Der blev lagt særlig vægt på omgående handling for at forhindre dødsfald på havet. Dette omfattede et forslag om en EU-ordning for genbosætning i alle medlemsstater med henblik på at tilbyde 20 000 pladser til fordrevne personer med klart behov for international beskyttelse i Europa og senest et forslag om en frivillig ordning med Tyrkiet om indrejse af humanitære årsager.
De foreslåede politikinitiativer er direkte relevante for beskyttelse og fremme af grundlæggende rettigheder. Kommissionen offentliggjorde f.eks. vedrørende tilbagesendelser en håndbog om tilbagesendelse for at understøtte handlingsplanen om tilbagesendelse fra september 2015. Håndbogen giver vejledning til de nationale myndigheder, bl.a. om hvordan de sikrer, at enhver tilbagesendelse fuldt ud overholder de grundlæggende rettigheder, særlig med hensyn til uledsagede børn.
Som et øjeblikkeligt tiltag for at hjælpe medlemsstater i frontlinjen, der oplever et uforholdsmæssigt stort migrationspres ved EU's ydre grænser, foreslog Kommissionen at udvikle en "hotspottilgang". Hotspots kan hjælpe medlemsstaterne med bedre at sikre beskyttelsesforanstaltninger for grundlæggende rettigheder i praksis, hvis der gøres en fælles indsats for at sikre, at der er tilstrækkelige ressourcer og medarbejdere til rådighed. Siden mødet mellem lederne på det vestlige Balkan i oktober 2015 har Kommissionen fulgt udviklingen tæt langs Vestbalkanruten. I ledernes erklæring forpligtede Vestbalkanlandene sig til at øge deres modtagelseskapacitet for at muliggøre en bedre og mere forudsigelig forvaltning af migrationsstrømmene. I den forbindelse har Kommissionen bevilget både nødhjælp og humanitær bistand.
Forslaget fra december 2015 om en forordning om oprettelse af en europæisk grænse- og kystvagt ("agenturet") er også vigtigt med henblik på at beskytte de grundlæggende rettigheder. Forordningen indebærer vedtagelse af en adfærdskodeks, der gælder for alle grænsekontroloperationer, der koordineres af agenturet, og af en adfærdskodeks for tilbagesendelse. En ansvarlig for grundlæggende rettigheder overvåger agenturets overholdelse af de grundlæggende rettigheder, og en klagemekanisme behandler overtrædelser af de grundlæggende rettigheder under operationelle aktiviteter. Fælles operationer eller hurtige grænseinterventioner kan indstilles eller standses i tilfælde af tilsidesættelse af de grundlæggende rettigheder eller forpligtelser vedrørende international beskyttelse. Agenturet skal udarbejde en strategi for grundlæggende rettigheder med særlig fokus på børn, ofre for menneskehandel, personer med behov for lægehjælp eller international beskyttelse, personer i havsnød og andre særligt sårbare personer. De fælles grundlæggende uddannelsesprogrammer for agenturets grænsevagter er i overensstemmelse med chartret.
Fuld overholdelse af de grundlæggende rettigheder er et af de fem ledende principper i den europæiske dagsorden om sikkerhed. Den understreger, at sikkerhed og overholdelse af de grundlæggende rettigheder ikke udgør modstridende mål, men er i overensstemmelse med og supplerer de politiske mål. At garantere sikkerhed er en vigtig forudsætning for beskyttelse og fri udøvelse af grundlæggende rettigheder. Samtidig skal alle sikkerhedsforanstaltninger overholde de grundlæggende rettigheder og retsstatsprincippet og overholde nødvendighedsprincippet, proportionalitetsprincippet og legalitetsprincippet samt omfatte tilstrækkelige beskyttelsesforanstaltninger til at sikre ansvarlighed og domstolsadgang. Kommissionens forslag til bekæmpelse af terrorisme – efter angrebene i Paris i november 2015 – afspejler denne strategi. Forslaget til direktiv om terrorisme understreger betydningen af at overholde de grundlæggende rettigheder ved gennemførelsen af strafferetlige bestemmelser i national lovgivning. Det beskytter ofrenes og de potentielle ofres grundlæggende rettigheder. Det kriminaliserer forberedende handlinger såsom oplæring og rejser til udlandet med terror for øje, medvirken og tilskyndelse til og forsøg på at begå terrorhandlinger og finansiering af terror. Det har også til formål at sikre, at begrænsninger af mistænkte eller tiltaltes grundlæggende rettigheder ikke går videre end, hvad der er strengt nødvendigt, og derved opretholde legalitetsprincippet og princippet om proportionalitet mellem lovovertrædelse og straf (chartrets artikel 49).
Betydningen af grundlæggende rettigheder i sikkerhedsindsatsen kommer til udtryk i den høje prioritet, som forebyggende tiltag gives i forbindelse med politikker til bekæmpelse af terrorisme. EU's reaktion på ekstremisme må ikke føre til stigmatisering af en gruppe eller et samfund, men skal være baseret på de fælles europæiske værdier tolerance, mangfoldighed og gensidig respekt. Formålet med dagsordenen om sikkerhed er at tage fat om de grundlæggende årsager til ekstremisme gennem uddannelse, unges deltagelse, en tværreligiøs og tværkulturel dialog samt beskæftigelse og social inklusion. Den understreger, at det er vigtigt at bekæmpe forskelsbehandling, racisme og fremmedhad og fremhæver EU's vigtigste tiltag på dette område.
Dette kom også til udtryk i "Erklæring om fremme af borgerskab og de fælles værdier frihed, tolerance og ikkediskrimination gennem uddannelse" (Pariserklæringen)
efter det uformelle møde mellem EU's undervisningsministre den 17. marts i Paris, som indeholder en række anbefalinger om den vigtige rolle, som uddannelse spiller med hensyn til at fremme grundlæggende værdier såsom aktivt medborgerskab, gensidig respekt, mangfoldighed, ligestilling og social inklusion, og med hensyn til at forebygge voldelig ekstremisme. Som opfølgning på Pariserklæringen blev Kommissionen og medlemsstaterne enige om et sæt nye prioritetsområder for samarbejde på EU-plan indtil 2020
.
Endelig var Kommissionen den 19. oktober 2015 vært for ministerkonferencen på højt plan om strafferetlig respons på radikalisering med henblik på at udveksle erfaringer om forebyggelse af radikalisering i fængsler og rehabiliteringsprogrammer for udenlandske og hjemvendte krigere. Medlemsstaternes fælles forpligtelse til at handle på dette område blev bekræftet i Rådets konklusioner om "styrkelse af den strafferetlige respons på radikalisering, der fører til terrorisme og voldelig ekstremisme" af 20. november 2015.
2.3. Integration af chartret i internationale aftaler og sikring af konsekvens i forbindelse med menneskerettigheder
Artikel 21 i traktaten om Den Europæiske Union regulerer Unionens optræden udadtil.
Som svar på den fælles meddelelse fra april 2015 "Menneskerettigheder skal fortsat stå højt på EU's dagsorden" vedtog Rådet i juli EU-handlingsplanen vedrørende menneskerettigheder og demokrati (2015–2019). Den anfører mere end 100 foranstaltninger vedrørende menneskerettigheder og demokrati under 34 punkter. Handlingsplanen fører artikel 21 ud i livet og gennemfører forpligtelserne i den strategiske ramme for menneskerettigheder og demokrati og giver mulighed for at inddrage alle EU-myndigheder og -interessenter samt for bedre integration af menneskerettighedsspørgsmål i alle EU's eksterne politikker. De planlagte foranstaltninger omfatter indarbejdelse af spørgsmål vedrørende menneskerettigheder i konsekvensanalyser af politikker, som kunne få en betydelig indvirkning i lande uden for EU. Handlingsplanen fastsætter foranstaltninger forbundet med Kommissionens indsats vedrørende grundlæggende rettigheder internt i EU, navnlig privatlivets fred i forbindelse med risikoen for masseovervågning, retsreformer, børns rettigheder, ligestilling mellem kønnene, bekæmpelse af racisme og fremmedhad, migration og bekæmpelse af terrorisme.
Kommissionens strategi "Handel for alle" fra oktober 2015 fastsætter trin, der skal sikre, at de grundlæggende rettigheder bliver overholdt i EU og i lande uden for EU. Den omfatter retten til at regulere og en vurdering af handelspolitikkers og -aftalers virkninger på de grundlæggende rettigheder og menneskerettighederne. Den forbinder handelspolitik med fremme af menneskerettighederne i tredjelande, navnlig med hensyn til børnearbejde, tvangsarbejde i fængsler og tvangsarbejde som følge af menneskehandel og land grabbing. Menneskerettighedsspørgsmål er i stigende grad blevet indarbejdet i EU's bilaterale frihandelsaftaler og i EU's eksportkontrolpolitik.
I september 2015 afsluttede Kommissionen forhandlingerne om "paraplyaftalen" mellem EU og USA om databeskyttelse. Den sikrer databeskyttelse i forbindelse med alle overførsler af personoplysninger mellem EU og USA i enhver politik eller retligt samarbejde i straffesager. EU-borgere, som ikke er hjemmehørende i USA, kan, hvis deres personoplysninger overføres til amerikanske retshåndhævende myndigheder, og disse oplysninger behandles ukorrekt eller i strid med loven, få domstolsprøvelse ved amerikanske domstole. Det er en betydelig forbedring af situationen vedrørende domstolsprøvelse i USA.
I august 2015 holdt EU for første gang nogensinde et dialogmøde med FN’s komité for rettigheder for personer med handicap om EU's gennemførelse af FN's konvention om rettigheder for personer med handicap (UNCRPD). EU var repræsenteret af Kommissionen som kontaktpunkt for EU under konventionen. Den tilknyttede UNCRPD-komité vedtog de afsluttende bemærkninger i oktober 2015, og Kommissionen forpligtede sig til at gennemføre dem.
Kommissionen vedtog i juli 2015 – som led i en bedre regulering – retningslinjer for analyse af virkningen på menneskerettigheder i handelsrelaterede konsekvensanalyser. Disse vil gøre det lettere at analysere virkningerne af handelspolitiske initiativer på menneskerettighederne i både EU og partnerlande. Dagsordenen om bedre regulering foreskriver også konsekvensanalyse af menneskerettigheder i forbindelse med forslag med en ekstern dimension generelt.
2.4 Domstolens kontrol med EU-institutioner
I Schrems-sagen erklærede EU-Domstolen Kommissionens safe harbor-beslutning fra 2000 for ugyldig. Denne beslutning var en afgørelse om tilstrækkeligt beskyttelsesniveau i henhold til artikel 25, stk. 6, i direktivet om databeskyttelse. Den gav tilladelse til overførsel af personoplysninger til et land uden for EU, i dette tilfælde USA. Den havde fundet et acceptabelt beskyttelsesniveau som følge af national lovgivning eller USA's internationale forpligtelser. Facebooks irske datterselskabs overførsel af personoplysninger til servere i USA, som denne afgørelse om tilstrækkeligt beskyttelsesniveau gav tilladelse til, blev prøvet ved en irsk domstol, navnlig på grund af afsløringer af amerikanske efterretningsmyndigheders masseovervågning i 2013.
Domstolen fastslog, at en afgørelse om tilstrækkeligt beskyttelsesniveau er betinget af, at Kommissionen finder, at der i det berørte tredjeland er et beskyttelsesniveau for personoplysninger, som "i det væsentlige svarer til" det niveau, der er sikret inden for EU i medfør af direktivet, sammenholdt med chartret om grundlæggende rettigheder, omend det ikke nødvendigvis er identisk med dette niveau. Hvad angår safe harbor-beslutningen fra 2000, fastslog Domstolen, at den ikke indeholdt tilstrækkelige konstateringer fra Kommissionens side vedrørende begrænsningen af de amerikanske offentlige myndigheders adgang til de oplysninger, der videregives i henhold til beslutningen, og vedrørende tilstedeværelsen af en effektiv domstolsbeskyttelse mod indgreb af denne art. Domstolen fastslog, at en lovgivning, der giver de offentlige myndigheder generel adgang til indholdet af elektronisk kommunikation, anses for at udgøre et indgreb i det væsentligste indhold af den grundlæggende ret til respekt for privatlivet. Domstolens dom gav yderligere begrundelse for Kommissionens tilgang siden november 2013, der går ud på at revidere safe harbor-ordningen: Kommissionen søger at sikre den databeskyttelse, der kræves i EU-lovgivningen. I november 2015 udstedte Kommissionen retningslinjer vedrørende mulighederne for dataoverførsel i lyset af Schrems-dommen, der fastsætter alternative systemer for overførsel af personoplysninger til USA, indtil der er indført en ny ramme.
2.5 Den europæiske menneskerettighedskonvention
Kommissionen er fortsat fast besluttet på, at EU skal tiltræde konventionen. Tiltrædelsen vil styrke de grundlæggende værdier, forbedre EU-lovgivningens effektivitet og øge sammenhængen i beskyttelsen af de grundlæggende rettigheder i Europa. EU-Domstolens udtalelse af december 2014, ved hvilken Domstolen fastslog, at udkastet til tiltrædelsesaftale fra 2013 ikke var foreneligt med traktaterne, rejste retligt og politisk komplekse spørgsmål. Efter en tænkepause, hvor Kommissionen har undersøgt, hvilken fremgangsmåde der er den mest hensigtsmæssige, rådfører Kommission sig nu i sin egenskab af EU-forhandler med det særlige udvalg udpeget af Rådet vedrørende konkrete løsninger på de forskellige spørgsmål, der rejses i EU-Domstolens udtalelse.