Direktyvos I ir II prieduose išvardijami buveinių tipai ir rūšys specialias saugomas teritorijas, kurių apsaugai reikia steigti specialias saugomas teritorijas*. Kai kurios iš jų yra apibrėžiamos kaip prioritetinės buveinės ar rūšys, kurioms gresia pavojus išnykti ir dėl kurių yra taikomos specialios taisyklės.

III priede išvardyti atrankos kriterijai, pagal kuriuos nustatomos teritorijos, kurias galima identifikuoti kaip Bendrijos svarbos teritorijas ir kuriose galima steigti specialias saugomas teritorijas.

Steigimo procesas yra trijų etapų:

1.
Taikydama prieduose nurodytus kriterijus kiekviena ES šalis parengia teritorijų, kuriose yra natūralios buveinės ir laukinė fauna bei flora, sąrašą.
2.
Remdamasi nacionaliniais sąrašais ir susitarimais su ES šalimis, Europos Komisija patvirtina kiekvieno iš devynių ES biogeografinių regionų Bendrijos svarbos teritorijų sąrašą:
- Alpių regiono,
- Atlanto vandenyno regiono,
- Juodosios jūros regiono,
- borealinio regiono,
- kontinentinio regiono,
- Makaronezijos regiono,
- Viduržemio jūros regiono,
- Panonijos regiono,
- stepinio regiono.
3.
Per šešerius metus nuo teritorijos priskyrimo Bendrijos svarbos teritorijoms ES šalis turi joje įsteigti specialią saugomą teritoriją.

Jei Komisija mano, kad teritorija, kurioje yra prioritetinis natūralių buveinių tipas arba rūšis, buvo neįtraukta į nacionalinį sąrašą, gali būti pradėta Komisijos ir atitinkamos šalies konsultacijų procedūra. Jei konsultacijų rezultatas yra nepatenkinamas, Komisija gali pateikti pasiūlymą Tarybai priskirti teritoriją prie Bendrijos svarbos teritorijų.

Kai įsteigiamos specialios saugomos teritorijos, ES šalys turi nustatyti tinkamus apsaugos tikslus ir priemones. Jos turi padaryti viską, kas įmanoma, kad:

garantuotų buveinių šiose teritorijose apsaugą;
išvengtų jų blogėjimo ir bet kokio reikšmingo rūšių trikdymo.

ES šalys taip pat privalo:

skatinti tinkamą laukinių rūšių migracijai, plitimui ir genetiniams mainams būtinų kraštovaizdžio elementų tvarkymą;
vykdyti buveinių ir rūšių stebėjimą.

Bet kokiems planams ir projektams, galintiems reikšmingai paveikti „Natura 2000“ teritoriją, turi būti atliekamas tinkamas įvertinimas. ES šalys turi susitarti dėl plano ar projekto tik įsitikinusios, kad jis neturės didelės įtakos saugomų teritorijų vientisumui.

Jei nėra kitų alternatyvų, gali būti leidžiama vykdyti kai kuriuos reikšmingą neigiamą poveikį turinčius projektus dėl įpareigojančių priežasčių neatsižvelgti į visuomeninius interesus (t. y. dėl socialinių ar ekonominių priežasčių). Tokiu atveju ES šalys turi imtis kompensacinių priemonių, kad būtų užtikrintas bendras „Natura 2000“ tinklo vientisumas.

sukurti gyvūnų ir augalų rūšių, kurioms gresia didelis išnykimo pavojus (IV priedas), griežtos apsaugos sistemas, draudžiančias

bet kokia forma tyčia gaudyti ar žudyti šių rūšių individus gamtoje,
šias rūšis tyčia trikdyti, ypač jų perėjimo, jauniklių auginimo, žiemos miego ir migracijos metu,
tyčia naikinti ar rinkti kiaušinius gamtoje,
pažeisti ar naikinti perėjimo ar poilsio vietas;

uždrausti naudoti neatrankinius tam tikrų gyvūnų ir augalų rūšių ėmimo, gaudymo ar žudymo būdus (V priedas);

sukurti sistemą, skirtą stebėti IV priedo (a) dalyje nurodytų gyvūnų rūšių atsitiktinį gaudymą ir žudymą;

kas šešerius metus pranešti Komisijai apie priemones, kurių buvo imtasi. Tada Komisija parengs bendrą ataskaitą apie visą ES.

Direktyva taikoma nuo 1992 m. birželio 10 d. ES šalys turėjo ją perkelti į savo nacionalinę teisę ne vėliau kaip 1994 m. birželio 10 d.

„Natura 2000“ tinklas apima beveik penktadalį ES sausumos ploto ir daugiau nei 250 000 km² jūrų ploto.

Europos Komisijos interneto svetainės skiltyje „Buveinių direktyva“;

Europos Komisijos interneto svetainės skiltyje „Paukščių direktyva“;

Europos Komisijos interneto svetainės skiltyje „Natura 2000“;

„Eionet“ interneto svetainės skiltyje „Europos Biologinės įvairovės teminis centras“.

Speciali saugoma teritorija: ES šalių įsteigta Bendrijos (t. y. ES) svarbos teritorija, kurioje taikomos būtinos apsaugos priemonės, skirtos palaikyti ar atstatyti natūralių buveinių ir (ar) rūšių, kurioms teritorija yra įsteigta, gerą apsaugos būklę bei populiacijas.

1992 m. gegužės 21 d. Tarybos direktyva 92/43/EEB dėl natūralių buveinių ir laukinės faunos bei floros apsaugos (OL L 206, 1992 7 22, p. 7–50)

Direktyvos 92/43/EEB paskesni daliniai pakeitimai buvo įterpti į pagrindinį tekstą. Ši konsoliduota versija skirta tik informacijai.

2009 m. lapkričio 30 d. Europos Parlamento ir Tarybos direktyva 2009/147/EB dėl laukinių paukščių apsaugos (OL L 20, 2010 1 26, p. 7–25)

Komisijos ataskaita Tarybai ir Europos Parlamentui – Gamtos padėtis Europos Sąjungoje – 2007–2012 m. laikotarpio ataskaita dėl rūšių ir buveinių tipų, kuriems taikomos Paukščių ir Buveinių direktyvos, būklės ir tendencijų, parengta, kaip reikalaujama Buveinių direktyvos 17 straipsnyje ir Paukščių direktyvos 12 straipsnyje (COM(2015) 219 final, 2015 5 20)