En los anexos I y II de la Directiva se enumeran los tipos de hábitats y las especies de zonas especiales de conservación para cuya conservación es necesario designar zonas especiales de conservación*. De estos, algunos se definen como hábitats o especies ‘prioritarios’ amenazados de desaparición para los que existen normas específicas.

En el anexo III se enumeran los criterios de selección de los lugares que se pueden clasificar como lugares de importancia comunitaria y designar como zonas especiales de conservación.

El proceso de designación consta de tres etapas:

1.
Conforme a los criterios indicados en los anexos, cada país de la UE elabora una lista de lugares que albergan hábitats naturales y fauna y flora silvestres.
2.
Tomando como base las listas nacionales y de común acuerdo con los países de la UE, la Comisión Europea adopta, a continuación, una lista de lugares de importancia comunitaria para cada una de las nueve regiones biogeográficas de la UE:
- la región alpina,
- la región atlántica,
- la región del mar Negro,
- la región boreal,
- la región continental,
- la región macaronésica,
- la región mediterránea,
- la región panónica, y
- la región estépica.
3.
En un plazo de seis años a partir de la selección de un lugar de importancia comunitaria, el país de la UE de que se trate debe designarlo como zona especial de conservación.

Cuando la Comisión considere que un lugar que albergue un tipo de hábitat natural o una especie prioritarios no está incluido en una lista nacional, puede iniciarse un procedimiento de concertación entre dicho país y la Comisión. Si el resultado no es satisfactorio, la Comisión puede presentar al Consejo una propuesta relativa a la selección del lugar como lugar de importancia comunitaria.

Una vez designadas las zonas especiales de conservación, los países de la UE deben introducir objetivos y medidas de conservación adecuados. Deben hacer todo lo posible para:

garantizar la conservación de los hábitats en dichas zonas y
evitar su deterioro y cualquier alteración importante que repercuta en las especies.

Los países de la UE también deben:

fomentar la gestión adecuada de los elementos del paisaje que resulten esenciales para la migración, la distribución geográfica y el intercambio genético de las especies silvestres,
encargarse de la vigilancia de las especies y los hábitats.

Cualquier plan o proyecto que pueda afectar de manera significativa a un lugar de la red Natura 2000 debe someterse a una adecuada evaluación. Los países de la UE solo deben declararse de acuerdo con un plan o proyecto tras haberse asegurado de que no tendrá un impacto importante sobre la integridad de los lugares protegidos.

A falta de otras alternativas, se podrá permitir la realización de algunos proyectos que tengan un impacto negativo importante por razones imperiosas de interés público de primer orden (es decir, de índole social o económica). Cuando esto suceda, los países de la UE deben adoptar medidas compensatorias para garantizar la coherencia global de la red Natura 2000.

establecer sistemas de protección rigurosa para las especies animales y vegetales que estén especialmente amenazadas (anexo IV), prohibiendo:

cualquier forma de captura o sacrificio deliberados de especímenes de dichas especies en la naturaleza;
la perturbación deliberada de dichas especies, especialmente durante los períodos de reproducción, cría, hibernación y migración;
la destrucción o la recogida intencionales de huevos en la naturaleza;
el deterioro o destrucción de los lugares de reproducción o de las zonas de descanso;

prohibir el uso de métodos no selectivos de recogida, captura o sacrificio de determinadas especies animales y vegetales (anexo V);

establecer un sistema de control de las capturas o sacrificios accidentales de las especies animales enumeradas en el anexo IV, letra a);

cada seis años, informar a la Comisión de las medidas que hayan adoptado; después, la Comisión emite un informe de que incluye a toda la UE.

Está en vigor desde el 10 de junio de 1992. Los países de la UE debían incorporarla al Derecho nacional a más tardar el 10 de junio de 1994.

La red Natura 2000 representa casi una quinta parte de la superficie del territorio de la UE y abarca más de 250 000 km2 de zonas marítimas.

la Directiva de hábitats en el sitio web de la Comisión Europea,

la Directiva de aves en el sitio web de la Comisión Europea,

Natura 2000 en el sitio web de la Comisión Europea,

Centro Temático Europeo de Diversidad Biológica en el sitio web de Eionet.

Zona especial de conservación: un lugar de importancia comunitaria (es decir, la UE) designado por los países de la UE en el cual se apliquen las medidas de conservación necesarias para garantizar el mantenimiento o el restablecimiento, en un estado de conservación favorable, de los hábitats naturales o de las poblaciones de las especies para las cuales se haya designado el lugar.

Directiva 92/43/CEE del Consejo, de 21 de mayo de 1992, relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres (DO L 206 de 22.7.1992, pp. 7-50)

Las modificaciones sucesivas de la Directiva 92/43/CEE se han incorporado al texto original. Esta versión consolidada solo tiene valor documental.

Directiva 2009/147/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 30 de noviembre de 2009, relativa a la conservación de las aves silvestres (DO L 20 de 26.1.2010, pp. 7-25)

Informe de la Comisión al Consejo y al Parlamento Europeo — Estado de la naturaleza en la Unión Europea — Informe sobre el estado y las tendencias de los tipos de hábitats y las especies regulados por las Directivas de Aves y de Hábitats durante el período 2007-2012 exigido en virtud del artículo 17 de la Directiva de Hábitats y del artículo 12 de la Directiva de Aves [COM(2015) 219 final de 20.5.2015]