Załączniki I i II do dyrektywy zawierają wykaz typów siedlisk i gatunków specjalnych obszarów ochrony, dla których ochrony konieczne jest wyznaczenie specjalnych obszarów ochrony *. Niektóre z nich sklasyfikowane są jako siedliska o znaczeniu priorytetowym lub jako gatunki zagrożone wyginięciem, dla których przewidziano szczególne zasady.

Załącznik III zawiera wykaz kryteriów wyboru terenów kwalifikujących się do określenia jako tereny mające znaczenie dla Wspólnoty i wyznaczenia jako specjalne obszary ochrony.

Procedura wyznaczania składa się z trzech etapów:

1.
Na podstawie kryteriów określonych w załącznikach każdy kraj UE opracowuje wykaz terenów, na których znajdują się siedliska przyrodnicze oraz dzika fauna i flora.
2.
Na podstawie krajowych wykazów oraz w porozumieniu z krajami UE Komisja Europejska przyjmuje następnie wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty dla każdego z dziewięciu biogeograficznych regionów UE:
- regionu alpejskiego
- regionu atlantyckiego
- regionu czarnomorskiego
- regionu borealnego
- regionu kontynentalnego
- regionu makaronezyjskiego
- regionu śródziemnomorskiego
- regionu panońskiego
- regionu stepowego
3.
W ciągu sześciu lat od zatwierdzenia wyboru terenu mającego znaczenie dla Wspólnoty zainteresowany kraj UE musi wyznaczyć specjalny obszar ochrony.

Jeżeli Komisja stwierdzi, że w krajowym wykazie pominięto teren, na którym znajduje się typ siedliska przyrodniczego lub gatunek o znaczeniu priorytetowym, wówczas zainicjowana może zostać procedura konsultacji między Komisją a danym krajem. Jeżeli wynik nie będzie pozytywny, Komisja może przedstawić Radzie wniosek dotyczący wyboru terenu jako terenu mającego znaczenie dla Wspólnoty.

Po wyznaczeniu obszarów ochrony kraje UE mają obowiązek ustanowić odpowiednie cele w dziedzinie ochrony oraz wprowadzić właściwe środki. Muszą one podjąć wszelkie możliwe działania, aby:

zagwarantować ochronę siedlisk na tych obszarach,
unikać pogorszenia stanu siedlisk i znaczącego niepokojenia gatunków.

Kraje UE zobowiązane są także do:

pobudzania odpowiedniego zagospodarowywania elementów krajobrazu, które są istotne dla migracji, rozprzestrzeniania i wymiany genetycznej dzikich gatunków,
prowadzenia nadzoru nad stanem ochrony siedlisk przyrodniczych i gatunków.

Każdy plan lub przedsięwzięcie, które może w istotny sposób oddziaływać na zagospodarowanie terenu Natura 2000, podlega odpowiedniej ocenie. Kraje UE mogą wyrazić zgodę na plan lub przedsięwzięcie dopiero po upewnieniu się, że nie wpłynie on niekorzystnie na chronione tereny.

W przypadku braku rozwiązań alternatywnych realizacja niektórych planów lub przedsięwzięć, mających znaczące negatywne skutki, może być dozwolona z powodów o charakterze zasadniczym wynikających z nadrzędnego interesu publicznego (tj. interesów o charakterze społecznym lub gospodarczym). W takich przypadkach kraje UE muszą zastosować środki kompensujące konieczne do zapewnienia ochrony ogólnej spójności sieci Natura 2000.

ustanowienia systemów ścisłej ochrony szczególnie zagrożonych gatunków roślin i zwierząt (załącznik IV), zakazujących:

jakichkolwiek form celowego chwytania lub zabijania okazów tych gatunków dziko występujących,
celowego niepokojenia tych gatunków, w szczególności podczas okresu rozrodu, wychowu młodych, snu zimowego i migracji,
celowego niszczenia lub wybierania jaj,
pogarszania stanu lub niszczenia terenów rozrodu lub odpoczynku;

wprowadzenia zakazu stosowania metod niedziałających selektywnie w celu chwytania lub zabijania określonych gatunków zwierząt i roślin (załącznik V);

ustanowienia systemu monitorowania przypadkowego chwytania lub zabijania gatunków zwierząt wymienionych w załączniku IV lit. a);

opracowywania co sześć lat sprawozdania dotyczącego podjętych środków i przekazywania go Komisji. Komisja następnie publikuje zbiorcze sprawozdanie dotyczące całości UE.

Niniejsza dyrektywa ma zastosowanie od 10 czerwca 1992 r. Kraje UE miały obowiązek wdrożenia jej przepisów do prawa krajowego do 10 czerwca 1994 r.

Sieć Natura 2000 stanowi prawie jedną piątą obszaru lądowego UE i ponad 250 000 km² obszaru morskiego.

„Dyrektywa siedliskowa” na stronie Komisji Europejskiej.

„Dyrektywa ptasia” na stronie Komisji Europejskiej.

„Natura 2000” na stronie Komisji Europejskiej.

„Europejskie Centrum Tematyczne ds. Różnorodności Biologicznej” na stronie internetowej EIONET.

Specjalne obszary ochrony: teren mający znaczenie dla Wspólnoty (tj. UE) wyznaczony przez kraje UE, na którym są stosowane konieczne środki ochronne w celu zachowania lub odtworzenia, we właściwym stanie ochrony, siedlisk przyrodniczych i/lub populacji gatunków, dla których teren został wyznaczony.

Dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory (Dz.U. L 206 z 22.7.1992, s. 7–50)

Kolejne zmiany do dyrektywy 92/43/EWG zostały włączone do tekstu podstawowego. Niniejszy tekst skonsolidowany ma jedynie wartość dokumentalną.

Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/147/WE z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa (Dz.U. L 20 z 26.1.2010, s. 7–25)

Sprawozdanie Komisji dla Rady i Parlamentu Europejskiego – Stan przyrody w Unii Europejskiej – Sprawozdanie na temat stanu typów siedlisk i gatunków objętych dyrektywą ptasią i siedliskową oraz tendencji w tym zakresie w latach 2007–2012 wymagane na podstawie art. 17 dyrektywy siedliskowej oraz art. 12 dyrektywy ptasiej (COM(2015) 219 final z 20.5.2015)