Direktiivi I ja II lisas on loetletud elupaigatüübid ja liigid erikaitsealad, mille kaitseks on vaja määrata erikaitsealad*. Mõned neist on määratletud esmatähtsate elupaikade või liikidena, mis on kadumisohus ja mille suhtes kohaldatakse erieeskirju.

III lisas on loetletud ühenduse tähtsusega aladeks sobivate alade valiku ning erikaitsealadeks määramise kriteeriumid.

Määramisprotsess toimub kolmes etapis.

1.
Kõik ELi riigid koostavad lisades nimetatud kriteeriumide alusel loetelu aladest, kus esineb looduslikke elupaiku ning looduslikke looma- ja taimeliike.
2.
Euroopa Komisjon võtab seejärel riikide loetelude alusel ja kokkuleppel ELi riikidega vastu ühenduse jaoks oluliste alade loetelu kõikide ELi üheksa biogeograafilise piirkonna kohta:
- Alpide piirkond;
- Atlandi piirkond;
- Musta mere piirkond;
- boreaalne piirkond;
- mandripiirkond;
- Makaroneesia piirkond;
- Vahemere piirkond;
- Pannoonia piirkond;
- stepipiirkond.
3.
Asjaomane ELi riik peab ala määrama erikaitsealaks kuue aasta jooksul alates selle valimisest ühenduse tähtsusega alaks.

Kui komisjon leiab, et ala, kus esineb esmatähtis looduslik elupaigatüüp või liik, on siseriiklikust loetelust välja jäetud, võidakse komisjoni ja asjaomase riigi vahel algatada konsulteerimismenetlus. Kui tulemus ei ole rahuldav, võib komisjon saata nõukogule ettepaneku ala valimise kohta ühenduse tähtsusega alaks.

Pärast erikaitsealade määramist peavad ELi riigid seadma asjakohased kaitse-eesmärgid ja võtma asjakohaseid kaitsemeetmeid. Nad peavad tegema kõik võimaliku selleks, et

tagada neil aladel elupaikade kaitse;
vältida elupaikade halvenemist ja liikide tugevat häirimist.

Peale selle peavad ELi riigid

soodustama looduslike liikide rändele, levikule ja geenivahetusele ülioluliste maastikuvormide asjakohast kaitsekorraldust;
tegema nii elupaikade kui ka liikide üle järelevalvet.

Iga kava või programmi kohta, millel on tõenäoline märkimisväärne mõju Natura 2000 alale, tuleb läbi viia asjakohane hindamine. ELi riigid tohivad kavale või projektile nõusoleku anda alles pärast seda, kui nad on kindlaks teinud, et see ei avalda kaitseala terviklikkusele märkimisväärset mõju.

Alternatiivsete lahenduste puudumisel võib teatavad märkimisväärse mõjuga projektid siiski heaks kiita, kui selleks on avalikust huvist tulenevad ülekaalukad põhjused (nt sotsiaalsed või majanduslikud põhjused). Sel juhul peavad ELi riigid võtma vajalikke asendusmeetmeid, et tagada Natura 2000 võrgustiku üldise sidususe kaitse.

kehtestama eriti ohustatud looma- ja taimeliikide (IV lisa) range kaitse süsteemi, keelates

kõik nende liikide isendite looduses tahtliku püüdmise või tapmise viisid;
nende liikide tahtliku häirimise, eelkõige nende paljunemise, järglaste kasvatamise, talvitumise ja rände ajal;
munade tahtliku hävitamise või loodusest võtmise;
paljunemis- või puhkepaikade kahjustamise või hävitamise;

keelama mitteselektiivsete meetodite kasutamise teatavate looma- ja taimeliikide loodusest võtmiseks, püüdmiseks või tapmiseks (V lisa);

looma süsteemi IV lisa punktis a loetletud loomaliikide juhusliku püüdmise ja tapmise jälgimiseks;

esitama iga kuue aasta tagant komisjonile aruande võetud meetmete kohta. Komisjon koostab seejärel kogu ELi kohta ühendaruande.

Direktiivi kohaldatakse alates 10. juunist 1992. ELi riigid pidid selle oma siseriiklikesse õigusaktidesse üle võtma 10. juuniks 1994.

Natura 2000 võrgustikku kuulub peaaegu üks viiendik kogu ELi maismaast ja üle 250 000 km² mereala.

Loodusdirektiiv (Euroopa Komisjoni veebileht)

Linnudirektiiv (Euroopa Komisjoni veebileht)

Natura 2000 (Euroopa Komisjoni veebileht)

Bioloogilise mitmekesisuse Euroopa teemakeskus (Euroopa keskkonnateabe- ja -vaatlusvõrgu veebileht)

Erikaitseala: ELi riikide määratud ühenduse (st ELi) tähtsusega ala, kus võetakse vajalikke kaitsemeetmeid, et tagada nende looduslike elupaikade ja/või liikide populatsioonide soodsa kaitsestaatuse säilitamine või taastamine, mille jaoks ala on määratud.

Nõukogu 21. mai 1992. aasta direktiiv 92/43/EMÜ looduslike elupaikade ning loodusliku loomastiku ja taimestiku kaitse kohta (EÜT L 206, 22.7.1992, lk 7–50)

Direktiivi 92/43/EMÜ järjestikused muudatused on alusdokumenti lisatud. Käesoleval konsolideeritud versioonil on üksnes dokumenteeriv väärtus.

Euroopa Parlamendi ja nõukogu 30. novembri 2009. aasta direktiiv 2009/147/EÜ loodusliku linnustiku kaitse kohta (ELT L 20, 26.1.2010, lk 7–25)

Komisjoni aruanne nõukogule ja Euroopa Parlamendile. Looduse seisund Euroopa Liidus. Elupaikade direktiivi artikli 17 ja linnudirektiivi artikli 12 kohane aruanne nimetatud direktiividega hõlmatud elupaigatüüpide ja liikide kaitsestaatuse ja suundumuste kohta ajavahemikul 2007–2012 (COM(2015) 219 final, 20.5.2015)