Οι οργανισμοί της Ευρωπαϊκής Ένωσης (ΕΕ) είναι όργανα διαφορετικά από τα θεσμικά όργανα της EE. Οι οργανισμοί συστάθηκαν με σκοπό να αναλάβουν συγκεκριμένα καθήκοντα τεχνικού, επιστημονικού ή διοικητικού χαρακτήρα. Μπορούν να χωριστούν σε τέσσερις ομάδεςκατηγορίες:
- Οι αποκεντρωμένοι οργανισμοί είναι όργανα που δημιουργούνται από το δευτερογενές δίκαιο, με σκοπό να αναλάβουν τη διαχείριση συγκεκριμένων τεχνικών, επιστημονικών ή διοικητικών καθηκόντων. Αυτοί οι οργανισμοί διαθέτουν τις δικές τους νομικές προσωπικότητες, συγκροτούνται για αόριστο χρονικό διάστημα και είναι εγκατεστημένοι σε όλη την ΕΕ. Οι οργανισμοί συνεισφέρουν στην εφαρμογή των πολιτικών της ΕΕ και στηρίζουν τη συνεργασία μεταξύ της ΕΕ και των εθνικών κυβερνήσεων, μέσω της από κοινού αξιοποίησης της τεχνικής και εξειδικευμένης εμπειρογνωμοσύνης και των γνώσεων, τόσο από τα θεσμικά όργανα της ΕΕ όσο και από τις εθνικές αρχές. Αυτή τη στιγμή, υπάρχουν πάνω από 30 αποκεντρωμένοι οργανισμοί. Παραδείγματα είναι ο Ευρωπαϊκός Οργανισμός Φαρμάκων και ο Οργανισμός της Ευρωπαϊκής Ένωσης για το Άσυλο.
- Οι εκτελεστικοί οργανισμοί βοηθούν την Ευρωπαϊκή Επιτροπή στη διαχείριση ειδικών καθηκόντων που σχετίζονται με προγράμματα της ΕΕ. Δημιουργούνται για ορισμένο χρονικό διάστημα και εδρεύουν όλοι στις Βρυξέλλες. Υπάρχουν έξι εκτελεστικοί οργανισμοί, μεταξύ των οποίων ο Ευρωπαϊκός Εκτελεστικός Οργανισμός για το Κλίμα, τις Υποδομές και το Περιβάλλον (CINEA), ο οποίος διαχειρίζεται τα προγράμματα της Επιτροπής που συμβάλλουν στην απαλλαγή από τις ανθρακούχες εκπομπές και στη βιώσιμη ανάπτυξη, και ο Ευρωπαϊκός Εκτελεστικός Οργανισμός Εκπαίδευσης και Πολιτισμού (EACEA), ο οποίος διαχειρίζεται χρηματοδότηση για την εκπαίδευση (όπως στο πλαίσιο του Erasmus+), τον πολιτισμό, τα οπτικοακουστικά μέσα, τον αθλητισμό, την ιθαγένεια και τον εθελοντισμό.
- Οι οργανισμοί κοινής εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφάλειας (ΚΕΠΠΑ) συμβάλλουν στην εφαρμογή της κοινής εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφάλειας της ΕΕ, συμπεριλαμβανομένης της κοινής πολιτικής ασφάλειας και άμυνας, καθώς και άλλων πτυχών της εξωτερικής δράσης της ΕΕ. Υπάρχουν τρεις τέτοιοι οργανισμοί: ο Ευρωπαϊκός Οργανισμός Άμυνας, το Ινστιτούτο Μελετών της Ευρωπαϊκής Ένωσης για Θέματα Ασφάλειας, και το Δορυφορικό Κέντρο της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
- Οι οργανισμοί της Ευρωπαϊκής Κοινότητας Ατομικής Ενέργειας (Ευρατόμ) συγκροτήθηκαν για τον συντονισμό των εθνικών ερευνητικών προγραμμάτων πυρηνικής ενέργειας για ειρηνικούς σκοπούς· για την προσφορά γνώσεων, υποδομών και χρηματοδότησης για την πυρηνική ενέργεια· και για τη διασφάλιση επαρκούς και ασφαλούς εφοδιασμού με πυρηνική ενέργεια. Οι δύο οργανισμοί που εμπίπτουν σε αυτή την ομάδα είναι ο Οργανισμός Εφοδιασμού Ευρατόμ, και η κοινή επιχείρηση Fusion for Energy.