedest ja muudest organismi peremeestaimedest, lubatakse seemne- või tarbekartuli tootmist ning koristatud mugulaid analüüsitakse vastavalt I lisas esitatud menetlusele;

b) kõigil muudel saastunud tootmiskoha põldudel ning tingimusel, et vastutavad ametiasutused on kindlaks teinud, et iseeneslikult kasvama läinud kartulitaimede ja muude organismi looduslikult esinevate peremeestaimede oht on kõrvaldatud:

 saastunuks tunnistamise aastale järgneval kasvatusaastal kartulimugulaid, -taimi või -seemneid ega muid looduslikult esinevaid organismi peremeestaimi ei panda maha, istutata ega külvata, või

 

 sertifitseeritud seemnekartulit võib maha panna ainult tarbekartuli kasvatamiseks,

 teisel kasvuaastal, mis järgneb saastunuks tunnistamise aastale, pannakse maha seemne- või tarbekartuli tootmiseks ainult sertifitseeritud seemnekartulit või seemnekartulit, mida on ametlikult analüüsitud ringmädaniku puudumise suhtes ja kasvatatud ametliku kontrolli all tootmiskohtades, millele ei ole osutatud punktis 4.1,

 vähemalt kolmandal kasvuaastal, mis järgneb saastunuks tunnistamise aastale, pannakse maha seemne- või tarbekartuli tootmiseks ainult sertifitseeritud seemnekartulit või sertifitseeritud seemnekartulist ametliku kontrolli all kasvatatud seemnekartulit,

 igal eelmistes taanetes osutatud kasvuaastal tuleb võtta meetmed iseeneslikult kasvama läinud kartulitaimede ja muude organismi looduslikult esinevate peremeestaimede kõrvaldamiseks ning teha igalt kartulipõllult koristatud kartulisaagi ametlik analüüsimine vastavalt I lisas esitatud menetlusele;

c) vahetult artikli 5 lõike 1 punkti a alusel saastunuks tunnistamise järel ja pärast esimest sellele järgnevat kasvatusaastat puhastatakse ja desinfitseeritakse nõuetekohaselt kõik tootmiskohas ja kartulitootmises kasutatavad masinad ja ladustamisseadmed, kasutades punktis 3 määratletud asjakohaseid meetodeid;

d) kaitstud tootmisala osas, kus on võimalik kasvusubstraadi täielik asendamine,

 võib mugulaid, taimi ja seemneid maha panna, istutada ja külvata üksnes siis, kui tootmisüksuses on ametliku järelevalve all võetud meetmeid organismi kõrvaldamiseks ja mis tahes peremeestaimede kõrvaldamiseks, sealhulgas vähemalt täielik kasvusubstraadi asendamine ning tootmisüksuse ja kõikide seadmete puhastamine ja desinfitseerimine, ning vastutavad ametiasutused on seejärel kartulikasvatuse heaks kiitnud,

 ning

 kasvatatakse kartuleid sertifitseeritud seemnekartulist või minimugulatest või mikrotaimedest, mis pärinevad kontrollitud allikatest;

4.2. Ilma et see piiraks punktis 4.1 määratletud meetmeid, peavad liikmesriigid piiritletud tsoonis:

a) viivitamata pärast saastunuks tunnistamist puhastama ja desinfitseerima nõuetekohaselt nendes kohtades kõik kartuli tootmisel kasutatavad masinad ja ladustamisseadmed, kasutades punktis 3 määratletud asjakohaseid meetodeid;

b) viivitamata ja vähemalt kolme kasvatushooaja jooksul pärast saastunuks tunnistamist:

 tagama oma vastutavate ametiasutuste järelevalve kartulimugulate kasvatus-, ladustamis- või käitlemisettevõtete üle ning lepingu alusel kartulikasvatusseadmeid kasutavate ettevõtete üle,

 nõudma selles tsoonis kartuli tootmiseks ainult sertifitseeritud seemnekartuli või sellise seemnekartuli mahapanemist, mida on kasvatatud ametliku kontrolli all, ning pärast saagikoristust selle seemnekartuli laboratoorset analüüsimist, mis on kasvatatud artikli 5 lõike 1 punkti b alusel tõenäoliselt saastunuks tunnistatud kohtades,

 nõudma koristatud seemnekartuli varude tarbekartulist eraldi käitlemist kõikides ettevõtetes selles tsoonis või puhastamist ja desinfitseerimist, mis tehakse seemnekartuli ja tarbekartuli käitlemise vahel,

 viima läbi ametliku seire, mis on määratletud artikli 2 lõikes 1;

c) kehtestama vajaduse korral kava kõikide seemnekartuli varude asendamiseks asjakohase ajavahemiku jooksul.




V LISA

Ametlikult heaks kiidetud jäätmete kõrvaldamise meetodid, millele on osutatud IV lisa lõikes 1, peavad organismi mistahes identifitseeritava levikuohu vältimiseks vastama järgmistele tingimustele:

i) kartulite jäätmed (sh väljapraagitud kartulid ja kartulikoored) ning muud kartulitega seotud tahked jäätmed (sh pinnas, kivid ja muu prügi) tuleb kas

 kõrvaldada ametlikult heaks kiidetud jäätmekäitluskohas, kus ei teki organismi keskkonda pääsemise identifitseeritavat riski nt põllumajandusmaasse imbumise kaudu. Jäätmed tuleb toimetada otse jäätmekäitluskohta sellistes isoleeritud tingimustes, et ei ole ohtu jäätmete kadumiseks,

 või

 tuhastada,

 või

 kõrvaldada muid meetmeid kasutades, tingimusel et on kindlaks tehtud, et ei ole organismi leviku identifitseeritavat ohtu; sellistest meetmetest ja nende põhjendustest tuleb teatada komisjonile ja teistele liikmesriikidele;

ii) vedelad jäätmed: enne äravoolu tuleb hõljuvaineid sisaldavad vedelad jäätmed filtreerida või setitada selliste ainete eemaldamiseks. Need ained tuleb kõrvaldada vastavalt lõigus i sätestatule.

Vedelad jäätmed tuleb seejärel kas:

 enne kõrvaldamist kuumutada vähemalt 60 °C-ni vähemalt 30 minuti jooksul,

 või

 kõrvaldada muul ametlikult heaks kiidetud viisil ja ametliku järelevalve all, nii et ei ole identifitseeritavat riski jäätmete kokkupuuteks põllumajandusmaaga. Nende meetmete üksikasjadest teavitatakse teisi liikmesriike ja komisjoni.

Käesolevas lisas kirjeldatud võimalusi kohaldatakse ka saastunud partiide käitlemise, kõrvaldamise ja töötlemisega seotud jäätmete suhtes.



( 1 ) EÜT C 93, 2.4.1993, lk 12.

( 2 ) EÜT C 176, 28.6.1993, lk 210.

( 3 ) EÜT C 161, 14.6.1993, lk 18.

( 4 ) EÜT L 26, 31.1.1977, lk 20. Direktiivi on viimati muudetud komisjoni direktiiviga 92/103/EMÜ (EÜT L 363, 11.12.1992, lk 1).

( 5 ) EÜT L 180, 14.7.1980, lk 30.

( 6 ) Võib kasutada ka müügil olevaid lahuseid ja värvaineid.