In bijlage I en II bij deze richtlijn zijn typen habitats en soorten opgenomen voor de instandhouding waarvan aanwijzing van speciale beschermingszones* is vereist. Sommige hiervan worden gedefinieerd als „prioritaire” habitats of soorten die dreigen te verdwijnen en waarvoor specifieke regels gelden.

In bijlage III zijn de criteria opgenomen voor de selectie van gebieden die kunnen worden aangewezen als gebieden van communautair belang en als speciale beschermingszones.

De aanwijzingsprocedure geschiedt in drie fasen:

1.
Met de criteria in de bijlagen stelt ieder EU-land een lijst op van gebieden met natuurlijke habitats en wilde flora en fauna.
2.
Op basis van de nationale lijsten en met instemming van de EU-landen keurt de Europese Commissie vervolgens een lijst van de gebieden van communautair belang goed voor elk van de negen biogeografische regio's in de EU:
- de alpiene regio
- de Atlantische regio
- regio van de Zwarte Zee
- de boreale regio
- de continentale regio
- regio Macaronesië
- de mediterrane regio
- de Pannonische regio
- regio steppengebied
3.
Binnen zes jaar na selectie van een gebied van communautair belang moet het betrokken EU-land het als speciale beschermingszone aanwijzen.

Waar de Commissie van mening is dat een gebied met een prioritaire natuurlijke habitat of soort uit de nationale lijst is weggelaten, kan er een overlegprocedure plaatsvinden tussen de Commissie en het land in kwestie. Als dit tot een onbevredigend resultaat leidt, kan de Commissie een voorstel doen aan de Raad om het gebied als van communautair belang te selecteren.

Zodra de speciale beschermingszones zijn aangewezen, moeten EU-landen passende instandhoudingsdoelstellingen en -maatregelen invoeren. Ze moeten al het mogelijke doen om:

de instandhouding van habitats in deze gebieden te waarborgen;
ervoor te zorgen dat ze niet verslechteren en er geen storende factoren optreden voor de soorten.

EU-landen moeten ook:

een goed ruimtelijkordeningsbeleid aanmoedigen, wat van groot belang is voor migratie, de geografische verdeling en de genetische uitwisseling van wilde soorten;
toezicht houden op habitats en soorten.

Ieder plan of project dat een significant effect kan hebben op een Natura 2000-gebied, dient op passende wijze te worden beoordeeld. EU-landen mogen pas instemmen met een plan of programma als zij de zekerheid hebben verkregen dat het geen significant effect heeft op de natuurlijke kenmerken van de beschermde gebieden.

Bij ontstentenis van alternatieve oplossingen mogen sommige plannen of projecten met significante negatieve effecten om dwingende redenen van groot openbaar belang worden toegestaan (d.w.z. redenen van sociale of economische aard). In dat geval moeten EU-landen compenserende maatregelen invoeren om ervoor te zorgen dat de algehele samenhang van Natura 2000 bewaard blijft.

een systeem van strikte bescherming instellen voor plant- en diersoorten die ernstig worden bedreigd (bijlage IV), en daarbij een verbod uitvaardigen op

het opzettelijk vangen of doden van in het wild levende exemplaren van die soorten;
het opzettelijk verstoren van die soorten, vooral tijdens de perioden van voortplanting, grootbrenging van jongen, overwintering en trek;
het opzettelijk vernielen of rapen van eieren in de natuur;
de beschadiging of vernieling van voortplantings- of rustplaatsen;

het gebruik verbieden van niet-selectieve middelen om bepaalde plant- en diersoorten te onttrekken, te vangen of te doden (bijlage V);

een systeem opstellen voor toezicht op het bij toeval vangen en doden van de in bijlage IV(a) vermelde diersoorten;

om de zes jaar verslag uitbrengen bij de Commissie over de genomen maatregelen. Daarna stelt de Commissie een samenvattend verslag op over de hele EU.

Het besluit is sinds 10 juni 1992 van toepassing. EU-landen moesten de richtlijn voor 10 juni 1994 omzetten in nationale wetgeving.

Het Natura 2000-netwerk vertegenwoordigt bijna een vijfde van het landoppervlak van de EU en meer dan 250 000 km² aan zeeoppervlak.

de website van de Europese Commissie over „de habitatrichtlijn”;

de website van de Europese Commissie over „de vogelrichtlijn”;

de website van de Europese Commissie over „Natura 2000”;

de website van Eionet over het „European Topic Centre on biological Diversity”.

Speciale beschermingszone: een gebied van communautair (d.w.z. EU) belang, aangewezen door EU-landen, waarin de instandhoudingsmaatregelen worden genomen die nodig zijn om de gunstige staat van instandhouding van natuurlijke habitats en/of de populaties van de soorten waarvoor het gebied is aangewezen, te waarborgen.

Richtlijn 92/43/EEG van de Raad van 21 mei 1992 inzake de instandhouding van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna (PB L 206 van 22.7.1992, blz. 7-50)

Achtereenvolgende wijzigingen aan Richtlijn 92/43/EG werden in de basistekst opgenomen. Deze geconsolideerde versie is enkel van documentaire waarde.

Richtlijn 2009/147/EG van het Europees Parlement en de Raad van 30 november 2009 inzake het behoud van de vogelstand (PB L 20 van 26.1.2010, blz. 7-25)

Verslag van de Commissie aan de Raad en het Europees Parlement — De stand van de natuur in de Europese Unie — Verslag over de staat van en trends voor typen habitats en soorten die onder de habitat- en de vogelrichtlijn vallen, in de periode 2007-2012 zoals vereist krachtens artikel 17 van de habitatrichtlijn en artikel 12 van de vogelrichtlijn(COM(2015) 219 final, 20.5.2015)