I direktivets bilagor I och II anges vilka typer av livsmiljöer och arter vars bevarande kräver att särskilda bevarandeområden* utses. Några av dessa definieras som ”prioriterade” livsmiljöer eller arter som riskerar att försvinna och för vilka det finns särskilda regler.

I bilaga III anges kriterierna för val av områden av gemenskapsintresse och till särskilda bevarandeområden.

Urvalsförfarandet består av följande tre etapper:

1.
Med hjälp av kriterierna i bilagorna upprättar varje EU-land en lista över områden med livsmiljöer samt vilda djur och växter.
2.
På grundval av de nationella listorna och i samförstånd med EU-länderna antar Europeiska kommissionen sedan en lista över områden av gemenskapsintresse för samtliga av EU:s följande nio biogeografiska regioner:
- alpina regionen
- atlantiska regionen
- svartahavsregionen
- boreala regionen
- kontinentala regionen
- makaronesiska regionen
- medelhavsregionen
- pannoniska regionen
- stäppregionen.
3.
Inom sex år efter valet av ett område av gemenskapsintresse måste det berörda EU-landet utse det som ett särskilt bevarandeområde.

Om kommissionen anser att ett område med en prioriterad livsmiljötyp eller art har utelämnats från en nationell lista kan samrådsförfarande äga rum mellan kommissionen och landet i fråga. Om resultatet är otillfredsställande kan kommissionen överlämna ett förslag till rådet angående valet av område som ett område av gemenskapsintresse.

När särskilda områden för bevarande har utsetts måste EU-länderna införa lämpliga mål och åtgärder för bevarande. De måste göra allt för att

garantera bevarandet av livsmiljöer i dessa områden,
undvika att de försämras samt betydande störningar för arter.

EU-länderna måste också

främja god förvaltning av landskapselement som är väsentliga för vilda arters flyttning, spridning och genetiska utbyte,
genomföra övervakning av både livsmiljöer och arter.

Alla planer eller projekt som sannolikt kommer att ha betydande inverkan på ett Natura 2000-område bör på lämpligt sätt bedömas. EU-länderna måste enas om en plan eller ett projekt först efter att ha försäkrat sig om att det berörda området inte kommer att ta skada.

Om andra alternativ saknas kan vissa projekt som kommer att orsaka betydande negativ inverkan fortfarande tillåtas av tvingande orsaker som har ett väsentligt allmänintresse (dvs. sociala eller ekonomiska skäl). Om detta inträffar måste EU-länderna vidta kompensationsåtgärder för att säkerställa att Natura 2000-nätverket totalt sett förblir sammanhängande

införa strikta skyddssystem för de djur- och växtarter som är särskilt hotade (bilaga IV) med förbud mot

att avsiktligt fånga eller döda exemplar av dessa arter i naturen, oavsett hur detta görs,
att avsiktligt störa dessa arter, särskilt under deras parnings-, uppfödnings-, övervintrings- och flyttningsperioder,
att avsiktligt förstöra eller samla in ägg i naturen,
att skada eller förstöra parningsplatser eller rastplatser.

förbjuda användning av icke-selektiva metoder för insamling, fångst eller dödande av vissa djur- och växtarter (bilaga V),

inrätta ett system för övervakning av oavsiktlig fångst och oavsiktligt dödande av de djurarter som anges i bilaga IV (a),

redovisa de åtgärder som de har vidtagit för kommissionen vart sjätte år. Kommissionen utarbetar sedan en sammanfattande rapport som täcker hela EU.

Det har gällt sedan den 10 juni 1992. EU-länderna ska ha införlivat det i sin nationella lagstiftning senast den 10 juni 1994.

Natura 2000-nätverket utgör nästan en femtedel av EU:s landyta och mer än 250 000 km² havsområde.

”Habitatdirektivet” på Europeiska kommissionens webbplats.

”Fågeldirektivet” på Europeiska kommissionens webbplats.

”Natura 2000” på Europeiska kommissionens webbplats.

”Europeiska ämnescentrumet för biologisk mångfald” på Eionets webbplats.

Särskilt bevarandeområde: ett område av gemenskapsintresse (dvs. EU) som utsetts av EU-länderna där nödvändiga bevarandeåtgärder vidtas för att säkerställa att en gynnsam bevarandestatus hos de livsmiljöer och/eller populationerna av de arter för vilka området utsetts, bibehålls eller återställs.

Rådets direktiv 92/43/EEG av den 21 maj 1992 om bevarande av livsmiljöer samt vilda djur och växter (EGT L 206, 22.7.1992, s. 7–50).

Fortlöpande ändringar av direktiv 92/43/EEG har införlivats i grundtexten. Denna konsoliderade version har enbart dokumentationsvärde.

Europaparlamentets och rådets direktiv 2009/147/EG av den 30 november 2009 om bevarande av vilda fåglar (EUT L 20, 26.1.2010, s. 7-25).

Rapport från kommissionen till rådet och Europaparlamentet – Tillståndet för naturen i Europeiska unionen – Rapport om tillstånd och trender för naturtyper och arter som omfattas av fågel- och habitatdirektiven under perioden 2007–2012 i enlighet med kraven i artikel 17 i habitatdirektivet och artikel 12 i fågeldirektivet (COM(2015) 219 final, 20.5.2015).