(1)

Ustanovení čl. 8 odst. 2 směrnice 2003/99/ES vyžaduje, aby příslušný orgán daného členského státu provedl šetření ohniska choroby vyvolané původcem v potravinách ve spolupráci s příslušnými orgány odpovědnými za řešení vážných přeshraničních hrozeb pro lidské zdraví a jejich důsledků podle rozhodnutí Evropského parlamentu a Rady č. 2119/98/ES (2). Uvedené rozhodnutí bylo zrušeno rozhodnutím Evropského parlamentu a Rady č. 1082/2013/EU (3), které bylo později zrušeno a nahrazeno nařízením Evropského parlamentu a Rady (EU) 2022/2371 (4). Uvedená šetření mají poskytnout údaje o epidemiologickém profilu, potravinách potenciálně se podílejících na ohnisku choroby a potenciálních příčinách ohniska a rovněž mají zahrnovat přiměřené epidemiologické a mikrobiologické studie.

(2)

Účinnost a meziodvětvová spolupráce orgánů odpovědných za veřejné zdraví a bezpečnost potravin při těchto šetřeních mají zásadní význam pro omezení dopadu ohniska na veřejné zdraví a pro minimalizaci hospodářského dopadu spojeného se stažením nebezpečných nebo potenciálně nebezpečných potravin z oběhu či z trhu. Za tímto účelem je nezbytná rychlá a spolehlivá identifikace šarží nebo zásilek, které obsahují kontaminované potraviny, a příčiny daného ohniska.

(3)

Celogenomové sekvenování je moderní molekulární analytická technika pro mikrobiologické studie, která značně usnadňuje rychlou identifikaci klastrů mikroorganismů, a je tak nápomocná při epidemiologických šetřeních. Umožňuje zjistit spojitost mezi izoláty patogenů přenášených potravinami, které byly během šetření ohniska získány z lidí, potravin, zvířat, krmiv a souvisejícího prostředí.

(4)

Aby se šetření ohnisek choroby vyvolané původcem v potravinách a včasné odhalení zdrojů těchto ohnisek podstatně usnadnily, měly by mít členské státy povinnost provádět sběr izolátů Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni a Campylobacter coli získaných ze vzorků z potravin, zvířat, krmiv a souvisejícího prostředí od provozovatelů potravinářských a krmivářských podniků a v rámci úředních kontrol, jsou-li tyto izoláty spojeny, nebo existuje podezření, že jsou spojeny, s ohniskem choroby vyvolané původcem v potravinách. Členské státy by rovněž měly mít povinnost provádět celogenomové sekvenování těchto izolátů.

(5)

Výsledky celogenomového sekvenování izolátů těchto patogenů z potravin, zvířat, krmiv a souvisejícího prostředí by členské státy měly předávat Evropskému úřadu pro bezpečnost potravin (dále jen „úřad“), který spolu s Evropským střediskem pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC) vyvinul společný systém „jedno zdraví“. V rámci společného systému „jedno zdraví“ může úřad porovnat výsledky celogenomového sekvenování izolátů těchto patogenů odebraných v souladu s tímto nařízením s výsledky celogenomového sekvenování humánních izolátů, které byly oznámeny středisku ECDC v souladu s čl. 13 odst. 3 písm. d) nařízení (EU) 2022/2371. Toto srovnání v kombinaci s údaji z epidemiologických šetření umožní identifikaci zdroje ohniska a napadených zásilek. Spolu s výsledky celogenomového sekvenování by měly být úřadu EFSA předávány další související údaje, které jsou pro šetření ohnisek choroby vyvolané původcem v potravinách nezbytné.

(6)

Je třeba poskytnout členským státům a úřadu dostatek času na přizpůsobení se novým požadavkům na sběr izolátů získaných ze vzorků z potravin, zvířat, krmiv a souvisejícího prostředí, celogenomové sekvenování těchto izolátů a předávání souvisejících údajů s cílem zajistit nezbytné technické aplikace a finanční prostředky. Požadavky tohoto nařízení by se proto měly začít uplatňovat 18 měsíců od data vstupu tohoto nařízení v platnost.

(7)

Opatření stanovená tímto nařízením jsou v souladu se stanoviskem Stálého výboru pro rostliny, zvířata, potraviny a krmiva,