I direktivets bilag I og II er anført de naturtyper og arter af særlige bevaringsområder, hvis bevaring kræver udpegning af særlige bevaringsområder*. Nogle af disse er defineret som »prioriterede« levesteder eller arter, der er i fare for at forsvinde, for hvilke der er særlige bestemmelser.

I bilag III er anført kriterierne for udvælgelse af de lokaliteter, der kan udpeges som lokaliteter af fællesskabsbetydning og som særlige bevaringsområder.

Udpegelsesprocessen foregår i tre trin:

1.
Ud fra de kriterier, der er anført i bilagene, udarbejder hvert EU-land en liste over lokaliteter, der omfatter naturtyper og vilde dyr og planter.
2.
På grundlag af de nationale lister og efter aftale med EU-landene vedtager Europa-Kommissionen derefter en liste over områder af betydning for fællesskabet for hver af EU’s ni biogeografiske områder:
- det alpine område
- det atlantiske område
- Sortehavsområdet
- det boreale område
- det kontinentale område
- det makaronesiske område
- Middelhavsområdet
- det pannoniske område
- steppeområdet
3.
Inden seks år efter udvælgelse af en lokalitet af fællesskabsbetydning skal det pågældende EU-land udpege det som et særligt bevaringsområde.

Såfremt Kommissionen anser, at en lokalitet med en prioriteret naturtype eller art er udeladt fra en national liste, kan en samrådsprocedure mellem Kommissionen og det pågældende land iværksættes. Hvis resultatet ikke er tilfredsstillende, kan Kommissionen fremsætte forslag til Rådet om udvælgelse af lokaliteten som en lokalitet af fællesskabsbetydning.

Når særlige bevaringsområder er udpeget, skal EU-landene indføre passende bevaringsmålsætninger og -foranstaltninger. De skal gøre alt for at:

garantere bevarelse af levesteder i disse områder
undgå forringelse af naturtyperne og væsentlige forstyrrelser af arterne.

EU-landene skal også:

fremme korrekt forvaltning af landskabselementer, der er væsentlige for vilde arters migration, spredning og genetiske udveksling
overvåge både naturtyper og arter.

Enhver plan eller projekt, der kan forventes at have en betydelig virkning på en Natura 2000-lokalitet, bør underkastes en passende vurdering. EU-landene giver først deres tilslutning til en plan eller et projekt, når de har sikret sig, at den/det ikke skader beskyttede lokaliteters integritet.

Hvis der ikke kan findes alternative løsninger, vil nogle projekter, som kan have en væsentlig negativ indvirkning, alligevel tillades af bydende nødvendige hensyn til væsentlige samfundsinteresser (dvs. sociale eller økonomiske årsager). I denne situation træffer EU-landene kompensationsforanstaltninger for at sikre, at den globale sammenhæng i Natura 2000 beskyttes.

indføre en streng beskyttelsesordning for dyrearter og plantearter, der er særligt truede (bilag IV), med forbud mod

alle former for forsætlig indfangning eller drab af enheder af disse arter i naturen
forsætlig forstyrrelse af disse arter, i særdeleshed i perioder, hvor dyrene yngler, udviser yngelpleje, overvintrer eller vandrer
forsætlig ødelæggelse eller indsamling af æg i naturen
beskadigelse eller ødelæggelse af yngle- eller rasteområder.

forbyde brug af ikkeselektive midler til indsamling, indfangning eller drab af dyre- og plantearter (bilag V)

oprette et system til at registrere uforsætlig indfangning og drab af dyrearter angivet i bilag IV(a)

rapportere om de foranstaltninger, de har iværksat, til Kommissionen hvert sjette år. Kommission udarbejder herefter en sammenfattende rapport, der dækker hele EU.

Det har været gældende siden den 10. juni 1992. EU-landene skulle indarbejde det i national lovgivning inden den 10. juni 1994.

Netværket Natura 2000 udgør næsten en femtedel af EU’s landområde og mere end 250 000 km² havområde.

»Habitatdirektivet« på Europa-Kommissionens websted.

»Fugledirektivet« på Europa-Kommissionens websted.

»Natura 2000« på Europa-Kommissionens websted.

»Det Europæiske Temacenter for Biodiversitet« på Eionets websted.

Særlige bevaringsområder: et område af fællesskabsbetydning i EU udpeget af EU-landene, hvor de bevaringsforanstaltninger, der er nødvendige for at opretholde eller genoprette naturtyper og/eller bestande af arter i en gunstig tilstand for hvilke lokaliteten er udpeget, er iværksat.

Rådets direktiv 92/43/EØF af 21. maj 1992 om bevaring af naturtyper samt vilde dyr og planter (EFT L 206 af 22.7.1992, s. 7-50)

Efterfølgende ændringer af direktiv 92/43/EØF er blevet indarbejdet i grundteksten. Denne konsoliderede udgave har ingen retsvirkning.

Europa-Parlamentets og Rådets direktiv 2009/147/EU af 30. november 2009 om beskyttelse af vilde fugle (EUT L 20 af 26.1.2010, s. 7-25)

Rapport fra Kommissionen til Rådet og Europa-Parlamentet – Naturens tilstand i Den Europæiske Union — Rapport om bevaringsstatus og udviklingstendenser for naturtyper og arter, der er omfattet af fugledirektivet og habitatdirektivet i perioden 2007-2012 i medfør af habitatdirektivets artikel 17 og fugledirektivets artikel 12 (COM(2015) 219 final af 20.5.2015)