En virtud de todo lo expuesto, el Tribunal de Justicia (Sala Segunda) decide:
1) Desestimar el recurso de casación principal, interpuesto por la Cofradía de pescadores «San Pedro» de Bermeo y los demás recurrentes, cuyos nombres figuran en el anexo de la sentencia de Tribunal de Primera Instancia de las Comunidades Europeas de 19 de octubre de 2005, Cofradía de pescadores «San Pedro» de Bermeo y otros/Consejo (T‑415/03).
2) Desestimar la adhesión a la casación, interpuesta por el Consejo de la Unión Europea.
3) La Cofradía de pescadores «San Pedro» de Bermeo y los demás recurrentes, cuyos nombres figuran en el anexo de la sentencia del Tribunal de Primera Instancia de las Comunidades Europeas de 19 de octubre de 2005, Cofradía de pescadores «San Pedro» de Bermeo y otros/Consejo (T‑415/03) y el Consejo de la Unión Europea cargarán con sus propias costas.
4) La Comisión de las Comunidades Europeas cargará con sus propias costas.