En virtud de todo lo expuesto, el Tribunal de Justicia (Sala Sexta) decide:
1) Declarar que el Reino de España ha incumplido las obligaciones que le incumben en virtud del artículo 5, apartado 1, de la Directiva 2008/1/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 15 de enero de 2008, relativa a la prevención y al control integrados de la contaminación, al no haber adoptado las medidas necesarias para que las autoridades competentes velen mediante autorizaciones extendidas de conformidad con los artículos 6 y 8 de dicha Directiva o, de forma adecuada, mediante la revisión de las condiciones y, en su caso, su actualización, por que las instalaciones existentes sean explotadas con arreglo a los requisitos previstos en los artículos 3, 7, 9, 10, 13, 14, letras a) y b), y en el artículo 15, apartado 2, de la misma Directiva, a más tardar el 30 de octubre de 2007, salvo si fuesen aplicables otras disposiciones especiales del Derecho de la Unión.
2) Condenar en costas al Reino de España.