Die Anhänge I und II der Richtlinie enthalten die natürlichen Lebensraumtypen und Arten besonderer Schutzgebiete, für deren Erhaltung die Ausweisung besonderer Schutzgebiete* erforderlich ist. Verschiedene dieser Gebiete werden als „prioritäre“ Lebensräume bzw. bedrohte Arten definiert. Für sie gelten besondere Vorschriften.

In Anhang III werden die Kriterien zur Auswahl der Gebiete, die als Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung bestimmt und als besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden können, festgelegt.

Das Verfahren für die Ausweisung ist in drei Phasen gegliedert:

1.
Anhand der Kriterien in den Anhängen erstellt jedes EU-Land eine Liste der Gebiete, in denen natürliche Lebensräume und wild lebende Tier- und Pflanzenarten vorkommen.
2.
Auf der Grundlage der nationalen Listen erstellt die Europäische Kommission im Einvernehmen mit den EU-Ländern eine Liste der Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung für jede der neun biogeografischen Regionen in der EU:
- die alpine Region;
- die atlantische Region;
- die Schwarzmeerregion;
- die boreale Region;
- die kontinentale Region;
- die makaronesische Region;
- die mediterrane Region;
- die pannonische Region;
- die Steppenregion.
3.
Ist ein Gebiet als Gebiet von gemeinschaftlicher Bedeutung bezeichnet worden, so weist das betreffende EU-Land es binnen sechs Jahren als besonderes Schutzgebiet aus.

Wenn die Kommission feststellt, dass ein Gebiet mit einem prioritären natürlichen Lebensraumtyp oder einer prioritären Art in einer nationalen Liste fehlt, wird gegebenenfalls ein Konzertierungsverfahren zwischen dem betreffenden EU-Land und der Kommission eingeleitet. Wenn das Ergebnis nicht zufriedenstellend ist, kann die Kommission dem Rat einen Vorschlag über die Auswahl des Gebietes als Gebiet von gemeinschaftlicher Bedeutung übermitteln.

Sobald besondere Schutzgebiete ausgewiesen wurden, müssen die EU-Länder geeignete Erhaltungsziele und -maßnahmen festlegen. Sie müssen ihr Möglichstes tun, um

die Erhaltung natürlicher Lebensräume in diesen Gebieten zu gewährleisten;
ihre Verschlechterung und erhebliche Störungen der Arten zu verhindern.

Die EU-Länder müssen ferner:

die ordnungsgemäße Pflege von Landschaftselementen fördern, die für die Wanderung, die geografische Verbreitung und den genetischen Austausch wild lebender Arten wesentlich sind;
den Erhaltungszustand der Arten und Lebensräume überwachen.

Pläne oder Projekte, die ein Natura-2000-Gebiet erheblich beeinträchtigen könnten, erfordern eine Prüfung auf Verträglichkeit. Die EU-Länder stimmen dem Plan bzw. Projekt nur zu, wenn sie festgestellt haben, dass das Schutzgebiet als solches nicht erheblich beeinträchtigt wird.

Ist keine Alternativlösung vorhanden, können Projekte, die signifikante negative Auswirkungen auf ein Gebiet haben werden, aus zwingenden Gründen des überwiegenden öffentlichen Interesses (z. B. soziale oder wirtschaftliche Gründe) trotzdem genehmigt werden. Ist dies der Fall, ergreift das EU-Land Ausgleichsmaßnahmen, um sicherzustellen, dass die globale Kohärenz von Natura 2000 geschützt ist.

strenge Schutzsysteme für besonders bedrohte Tier- und Pflanzenarten (Anhang IV) einführen; diese verbieten

alle absichtlichen Formen des Fangs oder der Tötung von aus der Natur entnommenen Exemplaren dieser Arten;
jede absichtliche Störung dieser Arten, insbesondere während der Fortpflanzungs-, Aufzucht-, Überwinterungs- und Wanderungszeiten;
jede absichtliche Zerstörung oder Entnahme von Eiern aus der Natur;
jede Beschädigung oder Vernichtung der Fortpflanzungs- oder Ruhestätten;

die Nutzung nicht-selektiver Methoden für die Entnahme, den Fang oder die Tötung bestimmter Tier- und Pflanzenarten (Anhang V) verbieten;

ein System zur Überwachung des unbeabsichtigten Fangs oder Tötens der in Anhang IV Buchstabe a) genannten Tierarten einführen;

alle sechs Jahre der Kommission einen Bericht über die durchgeführten Maßnahmen vorlegen. Die Kommission arbeitet daraufhin auf dieser Grundlage einen zusammenfassenden Bericht aus, der die gesamte EU abdeckt.

Sie ist am 10. Juni 1992 in Kraft getreten. Sie musste von den EU-Ländern bis 10. Juni 1994 in nationales Recht umgesetzt werden.

Das Natura-2000-Netz umfasst nahezu ein Fünftel der Landfläche und über 250 000 km² des Meeresgebietes der EU.

„Habitat-Richtlinie“ auf der Website der Europäischen Kommission.

„Vogelschutzrichtlinie“ auf der Website der Europäischen Kommission.

„Natura 2000“ auf der Website der Europäischen Kommission.

„Europäisches Themenzentrum für biologische Vielfalt“ auf der Website des Europäischen Umweltinformations- und Umweltbeobachtungsnetzes.

Besonderes Schutzgebiet: ein von den EU-Ländern als ein von gemeinschaftlicher (d. h. EU-) Bedeutung ausgewiesenes Gebiet, in dem die Maßnahmen, die zur Wahrung oder Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustandes der natürlichen Lebensräume und/oder Populationen der Arten, für die das Gebiet bestimmt ist, erforderlich sind, durchgeführt werden.

Richtlinie 92/43/EWG des Rates vom 21. Mai 1992 zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tiere und Pflanzen (ABl. L 206 vom 22.7.1992, S. 7-50)

Nachfolgende Änderungen der Richtlinie 92/43/EWG wurden in den Originaltext eingefügt. Diese konsolidierte Fassung hat ausschließlich dokumentarischen Charakter.

Richtlinie 2009/147/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 30. November 2009 über die Erhaltung der wildlebenden Vogelarten (ABl. L 20 vom 26.1.2010, S. 7-25)

Bericht der Kommission an den Rat und das Europäische Parlament – Der Zustand der Natur in der Europäischen Union – Bericht über den Zustand und die Trends von unter die Vogelschutz- und die Habitat-Richtlinie fallenden Lebensraumtypen und Arten für den Zeitraum 2007-2012 gemäß Artikel 17 der Habitat-Richtlinie und Artikel 12 der Vogelschutzrichtlinie (COM(2015) 219 final vom 20.5.2015)